在回顧2014的science關(guān)于GBM的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章,，DOI: 10.1126/science.1254257 標(biāo)題是；Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma  在附件看到了一幅我當(dāng)時忽略的圖,。

我發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞具有病人異質(zhì)性但是細(xì)胞系沒有：

如下所示：

可以很清楚的看到,，不同病人的腫瘤細(xì)胞之間差異還是蠻大的，病人內(nèi)部的細(xì)胞之間的相關(guān)性是高于病人之間的,，所以可以看到這個聚類是病人內(nèi)部細(xì)胞在一起,。但是最右邊的兩個細(xì)胞系就不是這樣的啦，兩個細(xì)胞系雖然也是具有腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性,，但是相關(guān)性要普遍高于病人的腫瘤細(xì)胞,。

下載表達(dá)矩陣看看

在https://singlecell./single_cell/study/SCP10/glioblastoma-intra-tumor-heterogeneity#study-download可以拿到文章的表達(dá)矩陣，是 Glioblastoma_expressed_genes.txt 是  log2(TPM+1) expression matrix for all cells profiled including 5948 genes with highest expression.

給大家一個作業(yè)吧,，做出上面的相關(guān)性熱圖,。

這個非常簡單,，千萬不要告訴我你完成不了，任何理由在我看來都是借口,，謝謝?。ㄈ绻愦_實(shí)沒有學(xué)過R語言，處于對單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析感興趣的階段,，那就做一點(diǎn)文獻(xiàn)搜索,，看看有沒有其它文章也提出過這個問題哈）