染色體外環(huán)狀DNA（eccDNA）屬于線性的染色體DNA的一個(gè)擴(kuò)展。之前對(duì)于eccDNA的基本特征,，我們基于一個(gè)綜述進(jìn)行了簡(jiǎn)單的介紹: [[eccDNA基本內(nèi)容]],。而關(guān)于eccDNA相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)，目前一共也才有兩個(gè)在線數(shù)據(jù)庫(kù),。今天就先來(lái)其中的一個(gè)：CircleBase: http://circlebase./welcome/index

背景數(shù)據(jù)集介紹

CircleBase中的eccDNA主要來(lái)自于之前發(fā)表的eccDNA研究的測(cè)序數(shù)據(jù),。基于之前的文章,，作者一共找到601036個(gè)eccDNA,。對(duì)于找到的eccDNA作者首先使用HOMER進(jìn)行了基因組注釋。進(jìn)一步，對(duì)注釋到的基因進(jìn)行了使用多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了綜合性的分析,，其中包括調(diào)控的基因,，轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析，基因eQTL,，染色質(zhì)相互作用等等,。

數(shù)據(jù)庫(kù)使用

CircleBase可以直接輸入想要檢索的的內(nèi)容即可。這里我們可以輸入：基因名,、染色體位置以及ecDNA_id,。這里我們輸入EGFR。

經(jīng)過(guò)檢索,，首先可以看到在那個(gè)數(shù)據(jù)當(dāng)中含有關(guān)于EGFR的eccDNA,。

選擇想要了解的ecDNA_id號(hào)即可查看具體的ecDNA調(diào)控信息。首先可以看到關(guān)于這個(gè)eccDNA的基本調(diào)控特征

CircleBase每一個(gè)調(diào)控信息融合了多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)果,。點(diǎn)擊具體的某一個(gè)調(diào)控信息,，也可以看到不同數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)果。

以上就是CircleBase的主要使用方法,。如果有多個(gè)基因需要檢索的話,，可以點(diǎn)擊Search進(jìn)行批量檢索。

總的來(lái)說(shuō)

以上就是CircleBase的主要使用方法了,。eccDNA目前來(lái)說(shuō)還算一個(gè)新的研究方向,。相關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)也不多。如果想要研究eccDNA的話可以嘗試使用這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)分析一下,。