Cytoscape已成為網(wǎng)絡(luò)圖繪制的核心工具,，基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò),、蛋白互作網(wǎng)絡(luò)、miRNA-gene調(diào)節(jié)關(guān)系,、分析流程,、組織架構(gòu)等任何與網(wǎng)絡(luò)、結(jié)構(gòu),、層級(jí)有關(guān)系的事情都可以用Cytoscape來(lái)繪制,。前期的教程中有Cytoscape的基本使用，早期錄制的Cytoscape視頻教程, 含安裝和基本使用等,。

從上次錄制視頻,，到現(xiàn)在Cytoscape也有了不少更新，個(gè)人對(duì)Cytoscape的體會(huì)也有了進(jìn)步,，更主要的是不少人反應(yīng)之前的視頻不夠清晰,，或?qū)嵜蚰涿?(匿名的都沒(méi)回復(fù))的聯(lián)系我要清晰版。實(shí)際我也沒(méi)有,，不知道為啥傳上去就不清晰了,，這次錄制了全屏版，希望效果能好些,。

本次三個(gè)視頻,，截圖不同的角度。

基本操作

利用一個(gè)簡(jiǎn)單的組織構(gòu)建圖展示Cytoscape的基本使用,，導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò),、導(dǎo)入節(jié)點(diǎn)屬性，更改點(diǎn)的形狀,、顏色,，在點(diǎn)上插入圖片、繪制餅圖,、柱狀圖,、加入顏色條紋，點(diǎn)的手動(dòng)對(duì)齊,、橫向分布等,。

網(wǎng)絡(luò)文件和節(jié)點(diǎn)屬性文件都是正常矩陣格式，若有中文需使用UTF-8編碼,；若非EXCEL文件,，不能有xls后綴。

miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

Cytoscape可用于繪制基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),，這兒選取miRNA-gene調(diào)控網(wǎng)絡(luò) (含miRNA-gene表達(dá)相關(guān)性數(shù)據(jù))做為例子,，涉及到根據(jù)表達(dá)變化倍數(shù)對(duì)每個(gè)點(diǎn)進(jìn)行著色,、根據(jù)表達(dá)相關(guān)性對(duì)線(xiàn)進(jìn)行著色、miRNA和靶基因采用不同的形狀表示,、微調(diào)獲得合適的展示圖形,、結(jié)果導(dǎo)出PDF格式、導(dǎo)出圖例等,。

不同的布局的調(diào)試和修改

網(wǎng)絡(luò)繪制根據(jù)網(wǎng)絡(luò)圖的大小,、展示的用意可以選擇合適的布局。Cytoscape提供了多種布局算法,，具體見(jiàn)http://manual./en/stable/Navigation_and_Layout.html,。

下面列出幾種示例

Attribute Circle Layout

屬性環(huán)展示方式所有的節(jié)點(diǎn)都在環(huán)上，適用于點(diǎn)比較少的時(shí)候,。環(huán)上點(diǎn)的順序可以根據(jù)某一列來(lái)調(diào)整,。

Group Attributes Layout

先按某一列的值對(duì)點(diǎn)進(jìn)行分組，每個(gè)分組的點(diǎn)成為一個(gè)獨(dú)立的環(huán),。在區(qū)分上下調(diào)基因時(shí),，可以按這個(gè)來(lái)分類(lèi)，看不同類(lèi)的基因的調(diào)控關(guān)系,。

Prefuse Force Directed Layout

通常也可以獲得比較好的結(jié)果,，相連的點(diǎn)鄰接，其它點(diǎn)較遠(yuǎn),。同時(shí)可以根據(jù)某一列設(shè)置邊的強(qiáng)度作為連線(xiàn)的長(zhǎng)度,。

Compound Spring Embedder Layout

復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)適用這個(gè)，尤其是連線(xiàn)特別多時(shí),。

Edge-weighted Spring-Embedded Layout

所有的邊視為連接2個(gè)節(jié)點(diǎn)的彈簧,。每一個(gè)彈簧有一個(gè)松弛狀態(tài)下的期望長(zhǎng)度 (resting length)和壓縮強(qiáng)度。算法會(huì)迭代所有的彈簧,，并進(jìn)行仿真模擬獲得每個(gè)彈簧的最佳長(zhǎng)度,。是比較常用的一種，其獲得結(jié)果也是一個(gè)環(huán),，但對(duì)空間的利用比下面兩種要好,。

yFiles Organic Layout

也是一種Spring-embeded的算法，可以展示網(wǎng)絡(luò)圖的聚類(lèi)結(jié)構(gòu),。

SlideShare上的一篇PPT,， https://www./keiono/introduction-to-biological-network-analysis-and-visualization-with-cytoscape-part1

1. Cytoscape的基本使用

2. 早期錄制的Cytoscape視頻教程, 含安裝和基本使用