接受訪問的專家學者

>>Susan V. Lynch 加利福尼亞大學醫(yī)學部消化科

>> Siew C.Ng 香港中文大學醫(yī)學院內科及治療學系腸道微生物群研究中心

>> Fegus Shanhan愛爾蘭微生物協(xié)會和愛爾蘭科克大學學院,，愛爾蘭國立大學

>>Herbert Tilg奧地利因斯布魯克醫(yī)科大學內科學一系，胃腸病學,、肝病學,、內分泌學和新陳代謝

過去二十年來，對腸道菌群及其在健康和疾病中的作用的研究發(fā)展迅速,。然而,，早期的研究重點主要集中在微生物的分類,、微生物種類與疾病之間的相關性以及利用臨床前動物模型來了解表型。目前正在努力為腸道菌群及其作用機制提供功能上的見解,，提高對腸道外菌群作用的認識,，并推動基于微生物的治療學的發(fā)展，以便在臨床中利用微生物群,。在這篇觀點文章中,，我們詢問了一些在腸道微生物組領域工作的科學家和臨床醫(yī)生，詢問他們對將腸道微生物組研究轉化為臨床的主要進展,、挑戰(zhàn)和解決方案的看法,，以及他們對未來進展的預期。

在過去的15年里，腸道微生物研究領域見證了技術,、實踐和概念上的發(fā)展,，這些變化迅速推動了該領域的進步，重塑了我們對人類生物學的看法,。應用宏基因組學,，在種水平上重建微生物基因組并評估微生物基因含量，揭示了腸道微生物群落的多樣性和巨大的功能,。同樣,，質譜技術的進步也揭示了腸道微生物產(chǎn)生的生物活性化合物的驚人多樣性，這些活性化合物對局部和全身都有影響,。腸道菌群轉移可將供體的表型傳遞給受體,，這一發(fā)現(xiàn)增強了對已有治療方法的新型治療策略或佐劑的潛力。最后,，越來越多的人認識到,，腸道微生物群遵循生態(tài)理論的中心原則，早期生命微生物群可能對健康產(chǎn)生持久的影響,，這為腸道微生物組建模,、腸道微生物組工程和疾病預防提供了可能性,。

研究微生物組的新方法,，包括微生物組分析的技術進步，如DNA提取和高通量測序技術的進步,，使我們能夠更深入地了解腸道微生物基因組藍圖及其功能潛力,。大量研究表明，微生物群系“失調”與腸道疾病如炎癥性腸病(IBD),、腸易激綜合征,、肝硬化,、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)和胃腸道惡性腫瘤之間存在重要聯(lián)系。重要的是,，特定微生物已被確認為疾病發(fā)病機制以及對治療的抗性和/或反應中的致病生物,，包括結腸直腸腫瘤發(fā)生和抗性中的核梭桿菌、IBD的低豐度糞腸桿菌prausnitzii(短鏈脂肪酸生產(chǎn)者),、控制糖尿病和肥胖癥中的粘蛋白酵母以及動物和人類研究中克羅恩病發(fā)病機制中潛在的主要參與者奇異變形桿菌,。然而，在構成微生物群的微生物方面仍有很多未知,，包括腸道微生物群的“暗物質”,，如真菌、病毒和古生菌,，這些在過去的研究中被忽視,，但它們可能與細菌一樣重要。這些微生物為宿主-微生物相互作用的研究提供了一個額外的維度,。例如,，在潰瘍性結腸炎中，我們和其他人發(fā)現(xiàn)腸道和粘膜的病毒感染發(fā)生了顯著改變,，可能在疾病的發(fā)病機制中起作用,。

