就應該會納悶,，為什么拿到了差異基因并且注釋后就結束了,，明明大量的數據挖掘文章都有一個網絡圖并且找hub基因??！

主要是因為，這個步驟呢,，主要并不是R代碼完成,，是需要把差異基因列表輸入到string這個網頁工具（https:///）,，獲取PPI然后導入cytoscape軟件，這些過程需要大量的截圖才能說清楚事情,。而我這樣超級懶貨肯定是不愿意耗費時間在這些方面，不過架不住有需求的粉絲多,，大量的私信和群聊提問都表明了需要cytoscape制作網絡圖的教程,。

那我們就一步到位，與其使用大量截圖并且還耗費時間排版在公眾號才能教會大家一個軟件的用法,，何不直接進行釘釘群在線直播互動授課呢,？于是就有了我們的這個cytoscape制作網絡圖的課程啦！

一,、背景

• cytoscape 目前是最出名的網絡可視化神器,，免費，零代碼,，過2萬的引用率是最強大的口碑.

• 

• 它支持的網絡種類很多,比如蛋白互作（PPI）,、轉錄調控網絡圖（TF-target）、網絡聚類模塊分析（Module）,、miRNA調控靶標基因網絡圖,、競爭性內源RNA網絡（ceRNA）、通路交互網絡（pathway-crosstalk）,。

二,、課程目錄

1. Cytoscape 簡介
2. 繪制：蛋白互作網絡(string PPI)
3. 繪制：miRNA 調控網絡
4. 插件：cytoHubba （關鍵基因）
5. 插件：MCODE （關鍵子網絡）
6. 插件：stringAPP （蛋白互作網絡）
7. 插件：BiNGO （GO富集）

三、結果展示

1. 蛋白互作網絡

2. miRNA 調控網絡

3. cytoHubba

4. MCODE

5. stringAPP

6. BiNGO

因為這個cytoscape軟件并不是很方便下載,，而且上面大量的插件都比較麻煩,，所以我們打包了它們在百度云盤和騰訊微云給大家，還包括一些圖文并茂的教程,，而且提供微信交流群方便大家互相幫助,，分享高分文章的絢麗的網絡圖。