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當(dāng)別人問起用哪一款軟件可以使用互作數(shù)據(jù)作圖時(shí),，我想很多人就會(huì)建議使用cytoscpae這款人性化and開源的互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)可視化軟件。無論你要做的是protein-protein network, miRNA-mRNA network,，還是共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖以及WGCNA網(wǎng)絡(luò)圖,，cytoscape都能輕而易舉的以你的想法展示數(shù)據(jù)。 如何運(yùn)用cytoscape,？ ▼ 接下來我們模仿一篇文獻(xiàn)中的某張互作網(wǎng)絡(luò)圖來主要講解一下如何用cytoscape進(jìn)行畫圖,。 看到下面這張你幾乎分不清誰與誰互作的網(wǎng)絡(luò)圖了吧？ 不要著急,，首先我們得下載這個(gè)軟件 ▼ 軟件官網(wǎng)地址：www.cytoscape.org 敲黑板,，知識點(diǎn)：安裝軟件前，需要確認(rèn)電腦中的JAVA版本在1.8及其以上,，不然會(huì)報(bào)錯(cuò)的,。然后根據(jù)電腦的操作系統(tǒng)選擇合適的版本即可。 導(dǎo)入數(shù)據(jù) ▼ 首先我們需要對自己的數(shù)據(jù)有點(diǎn)了解,。 Cytoscape對于數(shù)據(jù)的要求很簡單,，只要保證有兩列有互作關(guān)系的protein id 的數(shù)據(jù)即可導(dǎo)入。一般導(dǎo)入數(shù)據(jù)時(shí)選擇默認(rèn)的參數(shù)即可,，如有其它要求可通過點(diǎn)擊下圖中的Advanced Options來調(diào)整參數(shù),。 修改圖片 ▼ 導(dǎo)入數(shù)據(jù)后cytoscpae會(huì)產(chǎn)生一張默認(rèn)參數(shù)的互作網(wǎng)絡(luò)圖，我想各位應(yīng)該不會(huì)滿足這種審美以及布局的圖片,，因此首先可以通過工具欄中的Layout來設(shè)置網(wǎng)絡(luò)圖的布局,，或者自己選擇某個(gè)點(diǎn)或者框選N個(gè)點(diǎn)一起拖動(dòng)位置，以達(dá)到自己滿意布局為止,。 接著通過軟件頁面左邊的Style選項(xiàng)來設(shè)置畫面的一些細(xì)節(jié),，主要是通過Node設(shè)置點(diǎn)的性狀、顏色、大小以及字體顏色,，還可以通過Edge設(shè)置線條顏色,、粗細(xì)以及樣式。最關(guān)鍵的一步則是要通過工具欄中的Tools -> NetworkAnlyzer -> Network Anlysis工具導(dǎo)出每個(gè)Node的degree參數(shù),，將degree高的的Node以更加醒目的方式展示出來,。當(dāng)然如果導(dǎo)入數(shù)據(jù)中還有Edge的weight值，則可以根據(jù)weight值改變Edge線條的粗細(xì),，以展示Node與Node之間連接度的大小,。 最后做完以上幾步后，成果是這樣的 ▼ 后期潤色 ▼ 跟示例圖比較后可知,，還缺少一個(gè)圖例來表示各個(gè)顏色分別代表的degree的區(qū)間,。點(diǎn)擊下圖箭頭所示 -> creat Legend ->Export即可導(dǎo)出網(wǎng)絡(luò)圖所對應(yīng)的圖例。最后就是PS來排版和潤色的事了,。 基本的畫圖方法應(yīng)該就以上幾點(diǎn)了,，更炫更加美觀的網(wǎng)絡(luò)圖可能需要大家的精心繪制了。如果還需要更加強(qiáng)大的畫圖工具,，可以去cytoscape官網(wǎng)下載一些插件來配合使用,。 其實(shí)一款軟件的應(yīng)用從入門到精通，是需要時(shí)間的,。希望大家多多嘗試,，cytoscape用鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)就能做到的，不用大家寫代碼噠,！祝大家早日畫出自己滿意的網(wǎng)絡(luò)圖^_^ |
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