操縱微生物群落的方法已經(jīng)進化。最大的進步之一是了解飲食對腸道微生物群的深刻影響,，如高脂肪飲食,、食品添加劑消費和城市化，這可能導致腸道微生物群不可逆轉的改變,。例如,，低膳食纖維飲食可以導致幾代小鼠的菌群多樣性逐漸喪失，在重新引入膳食纖維后,，這種情況就無法恢復,。從非西方國家遷移到西方國家，與腸道微生物多樣性和功能的立即喪失以及人類下一代肥胖的增加相關,。此外,，飲食中的乳化劑誘導慢性腸道炎癥，通過腸道微生物群的調節(jié),，促進易感小鼠的慢性結腸炎和野生型小鼠的代謝綜合征的發(fā)展,。這些數(shù)據(jù)突出了飲食干預改變我們的微生物群落以預防和治療人類疾病的潛力。

說到微生物治療學,，一種方法并不適合所有人,。對糞便微生物群移植(FMT)的興趣已經(jīng)爆發(fā)，F(xiàn)MT的200多項臨床試驗在ClinicalTrials.gov注冊,。FMT在治療復發(fā)性艱難梭菌感染方面非常成功,，治愈率為90%,，但各種研究表明，IBD和腸易激綜合征等不同疾病的治療結果存在異質性,。這些數(shù)據(jù)表明,，基于供體微生物群組成和/或受體微生物群組成的個性化干預可能與其他慢性疾病相關，但并非所有微生物群療法都有效,！最近兩項精心設計的安慰劑對照試驗未能證明益生菌對腸胃炎兒童的療效,。

最重要的進展是臨床。技術,、計算和生物信息學方面的貢獻提高了我們對腸道微生物群的認識,，但是對于轉化為臨床來說，很少有進展能與FMT對復發(fā)性艱難梭菌相關疾病的治療效果相媲美,。當然,，F(xiàn)MT不是一個新穎的想法，它的使用早在艱難梭菌被發(fā)現(xiàn)之前就已經(jīng)被記錄了幾千年,，但是它確實顯示了當科學和監(jiān)管機構趕上來的時候,，臨床觀察仍然可以領先。值得注意的是,，在一代人之前,，兩位臨床醫(yī)生取得了或許是微生物醫(yī)學最大的進步——將幽門螺桿菌確定為消化性潰瘍的病因。微生物愛好者最好重溫一下這一發(fā)現(xiàn)的教訓,。

簡單地認識到,，當我們吃東西時，我們不僅在養(yǎng)活自己,，而且在養(yǎng)活我們的腸道微生物群,，這可以說是另一個具有巨大臨床意義的進步。這種聯(lián)系對未來也有影響,，因為如果沒有飲食改變的支持來保留補充的微生物,，替換缺失微生物的策略很可能會隨著時間的推移而失敗。

雖然腸道微生物群組成與疾病的許多相關性可能反映了繼發(fā)的或共有的非特異性微生物對疾病的反應,，但微生物群組成與黑色素瘤和其他癌癥中抗程序性細胞死亡蛋白1(抗PD1)治療的療效之間的聯(lián)系確實是異常的,，因為它開辟了腸道微生物群操縱的現(xiàn)實前景，為宿主T細胞反應編程確定了伙伴,。

在肝病學領域中,，腸道微生物水平的治療干預已經(jīng)成為常見的臨床實踐。一個值得注意的例子是肝性腦病,，通過乳果糖或利福昔明對腸道微生物群的控制可獲得臨床上有意義的益處,。然而，在過去的幾年里,，我們觀察到微生物和肝病領域令人興奮的進展,。

早期動物實驗表明，腸道微生物群對脂肪組織的發(fā)育和肝臟脂肪變性至關重要,。人類非酒精性脂肪肝現(xiàn)已顯示出腸道微生物群特征,。在這項研究中，晚期纖維化與蛋白細菌和大腸桿菌豐度的增加和厚壁菌豐度的減少有關,，這使得微生物組能夠預測非酒精性脂肪肝更顯著的纖維化,。腸道微生物群對肝病中的循環(huán)代謝物有很大貢獻。一項大型研究調查了代謝組,、糞便代謝組和肝轉錄組之間的相互關系,。研究人員能夠定義一種糞便代謝物，主要是細菌來源的代謝物苯乙酸,，它不僅與女性非酒精性脂肪性肝病患者的脂肪變性有關,，而且在給予野生型小鼠2周時還能增加肝臟脂質積累。

