PPI（Protein-protein interaction）,，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。網(wǎng)絡圖中的節(jié)點代表蛋白質(zhì),，連線表示兩個蛋白質(zhì)之間存在關聯(lián),。蛋白質(zhì)是基因表達的產(chǎn)物，通過了解蛋白質(zhì)分子之間的關聯(lián)性從而間接了解基因之間的相關性,，進而挖掘核心的調(diào)控基因,。

STRING數(shù)據(jù)庫是蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)庫，覆蓋物種多,，蛋白數(shù)量多,。數(shù)據(jù)庫目前包含14'094個物種和67'592'464 個蛋白質(zhì)。其中string數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)來自包含Biocarta, BioCyc, GO, KEGG, and Reactome在內(nèi)的5個數(shù)據(jù)庫,。關系得分表示可信度,，分越高越可信,。

我們想要知道已知的多個蛋白之間的關聯(lián)性,，在這里我們選擇案例#1作為示例。

• 打開STRING數(shù)據(jù)庫——選擇多個蛋白——輸入蛋白——點擊search——點擊CONTINUE

• 這樣我們就獲取了輸入蛋白之間的關聯(lián)關系,，我們將這張圖以表格(string_interactions.tsv)的形式下載下來

• 具體的表格注釋已寫在表格中

• 首先打開cytoscape軟件,，接下來我們將下載的表格(string_interactions.tsv)導入cytoscape當中

• 在導入的過程中，還有需要設置的部分

• 表格導入之后就會自動生成網(wǎng)絡圖

這樣的圖還不是最終圖，仍需要美化,，這就體現(xiàn)了cytoscape的優(yōu)勢,。

• 如何美化

節(jié)點的顏色、形狀,、字體修改,。

如果提供的節(jié)點屬性包含F(xiàn)C值和pvalue，我們可以根據(jù)FC設置節(jié)點的大小,，F(xiàn)C值越大,，節(jié)點越大；也或者根據(jù)pvalue值設置節(jié)點的由藍到紅的漸變等,。

線的類型,、顏色、粗細

以上就是從STRING到PPI網(wǎng)絡圖的基本流程和簡單操作,。除了上述方法外,，Cytoscape也可通過安裝插件——stringApp的方法，來獲取該數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)之間的關聯(lián),。不管哪種方法,，最終目的都是獲取PPI網(wǎng)絡圖。