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Cytoscape必須有java環(huán)境,，可以直接百度【如何安裝Cytoscape】,，很多回答的。 注意：本帖下面構(gòu)建的“co-expression network”是錯(cuò)誤的,！基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)是一個(gè)矩陣,，而非網(wǎng)絡(luò)圖，以下的構(gòu)建思路完全錯(cuò)誤,！請(qǐng)各位站友僅把此貼看做一個(gè) 如果構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖 的簡(jiǎn)單教程,。 1.打開(kāi)Cytoscape，導(dǎo)入【基因表達(dá)對(duì)】文件→構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),。
2.設(shè)置源節(jié)點(diǎn),、靶節(jié)點(diǎn)，PCC就是edge的屬性,。
3.可以自行調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)圖中edge和node的屬性，讓它看起來(lái)很好看,。
5.用MCODE插件,，篩選出子網(wǎng)（參數(shù)設(shè)置可根據(jù)文獻(xiàn)，不過(guò)圖片顯示的設(shè)置值是很多文獻(xiàn)都采用的）,。 Mcode下載地址：http://apps./apps/mcode
7.分析出的子網(wǎng)信息會(huì)顯示在新的窗口中,，你可以將它建立到主窗口中，然后對(duì)其進(jìn)行Style等調(diào)整,。 8.保存整個(gè)網(wǎng)絡(luò)文件,、輸出各個(gè)網(wǎng)絡(luò)圖。記得選高分辨率哦,！
分享一個(gè)特別特別好的Cytoscape教程,，我就是看這個(gè)學(xué)會(huì)的哦！ |
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