宿主有益的細菌菌株如粘蛋白桿菌在小鼠和人類中被酒精消耗殆盡,，并且在乙醇誘導的實驗性肝損傷中補充這種細菌改善了小鼠的腸屏障功能并緩解了肝臟疾病,。一項涉及重度酒精性肝炎患者的研究發(fā)現(xiàn)，這些患者表現(xiàn)出腸道微生物群特征,，類桿菌豐度降低,，梭桿菌富集。重要的是,，每納克脫氧核糖核酸中16S核糖體核糖核酸拷貝數(shù)也有顯著增加,，特別是在重度酒精性肝炎患者的循環(huán)中。大量飲酒似乎是循環(huán)微生物群變化的主要驅動力,。此外,，乙醇相關的生物失調降低了吲哚-3-乙酸的水平和芳香烴受體的激活，從而降低了小鼠腸內白細胞介素-22的表達,，導致抗微生物C型凝集素再生胰島衍生蛋白3γ (REG3G)的表達降低,。這種變化導致細菌向肝臟轉移和脂肪性肝炎。經(jīng)工程改造產(chǎn)生白細胞介素-22的細菌誘導REG3G的表達并減少實驗性乙醇誘導的脂肪性肝炎,。

現(xiàn)已對原發(fā)性硬化性膽管炎(PSC)進行了幾項微生物學研究,。與作為對照的健康個體相比，獨立于IBD存在的PSC患者顯示出細菌多樣性減少,，并且一些研究發(fā)現(xiàn)維隆菌屬顯示出豐度增加,。此外，從PSC患者獲得并移植到小鼠體內的肺炎克雷伯菌的特定菌株破壞了它們的腸屏障完整性,，并導致其他致病生物的細菌移位到它們的腸系膜淋巴結中,，并在它們的肝臟中引發(fā)產(chǎn)生白介素-17的輔助性T細胞免疫應答。此外，曼弗雷多·維埃拉(Manfredo Vieira)等人證明,，某種腸道共生細菌(雞腸球菌)向肝臟的轉移引發(fā)了類似系統(tǒng)性紅斑狼瘡的自身免疫,。與雞腸球菌共培養(yǎng)的肝細胞產(chǎn)生大量的I型干擾素和狼瘡自身抗原。重要的是,，在系統(tǒng)性紅斑狼瘡和自身免疫性肝炎患者的肝臟活檢樣本中可以檢測到傳染性法氏囊炎,。這項研究強調，在小鼠和人類肝臟中可以檢測到細菌的脫氧核糖核酸,，并可能引發(fā)免疫介導的疾病,。

最后，肝硬化與嚴重的生物失調有關,，超過50%的分類指定物種來自口腔,，這表明口腔微生物群存在于下胃腸道時可能導致疾病進程或嚴重程度。一項初步研究顯示,，F(xiàn)MT可能成為肝硬化并發(fā)肝性腦病的治療策略,。肝臟中組織微生物群潛在作用的概念也得到了一項新研究的支持，該研究表明在結直腸癌患者的肝轉移中可以檢測到梭桿菌,。所有這些例子都反映了我們在微生物和肝臟醫(yī)學領域面臨的快速進步,。

新出現(xiàn)的證據(jù)表明,，對腸道微生物干預的反應取決于微生物沿胃腸道長度的系統(tǒng)發(fā)育和功能基因含量,，這些特征在早期隨著年齡的增長和健康梯度而發(fā)生顯著變化。因此,，需要在大型,、標準化、縱向人類微生物研究中得到這種信息,，包括具有臨床定義健康結果的代際調查和出生隊列,，以及在臨床試驗中。腸道微生物菌株含量和編碼基因功能也受到飲食和環(huán)境暴露(如抗菌藥物施用)的強烈影響,。這種暴露必須在人類微生物研究中仔細評估,，以了解它們如何與不同生命階段和不同健康梯度的微生物基因組含量和功能相互關聯(lián)。這一進展將有助于制定減輕或增強暴露的策略,，從而可預測地促進微生物功能的特定特征,。這些努力將提高我們對不同生命階段、健康狀況和不同人群中人類微生物功能變化的理解,，這對于模擬人類微生物群落和開發(fā)對微生物不同人群有效的目標干預措施都是必要的,。描述性微生物研究必須與機理研究相聯(lián)系，以提高我們對腸道微生物及其生物活性分子(單獨和整體)如何局部,、系統(tǒng)和縱向影響人體生理學各個方面的理解,。這些集體努力將增強微生物建模,，并最終促進精確的微生物干預。

