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單細(xì)胞新藥研發(fā)導(dǎo)論|| 數(shù)據(jù)之美

 健明 2021-07-15

男,

一個(gè)長大了才會(huì)遇到的帥哥,,

穩(wěn)健,,瀟灑,,大方,靠譜,。

一段生信緣,一棵技能樹,。

生信技能樹核心成員,,單細(xì)胞天地特約撰稿人,簡書創(chuàng)作者,,單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家,。


?

將單細(xì)胞研究的基本思路與新藥研發(fā)的成熟管線結(jié)合起來。

?

制藥行業(yè)有著嚴(yán)格的監(jiān)管和實(shí)驗(yàn)審批機(jī)制,,一直是數(shù)據(jù)科學(xué)深入應(yīng)用的領(lǐng)域,。所有的新藥上市之前,都要經(jīng)過大量嚴(yán)格的臨床前后試驗(yàn)以及數(shù)據(jù)分析,?;谟邢薜膶?shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行建模和模擬,從藥物動(dòng)力學(xué),、藥效學(xué)模型開始并和各種疾病發(fā)展模型甚至生存模型整合起來,,可以幫助評(píng)估和探索新藥研發(fā)方向,從而降低風(fēng)險(xiǎn),,提高效率,。

在化藥研發(fā)過程中,官能團(tuán)隨機(jī)組合的化學(xué)空間,,已經(jīng)大于已知的化學(xué)數(shù)據(jù)庫,。要對(duì)如此龐大的數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)性篩選,不僅需要強(qiáng)大的計(jì)算能力,,更需要優(yōu)化的數(shù)據(jù)模型和算法,。數(shù)據(jù),模型,,算力和量化需求,,在新藥研發(fā)中的作用越來越重要,數(shù)據(jù)也成為新藥研發(fā)的生產(chǎn)要素之一,,并在化藥中形成了計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)這門學(xué)科,。

在生物藥的研發(fā)過程中,特別是人類基因組時(shí)代以來,,組學(xué)數(shù)據(jù)的積累在新藥研發(fā)過程中的作用也日益凸顯,。縱觀生物藥的發(fā)展,,大體可分為三個(gè)階段:

  • 20世紀(jì)60-70年代,,生物物理,、生物生化和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)的發(fā)展,人體生物化學(xué)和生理過程逐漸明晰
  • 20世紀(jì)80年代-21世紀(jì)初(2000),,測序技術(shù)的應(yīng)用,,生物藥的起始,重組人胰島素(基因泰克/禮來)獲批上市
  • 2000年至今,,生物工程藥大規(guī)模產(chǎn)業(yè)化階段,。基因組學(xué),,蛋白質(zhì)組學(xué),,生物信息學(xué)等生物技術(shù)發(fā)展為其提供保障。

多組學(xué)數(shù)據(jù)之于生物新藥研發(fā)不亞于大數(shù)據(jù)化學(xué)之于化藥研發(fā),,不同層次的基因測序是打開人體結(jié)構(gòu)的利器,,幫助人類加深對(duì)生命活動(dòng)機(jī)制的認(rèn)識(shí),也能為藥物治療提供新的思路和靶標(biāo),。

海量單細(xì)胞技術(shù)帶來的組學(xué)數(shù)據(jù)超指數(shù)增長,,為單細(xì)胞時(shí)代下新藥研發(fā)提供了新的生產(chǎn)資料。同時(shí),,我們看到以機(jī)器學(xué)習(xí)為代表的一系列人工智能技術(shù)或者算法日漸成熟,。一方面是數(shù)據(jù)的快速積累,形成大量的圖譜和數(shù)據(jù)庫,;一方面是數(shù)據(jù)挖掘算法(AI)需要找到具體的應(yīng)用場景,。所以人工智能和單細(xì)胞的結(jié)合在學(xué)術(shù)界和企業(yè)界不斷見于推文,如:

  • 2020年5月11日,,《Nature Communications》“Deep learning enables accurate clustering with batch effect removal in single-cell RNA-seq analysis”,。
  • 重磅!晶泰科技與新格元簽署AI癌癥靶向藥研發(fā)合作
  • 百奧智匯-百圖生科(BioMap)戰(zhàn)略合作:共同打造高性能單細(xì)胞大數(shù)據(jù)/AI計(jì)算平臺(tái)

生物信息在新藥研發(fā)的概念驗(yàn)證階段的重要性不言而喻,,在理論上和數(shù)據(jù)上為新藥研發(fā)提供新的啟發(fā)和指導(dǎo)?,F(xiàn)在我們?cè)倏葱滤幯邪l(fā)管線中的一期二期臨床實(shí)驗(yàn)其實(shí)依然是以個(gè)體為單位的,以個(gè)體為單位的實(shí)驗(yàn)注定了周期的長和成本的高,。而臨床試驗(yàn)是不可跨越的部分,,在數(shù)據(jù)和算法不斷積累的當(dāng)下,整體的新藥研發(fā)管線會(huì)不斷縮短,。單細(xì)胞技術(shù)和人工智能,,可以說是21世紀(jì)的當(dāng)下,照亮新藥研發(fā)管線的兩盞燈塔,。

人工智能有強(qiáng)大的發(fā)現(xiàn)關(guān)系能力和強(qiáng)大的計(jì)算能力,。在發(fā)現(xiàn)關(guān)系方面,人工智能可以發(fā)現(xiàn)藥物與疾病的連接關(guān)系,也能發(fā)現(xiàn)疾病與基因的連接關(guān)系,。在計(jì)算能力方面,,人工智能可以對(duì)候選的化合物進(jìn)行篩選,更快篩選出具有較高活性的化合物,,為后期臨床實(shí)驗(yàn)做準(zhǔn)備,。

單細(xì)胞技術(shù)在發(fā)現(xiàn)關(guān)系方面也有強(qiáng)大的能力:細(xì)胞之間的關(guān)系(表型)和基因之間的關(guān)系(機(jī)制)。如在免疫腫瘤學(xué)研究中,,單細(xì)胞分析流程如下:

我想,,此刻定有大量優(yōu)秀的團(tuán)隊(duì)在把人工智能和單細(xì)胞技術(shù)應(yīng)用在新藥研發(fā)管線之中。借助人工智能的發(fā)現(xiàn)和計(jì)算能力和單細(xì)胞的通量和精度擴(kuò)展,,新藥的研發(fā)管線會(huì)愈加靠近精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的要求,。再次回顧現(xiàn)代新藥研發(fā)管線,,我們發(fā)現(xiàn)現(xiàn)在是我們距離個(gè)體化醫(yī)療最近的時(shí)候,。互聯(lián)時(shí)代的發(fā)展讓我們體會(huì)到數(shù)學(xué)之美,,海量單細(xì)胞技術(shù)和人工智能的發(fā)展會(huì)讓我們看到數(shù)據(jù)之美,。

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