引導(dǎo)基金的管理方式主要有以下幾種：

一,、是成立獨(dú)立的事業(yè)法人主體作為基金的管理機(jī)構(gòu),。比如深圳市創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金，專門成立了深圳市創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金管理委員會(huì)辦公室（市創(chuàng)投辦）,，負(fù)責(zé)引導(dǎo)基金的日常管理工作,；南京市創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金的日常管理運(yùn)作，也是由專門成立的南京市創(chuàng)業(yè)投資發(fā)展中心負(fù)責(zé),。

二,、是委托地方國(guó)有資產(chǎn)經(jīng)營(yíng)公司或政府投資平臺(tái)公司負(fù)責(zé)引導(dǎo)基金的管理運(yùn)作。比如石景山區(qū)創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金是以石景山區(qū)國(guó)有資產(chǎn)經(jīng)營(yíng)公司作為受托管理機(jī)構(gòu),，負(fù)責(zé)引導(dǎo)基金的運(yùn)作,；石家莊市創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金委托石家莊發(fā)展投資有限公司負(fù)責(zé)具體投資運(yùn)作。

三,、是委托地方國(guó)有創(chuàng)投企業(yè)負(fù)責(zé)引導(dǎo)基金管理運(yùn)作,。如蘇州工業(yè)園區(qū)創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金的管理機(jī)構(gòu)為蘇州元禾控股集團(tuán)，上海市創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金由上海創(chuàng)業(yè)投資有限公司作為管理機(jī)構(gòu),，廣州市創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金則委托廣州市科技風(fēng)險(xiǎn)投資公司管理,。

四、是成立引導(dǎo)基金管理公司或者由公司制引導(dǎo)基金自行管理,。前者如北京股權(quán)投資發(fā)展基金管理有限公司,、浙江省創(chuàng)業(yè)風(fēng)險(xiǎn)投資引導(dǎo)基金管理有限公司,，此類公司并非引導(dǎo)基金的出資主體，而僅作為受托機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)基金管理運(yùn)作,；后者如上海浦東科技投資有限公司,、成都銀科創(chuàng)業(yè)投資有限公司等，由公司內(nèi)部團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)基金管理運(yùn)作,，內(nèi)部治理按照《公司法》執(zhí)行,。

五、是委托外部專業(yè)管理機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)引導(dǎo)基金管理,。如上海楊浦區(qū)人民政府引導(dǎo)基金委托美國(guó)硅谷銀行,，金山區(qū),、閔行區(qū)創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金委托盛世投資,，紹興市創(chuàng)業(yè)投資引導(dǎo)基金委托凱泰基金等。此外,，2009年成立的安徽省創(chuàng)業(yè)（風(fēng)險(xiǎn)）投資引導(dǎo)基金,、2012年成立的荊州市創(chuàng)業(yè)（產(chǎn)業(yè)）投資引導(dǎo)基金均曾委托浦東科投作為其管理機(jī)構(gòu)，也可算作委托專業(yè)機(jī)構(gòu)管理的典型代表,。

在基金管理費(fèi)方面,，對(duì)于引導(dǎo)基金管理機(jī)構(gòu)來說，一般會(huì)得到2%左右的固定管理費(fèi),。由于多數(shù)引導(dǎo)基金出于政策導(dǎo)向,，主要以帶動(dòng)社會(huì)資本參與創(chuàng)業(yè)投資為主要目的，并無營(yíng)利要求,，因此,，管理機(jī)構(gòu)獲得業(yè)績(jī)分成的情況并不常見。