大多數(shù)當前的微生物研究揭示了與健康或疾病的聯(lián)系,，但很難建立因果關系,。當在給定微生物和疾病或健康狀況之間發(fā)現(xiàn)相關性時，很難顯示候選微生物對于疾病發(fā)作或相反其有益效果的確切含義,。大多數(shù)腸道微生物數(shù)量很少,，難以培養(yǎng),，這阻礙了它們的鑒定和功能檢查以及它們與人類健康的關系,。此外，不同人群之間以及各大洲,、地區(qū)和種族之間的微生物群落結構和組成有所不同,，這阻礙了對腸道微生物群落及其在微生物群落篩選、疾病診斷和疾病預防中下游應用的深入理解,。特定區(qū)域的微生物群(即受人類宿主駐留)可能在影響腸道微生物群組成的其他因素中占主導地位,，這影響了微生物標志物在全球疾病診斷中的應用。例如,，個體的種族起源可能是未來微生物研究中需要考慮的一個重要因素,。重要的是，動物和人類微生物組配置的主要差異已經(jīng)影響了動物微生物組發(fā)現(xiàn)向人類的轉化,，并且在某些情況下,，動物數(shù)據(jù)不能在人類中復制。微生物群落的改變是多因素的,，非常復雜,。很難知道原因和后果。

知識差距,、不可復制性,、夸大和避免顯而易見的現(xiàn)象應該成為微生物學面臨的任何挑戰(zhàn)。我們對腸道微生物群仍然知之甚少,；宿主-微生物相互作用和微生物群(包括病毒群)中殘留的“暗物質”存在著巨大的知識缺陷,。這些“已知的未知數(shù)”很復雜，但會隨著時間和努力而讓步,；可能需要意外發(fā)現(xiàn)和準備的是“未知的未知數(shù)”,。例如，我們應該嘗試控制腸道微生物群從母親到嬰兒的垂直傳播嗎,？我們應該嘗試控制新生兒早期定植的組成,，還是干預微生物的橫向傳播或共享？在現(xiàn)代世界中,，重建腸道(修復丟失或缺失的微生物)有哪些限制和危險,？

微生物學研究向公眾傳播也面臨許多挑戰(zhàn)，包括語言貧乏、夸大其詞和“再現(xiàn)性問題”,，這些問題普遍存在于科學的所有領域,，但微生物學可能特別容易受到影響。科學期刊對此負有一定的責任,，在不懈地追求引用和影響的過程中,，一些科學期刊傾向于正面結果而不是負面結果，以及聳人聽聞的結果而不是增量發(fā)現(xiàn),。人類容易輕信個人微生物“測試”的承諾和無根據(jù)的微生物群操縱健康聲明,，這加大了傳播微生物科學的精確性需求。這方面反映出批判性思維能力差,，特別是消費者的風險和利益評估,。

從腸道微生物群測序中獲得的知識目前正在爆炸，并表明腸道微生物群的復雜性可能比以前認為的更加明顯,。盡管如此,，腸道微生物的個體分析雖然在技術上是可行的，但尚未達到臨床日常實踐,。幾個具有挑戰(zhàn)性的問題仍然懸而未決,，應該成為未來幾年臨床研究的重點:需要確定最佳的臨床隊列，同時考慮混雜因素,，以了解正常和疾病特異性微生物群模式,；應建立健康和疾病的縱向隊列，以了解腸道微生物如何導致某些疾??；某些細菌的生物學功能應在相關的臨床前模型中確定；我們需要理解為什么肯定在特定環(huán)境下,，細菌會改變它們的行為,，并向疾病特異性行為發(fā)展(即充當致病生物)；應使用新的益生元,、益生菌,、抗生素和/或FMT對最有希望的疾病進行隨機對照試驗。

