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OmicShare Tools 不會編程也可繪制SCI文章圖表

 福建醫(yī)大 2018-10-14

功能:
將基因間的調(diào)控互作關(guān)系繪制成一個有權(quán)重的網(wǎng)絡(luò)圖,。 Learn More~


輸入:

①需要輸入一個邊界文件。
②邊界文件格式說明:邊界文件至少包含三列,,其中,,
第一列和第二列為基因名稱或基因ID,在同一行中,,表示第一列的基因和第二列的基因有相互作用關(guān)系(沒有方向的區(qū)分),。第三列為權(quán)重,即兩個基因間的相關(guān)系數(shù),。
在權(quán)重網(wǎng)絡(luò)圖中,,不同的權(quán)重將用不同的線條類型表示。之后還可以有其他數(shù)據(jù),,比如基迪奧WGCNA結(jié)題報告中給出的cytoscape配置文件edge文件,,總共有六列。
邊界文件必需包含表頭,,表頭可以自定義,如:fromNode, toNode, weight


參數(shù):

①連通性:連通性的計算方法有硬閾值和軟閾值兩種方法,。硬閾值是指一個基因與多少個基因有聯(lián)系,。例如基因A總共與10個基因有相互作用,則基因A的連通性為10,。軟閾值是指一個基因與其他基因的相關(guān)系數(shù)(權(quán)重,,weight)的總和。例如基因A與基因B 的權(quán)重為0.2,,與基因C的權(quán)重為0.3,,與基因D的權(quán)重為0.5,則基因A的連通性為0.2+0.3+0.5=1。

②權(quán)重范圍:可自行設(shè)置權(quán)重范圍,,展示特定權(quán)重范圍下的基因間調(diào)控關(guān)系,。 注意:如果連通性方法選擇的是硬閾值,則是先篩選權(quán)重范圍再在這個范圍內(nèi)計算基因的連通性,;如果連通性方法選擇的是軟閾值,,則是先計算每個基因的連通性后再篩選權(quán)重范圍進行展示。


輸出:
輸出一個可以編輯的網(wǎng)絡(luò)圖,。自行編輯后,,可以保存為png, pdf, svg格式。同時輸出連通性的顏色圖例,,可以另行下載,,格式為.svg。    

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