小伙伴們,，上一篇中我們留了一個問題，Bacteridoes的標(biāo)注方法是1,，2*,，3，4,，你答對了嗎,？這一篇中將講解當(dāng)數(shù)據(jù)方差不齊的時候，如何用非參數(shù)檢驗(yàn)比較組間差異,，特別提醒下面演示的功能,，只有spass22.0以上版本才具有。

上篇鏈接：研究方法系列 | 菌群豐度差異分析-spass小技巧（上）

3. 非參數(shù)檢驗(yàn)

3.1無基底組多重比較

當(dāng)數(shù)據(jù)方差不齊時,，通常選用非參數(shù)檢驗(yàn),，這種檢驗(yàn)方法不受數(shù)據(jù)是否符合正態(tài)分布的限制。操作時,，選擇【分析】 → 【非參數(shù)檢驗(yàn)】 → 【獨(dú)立樣本】,，在彈出的對話框中有三個小標(biāo)簽，【目標(biāo)】中默認(rèn)選擇【自動比較不同組間的分布】,。

【字段】中選擇【使用定制字段分配】,，將分析變量Actinabacteria放入【檢驗(yàn)字段】框中，將分組變量VAR001放入【組】中,。

【設(shè)置】中選擇【自定義檢驗(yàn)】,， 如果是無基底多重比較，則勾選【Kruskal-Wallis單因素 ANOVA（k 個樣本）】,，選擇【所有成對比較】,。最后點(diǎn)擊【運(yùn)行】按鈕。

 結(jié)果如下,，報告中Kruskal-Wallis檢驗(yàn)結(jié)果,，P=0.003，即拒絕H0假設(shè),，至少有一對兩兩比較組差異顯著,。雙擊此結(jié)果表格，出現(xiàn)詳細(xì)的兩兩比較檢驗(yàn)結(jié)果如下圖,。

左邊為Kruskal-Wallis檢驗(yàn)結(jié)果,，右邊為各分組之間的對比情況，在【查看】選項中選擇【成對比較】,，即可出現(xiàn)兩兩比較的結(jié)果,。

P值<0.05即為差異顯著,，因此結(jié)合上面的箱型圖，Actinobacteria在4個組的差異情況可標(biāo)注為1ab,，2b，3b,，4a,。

3.2 有基底組多重比較

如果是有基底多重比較，數(shù)據(jù)填充需要進(jìn)行如下改動,，即每一個比較列只有兩個組,，下圖為以4組為基底組的數(shù)據(jù)填充和【字段】選擇。

【設(shè)置】中勾選【Mann-whiteney（兩樣本）】或者【Kolmogorov-Smirnov（兩樣本）】,，最后點(diǎn)擊【運(yùn)行】按鈕,。

由圖可知，以第4組為基底,，Mann-Whiteney檢驗(yàn)結(jié)果顯示1組,、2組和3組對于4組均有顯著差異。

由圖可知,，以第4組為基底,，Kolmogorov-Smirnov檢驗(yàn)結(jié)果顯示2組和3組對于4組均有顯著差異，而對于1組沒有差異,。

這兩種檢驗(yàn)方法的原理不同,，因此結(jié)果會有差異。小編推薦大家根據(jù)自己的數(shù)據(jù)情況選擇合適的檢驗(yàn)方法,，但是一旦選擇,，則在各個菌群比較需始終保持一致。

好了,，到這里我們使用Spass進(jìn)行菌群豐度比較分析,，標(biāo)注差異顯示的小技巧就分享完了。在此提醒各位小伙伴,，使用Spass22.0以上版本哦,，下面以一張圖總結(jié)我們的分析策略吧！