 腸道微生物研究挑戰(zhàn)的解決方案需要在廣泛的優(yōu)先領域進行投資,。這些解決方案包括支持以人為本的微生物學綜合研究，涉及微生物學家,、計算生物學家,、免疫學家、人類遺傳學家,、流行病學家以及詢問,、解釋和翻譯腸道微生物學發(fā)現(xiàn)所需的臨床專業(yè)知識,。同樣重要的是投資開發(fā)樣本收集、處理,、數(shù)據(jù)生成和質量控制的標準化協(xié)議,，這將提高數(shù)據(jù)協(xié)調和交叉研究比較的能力。

此外,，投資建立一個強大的數(shù)據(jù)共享空間(集中管理數(shù)據(jù)的中心),，其中包含符合FAIR(可查找、可訪問,、可操作和可再現(xiàn))原則的有質量保證的數(shù)據(jù),，這將允許對更大的、串聯(lián)的以人為中心的數(shù)據(jù)集進行查詢,，并使數(shù)據(jù)可用性和培訓機會民主化,。明確確定微生物對健康和疾病的貢獻還需要投資于新的工具開發(fā),，包括體外或模型系統(tǒng),，這些系統(tǒng)忠實地概括了在人體原位進行的觀察，以及有助于平行評估微生物群和宿主在人體樣本中轉錄和翻譯的工具,。最后,，為了促進規(guī)模微生物培養(yǎng)和小分子生產(chǎn)力，建立一個基因組和表型人類微生物分離物的精選文庫,，將提高質量控制微生物治療開發(fā)的能力,。

需要通過使用分離的細菌或鑒定的代謝物從相關性轉變?yōu)楦拍钭C明。當發(fā)現(xiàn)給定微生物與疾病或健康狀態(tài)之間的相關性時,，很難顯示候選人對疾病發(fā)作或相反其有益效果的確切含義,。當一個假定的候選物被分離和培養(yǎng)后，有必要以與長期體內試驗相適應的量培養(yǎng)它,。我們需要在腸道微生物富集,、分離和培養(yǎng)方面取得進展，高通量篩選選擇工作應該是優(yōu)先事項,。分離出的微生物菌株應存放在一個公開的儲存庫中,。

應對全球人群進行全面和基礎廣泛的采樣，以建立全面的微生物圖譜(細菌,、病毒和真菌)并記錄稀有微生物,，包括特定于某些全球區(qū)域或族裔的微生物。應考慮精密微生物藥物,，因為個體之間的微生物差異可能影響治療效果,。因此，應制定研究參與者分層和/或準備措施,。此外,，當納入臨床研究時,，確定使用哪個微生物群亞群來適當?shù)貙颊呷哼M行分層也很重要——糞便微生物群、腔內微生物群,、粘膜相關微生物群或內部粘液相關微生物群,。

為了更好地將動物微生物學研究的發(fā)現(xiàn)轉化為人類，我們應關注臨床相關問題,，并使用臨床相關樣本(例如,，人類糞便樣本、人類細菌菌株,、疾病狀態(tài)與正常狀態(tài)的研究),，隨后確認相關和獨立動物模型中的發(fā)現(xiàn)。一種可能的方法是開始人體腸道微生物群的研究,，例如橫斷面研究,，但更重要的是縱向隊列研究，以確定健康和特定疾病中的微生物群特征,。然后應該使用人性化的老鼠模型來驗證這些發(fā)現(xiàn),。

回歸基礎微生物學和基礎研究值得投資，以解決知識缺口,，包括宿主-微生物相互作用的分子基礎,，這與臨床轉化密不可分。然而,，這個世界并不需要從嚙齒動物的研究中獲得更多的現(xiàn)象學,。當然，動物模型確實有價值,，特別是當用于探索基于人類觀察的機制時,，但相反，通過人為的嘗試將嚙齒動物的觀察與人類疾病聯(lián)系起來就沒有價值了,。

