在新疆地區(qū)宗教演變史上,，由于統(tǒng)治階級(jí)的利用或教派間的爭(zhēng)斗,，曾經(jīng)出現(xiàn)過(guò)宗教戰(zhàn)爭(zhēng)或教派沖突，造成社會(huì)劇烈動(dòng)蕩,，給各族人民帶來(lái)深重苦難,。伊斯蘭教傳入新疆地區(qū)后，對(duì)當(dāng)?shù)刈诮谈窬旨捌溲葑儺a(chǎn)生了很大影響,，但并沒(méi)有改變新疆地區(qū)多教并存的基本格局和交融共存的宗教關(guān)系,，更沒(méi)有改變包括伊斯蘭教在內(nèi)的新疆地區(qū)多種宗教不斷中國(guó)化的根本方向。

伊斯蘭教傳入以前,，新疆地區(qū)以佛教為主,，從塔里木盆地周緣大大小小的綠洲之城，到北疆的游牧諸邦,，信仰佛教的人不計(jì)其數(shù),。高昌（今新疆吐魯番市高昌區(qū)東南）和于闐（今新疆和田西南）都是佛教盛行的地區(qū)，漠北回鶻汗國(guó)主要以信仰摩尼教為主,?；佞X西遷進(jìn)入西域后，在高昌回鶻境內(nèi),，當(dāng)?shù)厥⑿械姆鸾倘〈四δ峤潭紦?jù)了主導(dǎo)地位,，大批回鶻人上至王公貴族、下至底層民眾普遍成為佛教徒,。他們用回鶻文翻譯的佛教經(jīng)典,，創(chuàng)作的佛教作品，開(kāi)鑿的佛教石窟,，繪制的佛教壁畫(huà),，都融合了中原、回鶻,、吐蕃及當(dāng)?shù)鼐用竦奈幕?。高昌回鶻有佛寺50多處,，佛寺內(nèi)藏有《大藏經(jīng)》《唐韻》《玉篇》《經(jīng)音》等漢文書(shū)籍。位于新疆吉木薩爾縣的北庭西大寺遺址,，是高昌回鶻時(shí)期主要由回鶻人興建的王家佛寺,，在佛寺形制、塑像和壁畫(huà)方面具有鮮明的回鶻佛教特點(diǎn),。

回鶻西遷后,，高昌回鶻統(tǒng)治者雖改信佛教，但摩尼教對(duì)高昌回鶻社會(huì)生活,、思想文化等方面仍產(chǎn)生很大影響,。公元9-12世紀(jì)，吐魯番地區(qū)是當(dāng)時(shí)世界摩尼教的主要中心之一,。吐魯番出土的《二宗經(jīng)》《摩尼教徒懺悔詞》,，以及懺語(yǔ)、歷書(shū),、藥書(shū),、占卜辭等許多摩尼教文書(shū)，大多是用被稱為“摩尼文”的文字書(shū)寫(xiě)的,，也有用回鶻文等文字書(shū)寫(xiě)的,。高昌地區(qū)保存了不少摩尼教遺存。在柏孜克里克以及勝金口,、吐峪溝等石窟就有幾十個(gè)摩尼教洞窟,，其中一些保存著摩尼教壁畫(huà)。通過(guò)這些文化遺存,，可以明顯發(fā)現(xiàn)摩尼教文化與當(dāng)?shù)胤鸾碳捌渌诮涛幕g的相互融合與吸收,。在高昌故城摩尼教寺院遺址發(fā)現(xiàn)的摩尼教女神像，頭戴精致的白色扇形帽,，是摩尼教特有的裝飾,，頭后有日光光輪，細(xì)眉柳目,，腴面小口,，佩有耳環(huán)，與龜茲佛教壁畫(huà)中的天女,、菩薩形象十分相似,。

高昌回鶻統(tǒng)治者雖然以佛教為主要信仰，但對(duì)待其他各種宗教都相當(dāng)寬容,，并不以自己的信仰排斥或壓制其他宗教,，因此這是佛教、摩尼教、景教,、祆教,、道教及薩滿教等多種宗教能夠在高昌回鶻境內(nèi)共存的原因。

9世紀(jì)末10世紀(jì)初,，喀喇汗王朝統(tǒng)治者將伊斯蘭教傳入了新疆地區(qū),。起初，喀喇汗王朝統(tǒng)治者主要信奉佛教與摩尼教,。后來(lái),，喀喇汗王朝的統(tǒng)治者為了奪取和鞏固政權(quán)的需要而改信伊斯蘭教?？雇醭邮芤了固m教后,，于10世紀(jì)中葉，向信仰佛教的于闐王國(guó)發(fā)動(dòng)40余年宗教戰(zhàn)爭(zhēng),，11世紀(jì)初攻滅于闐，強(qiáng)制推行伊斯蘭教,，結(jié)束了佛教在這個(gè)地區(qū)千余年占主導(dǎo)地位的歷史,。與此同時(shí)，佛教文化時(shí)期創(chuàng)造的新疆各民族文化藝術(shù)遺產(chǎn)遭到嚴(yán)重破壞,，景教等其他宗教也遭到重創(chuàng)和壓制,。以后喀喇汗王朝又對(duì)信仰佛教的高昌回鶻王國(guó)發(fā)動(dòng)宗教戰(zhàn)爭(zhēng)，雙方互有勝負(fù),，形成了佛教和伊斯蘭教并立的多種宗教并存格局,。隨著伊斯蘭教的不斷傳播，祆教,、摩尼教等宗教日趨衰落,。喀喇汗王朝的回鶻人信仰伊斯蘭教并不是當(dāng)時(shí)民眾主動(dòng)改信和轉(zhuǎn)型,，而是宗教戰(zhàn)爭(zhēng)和統(tǒng)治階級(jí)強(qiáng)制推行的結(jié)果,。

喀喇汗王朝征服于闐王國(guó)之前，于闐佛教十分興盛,。于闐人對(duì)佛教進(jìn)行自我闡釋?zhuān)斗鸨旧潯愤@部由于闐王李從德資助完成的,、由51個(gè)佛本生故事組成的長(zhǎng)卷，就是一部經(jīng)過(guò)作者加工,、以韻文形式寫(xiě)成的新作,，是佛教理論日益成熟的表現(xiàn)。

伊斯蘭教傳入新疆地區(qū)以后,，就沿著中國(guó)化的方向發(fā)展,，經(jīng)過(guò)與新疆各民族傳統(tǒng)信仰和文化的長(zhǎng)期融合，逐漸成為中華文化的一部分，并表現(xiàn)出地域特征和民族特色,。新疆地區(qū)伊斯蘭教的中國(guó)化,，首先，體現(xiàn)在主動(dòng)吸收和保留原有信仰和文化內(nèi)容,，吸收了不少薩滿教,、祆教、佛教等內(nèi)容,；其次,，伊斯蘭教傳入新疆地區(qū)后，在宗教儀式和教理教法等方面都進(jìn)行了簡(jiǎn)化,，如喀喇汗王朝的伊斯蘭教信仰甚至還保持著游牧政權(quán)的氏族宗法觀念,；最后，宗教上層從來(lái)沒(méi)有掌握或僭越過(guò)世俗權(quán)力,，如喀喇汗王朝主要實(shí)行政教分離,、以政統(tǒng)教的政策，最高權(quán)力始終掌握在世俗統(tǒng)治者手里,，這與中原政權(quán)處理政教關(guān)系的模式也是一致的,。