在西方世界,，微生物學很可能會繼續(xù)追求個性化醫(yī)學和針對多種慢性疾病的個體特異性微生物療法的崇高理想。這種方法需要嚴格區(qū)分疾病特異性或致病微生物群和更常見的非特異性微生物對疾病的反應,。在某些情況下,，腸道微生物群的變化可能代表對疾病的適當反應，因此是危險的或不適合治療操作,。基于微生物的干預將需要嚴格的循證醫(yī)學和強有力的臨床試驗,。此外，隨著時間的推移,，縱向收集的關于更少個體的數(shù)據(jù),，以解決微生物群落的動態(tài)性質，比大型橫斷面調查更可取,。

與此同時,，在我看來,，對投資的更大需求不在于西方世界，而在于發(fā)展中世界,，在那里,，隨著對腸道微生物如何隨著現(xiàn)代化而變化的理解的加深，預防西方疾病的出現(xiàn)仍然是可能的,。這項研究可能不需要昂貴的跨大陸比較研究,；對發(fā)達國家少數(shù)民族的研究可以為現(xiàn)代世界的祖先腸道微生物提供一個窗口。

未來的微生物群研究將由臨床轉化研究主導,。為了推進這一領域,，我們需要正確的“藥物”(細菌或細菌衍生的代謝物)和在明確定義的臨床環(huán)境中的相應隨機對照試驗。這種方法需要大量的智力和經(jīng)濟投資,。挑戰(zhàn)將是選擇正確的“藥物和/或細菌”,，這只有通過嚴格和簡明的臨床前研究才有可能。這種方法的類型可能大不相同,，從益生元的使用到益生菌或抗生素的使用到FMT,。細菌世界中的大量基因也將允許在未來識別新的治療靶點。

在飲食和環(huán)境暴露的背景下,，通過整合人類表觀遺傳學、免疫和微生物學的研究,，未來幾十年可能會提供更多關于腸道微生物如何整合這些暴露以影響人類健康狀況的機制見解。越來越多的人認識到,，早期生命是人類微生物(和免疫)發(fā)展的拐點,，這可能會刺激早期生命干預，以預防疾病,，并為促進幼兒健康的微生物發(fā)展軌跡繪制藍圖,。隨著標準化投資的增加，預計將開發(fā)基于大型全球代表性數(shù)據(jù)集的人類微生物功能精確預測模型,。與此相關的是推動微生物基因和產(chǎn)品群的鑒定,，以預測疾病發(fā)展、對治療的反應或對藥物施用的需求,。隨著該領域的發(fā)展,，人們越來越認識到飲食對微生物群和宿主健康的影響。對促進微生物功能特定理想特征的食品的分子基礎的理解應該用于促進食品生產(chǎn)實踐中基于事實的改變,，以促進食品供應中的這些特征,。此類信息可用于宣傳和推動提高人口健康的政策。最后,，開發(fā)和測試合理設計的微生物干預措施,，在早期預防疾病或在后期診斷后控制或預防疾病進展,，可能會提高我們識別特定干預措施對其有效的能力，并邁向精確微生物醫(yī)學時代,。

大量未充分研究和以前未發(fā)現(xiàn)的腸道微生物物種,，特別是在菌株水平，將被鑒定,，包括那些以低豐度存在但在疾病發(fā)病機制中具有重要作用的物種,，包括細菌、病毒和真菌,。我設想進行更多的研究,，調查這些微生物的功能，以及改變后的腸道微生物是否以及如何在使用無菌動物驅動疾病表達方面發(fā)揮作用,，而不僅僅是證明肝病和胃腸癌之間的聯(lián)系,。

微生物群將被視為下一代藥物，未來的治療或飲食干預可能基于個體腸道微生物群的組成,。微生物分析將被添加到有關飲食,、生物藥物或癌癥藥物研究的臨床試驗中，因為這些信息對于評估臨床結果至關重要,，有可能為正確的藥物選擇正確的患者,。將來，在患者開始癌癥免疫治療或免疫介導疾病的生物治療之前,，他們可能首先要對腸道菌群組成進行分析,，以確定什么是最佳治療方法，他們是否能從FMT獲益,，以及他們是否會有反應,。這種方法的例子可以是預測轉移性黑色素瘤中抗PD1治療的成功和對免疫檢查點抑制劑的反應，免疫檢查點抑制劑受腸道微生物的影響,，或者監(jiān)測白色念珠菌或供體尾狀病毒的豐富度來預測在復發(fā)性艱難梭菌感染中對FMT的反應,，因為白色念珠菌的存在或低水平的供體來源的尾狀病毒已被證明與FMT的療效降低相關。越來越多的研究旨在強調基于微生物群的精確藥物治療的未來,。

微生物療法(微生物本身和/或其代謝物)將得到開發(fā),，并可進入由制藥和商業(yè)實體驅動的臨床試驗。用于遞送微生物治療劑活性成分的新技術的開發(fā)正在進行中,，包括在儲存期間穩(wěn)定活性成分,，以及利用微生物群落的共生性質來增加穩(wěn)定性和效力的新方法。更多從臨床前到疾病狀態(tài)的縱向研究正在進行中,，這些研究通過連續(xù)的微生物取樣和綜合分析來確定微生物失調的核心微生物,、環(huán)境和宿主因素。此外,，將會有更多的投資來研究早期微生物群,，因為這是人類微生物群最容易被調節(jié)的黃金時期,。例如，香港中文大學醫(yī)學院目前正在中國大灣地區(qū)(包括香港,、深圳,、廣州和佛山)招募100，000對母嬰進行7年以上的隨訪,，以確定早期促進腸道微生物健康和疾病的定義,，以及如何預測疾病的發(fā)展，包括IBD病,、肥胖癥和其他免疫介導的疾病,。

可以預見的是，大數(shù)據(jù)的部署將成為許多科學家的愿望清單中的一個特色,，同時也是利用腸道微生物群作為個性化營養(yǎng)管理的前景,。這個愿望與其說是承諾，不如說是白日夢,。復雜的讀數(shù),，如宏基因組學和代謝組學的讀數(shù)，不可能單獨改變人類行為,。人們不太可能回到祖先的高纖維飲食,，因為科學家說它們對他們的腸道微生物群有益！需要教育,、改善公共衛(wèi)生信息和知情的糧食政策,。此外，健康的社會決定因素將繼續(xù)勝過個性化預測因素,?；谖⑸锏膫€性化營養(yǎng)前景的空洞性被一個事實所強調，即正常的微生物群落還沒有被定義,。

盡管偶然發(fā)現(xiàn)可能是非凡進步的基礎，但科學也可以通過解決顯而易見的問題而不是發(fā)現(xiàn)新的東西來前進,。最明顯的是,，隨著社會經(jīng)濟的發(fā)展，西方世界代謝和免疫介導的慢性病的出現(xiàn)是可以預見的,。現(xiàn)代化伴隨著祖先微生物的喪失和工業(yè)化微生物群落的獲得,。微生物學應該追求疾病預防的更高理想，研究集中在保留祖先微生物的機制和重建腸道的策略上,。另一個明顯的全球性挑戰(zhàn)是即將到來的耐藥性瘟疫,。動員和挖掘腸道微生物群，尋找新的抗生素替代品(包括確定的微生物群,、噬菌體和細菌素),，以對抗機會性病原體,，這將是解決方案的一部分。

在接下來的一二十年里,，隨著我們將體驗到這個細菌世界如何影響和驅動各種各樣的肝病,，微生物學領域的進步將改寫肝臟學領域。炎癥和病毒驅動肝癌,，我們將了解肝細胞癌是否以及如何受到腸道微生物群的影響,。另一個引人入勝的領域是微生物群落可能存在于包括肝臟在內的各種組織中，并導致局部疾病,?？偟膩碚f，腸道微生物研究領域充滿了希望和興奮,，這是一個年輕而有才華的科學家向往的世界,。