Cytoscape的功能集中于兩點(diǎn),，一個是展示蛋白/其他features間的網(wǎng)絡(luò)圖,，一個使用app里的小工具分析，界面操作性相對簡單(肯定比PS簡單),。
https:///,；搜索Cytoscape進(jìn)入官網(wǎng)。 軟件最好更新一下,，因為不同軟件版本，相同按鈕的軟件中的位置不太一樣,。
直接點(diǎn)擊Download 3.7.1,，可以下載最新版本。 軟件有點(diǎn)大，幾百M(fèi),。
JAVA安裝：java8是否已安裝,？
如果沒有安裝或環(huán)境變量的配置等，安裝Cytoscape時候點(diǎn)擊提示出：是否安裝java,，點(diǎn)擊是即可,。 其他默認(rèn)安裝就可以，可以更改安裝目錄,。（但不建議瞎改）
如圖,。
open source：可以找到不同系統(tǒng)(mac/Linux/Wins)釋放的不同版本 Release Notes：找到釋放的不同版本 Samples Visualizations：展示出軟件可視化圖的類型，讓你看看不同版本,，軟件能做什么圖 cytoscape-tutorials：重點(diǎn),！ Cytoscape manual：可以查看Cytoscape的網(wǎng)頁端學(xué)習(xí)手冊 Cytoscape YouTube channel：你們可以試試能不能打開 Documentation for users：可以獲得更多學(xué)習(xí)材料，如
Cytoscape 的核心是網(wǎng)絡(luò),，簡單的網(wǎng)絡(luò)圖包括節(jié)點(diǎn)（node）和線/邊/連接（edge）。
全部適用于點(diǎn)/線的參數(shù),，我們可以稱之為默認(rèn)參數(shù),。
根據(jù)某些屬性調(diào)節(jié)的參數(shù)帶來的漸變或者離散的變化（這個屬性，你可以在文件中自己添加一列）,。
選中某些/個/條調(diào)節(jié)后適用的變化,，如特定一條線型需要設(shè)置為波浪線。
Node調(diào)節(jié)的內(nèi)容 節(jié)點(diǎn)：就是線線焦點(diǎn)
形狀：圓型,、正方形等
填充：Fill color
高度：Height
寬度：Width
邊界：節(jié)點(diǎn)周圍是否再涂邊,，比如一個圓，如果邊界線全是灰色實線,，現(xiàn)可調(diào)整為不同粗細(xì)線,，不同顏色線，不同形狀線條的屬性,。
描邊后的邊界形狀：比如虛線實線,、波浪線
邊界顏色：漸變/離散顏色的屬性
邊界寬度：
標(biāo)簽
標(biāo)簽/字體的顏色、大小屬性
不常用：
在節(jié)點(diǎn)上添加圖片/表/誤差棒等數(shù)據(jù)：Image/Chart 1
節(jié)點(diǎn)透明度：Transparency
Edge調(diào)節(jié)的內(nèi)容 線的形狀：Line Type 可以設(shè)置全部,，根據(jù)屬性設(shè)置漸變/篩選,、或者設(shè)置某一條
線的寬度：Width
線的source形狀：Source Arrow Shape--是否有箭頭，默認(rèn)沒有,，箭頭是何種形式線的source顏色：source Arrow Unselected Paint
線的target形狀：Target Arrow Shape
線的target顏色：默認(rèn)黑色,，Target Arrow Unselected Paint
線的透明度：Transparency
線里的Label：
設(shè)置線內(nèi)的標(biāo)簽Label,；好比節(jié)點(diǎn)內(nèi)能寫字/標(biāo)簽，那線也是有空間的
這是線內(nèi)標(biāo)簽的顏色Label Color,，大小Label Font Size
大家自己加載示例網(wǎng)絡(luò)圖,，可以隨便試一下工具欄的參數(shù),，這不做圖片的截圖介紹
直接上圖
網(wǎng)絡(luò)圖參數(shù)的設(shè)置 導(dǎo)入圖片后,，需要設(shè)置target和source等參數(shù)； 下面展示了style里Node和Edge的部分設(shè)置,，學(xué)會一個參數(shù)的三種變化的設(shè)置(即上面參數(shù)的介紹),，其他是相同的,，只是功能不一樣，這里需要大家摸索,，自己嘗試一下,，就像摸索下載的一個美圖軟件一樣。
Style設(shè)置也就是Cytoscape的核心設(shè)置,。Style的默認(rèn)設(shè)置是第一排第二個紅框，可以選擇導(dǎo)入的格式,；Properties可以勾選展示的設(shè)置選項,，展示出來，即可進(jìn)行相關(guān)設(shè)置,；最大的紅框即核心設(shè)置選項,，包括了三部分設(shè)置，Node,Edge,network的設(shè)置（左下角進(jìn)行選擇）,，每一部分都是該部分的設(shè)置按鈕,，需要重點(diǎn)學(xué)會！
比如Node里的“Border paint”顏色,，修改描邊顏色,。 第一個按鈕白色是默認(rèn)描邊為白色。 第二個按鈕,，點(diǎn)擊后就可以選擇Type屬性,，根據(jù)文本里具有該列的屬性來設(shè)置，當(dāng)前選擇離散設(shè)置（Discrete Mapping）,，分別手動設(shè)置三種Type設(shè)置為紅綠藍(lán),。 第三個按鈕，一般是對選擇部分進(jìn)行設(shè)置,。
同樣的做法,，如果你需要設(shè)置“Border Width”，也可以設(shè)置描邊的寬度,，默認(rèn)是“0.0”,，即第一個按鈕的設(shè)置,；第二個按鈕設(shè)置Type屬性關(guān)聯(lián)部分描邊的Node，根據(jù)Type屬性來更改默認(rèn),，比如你可以設(shè)置具有Type1的Width為8,，具有Type2的Width為8，具有Type3的Width為8,，那么不具有Type屬性的Width為默認(rèn)0,。第三個按鈕也是設(shè)置選擇的Node的邊，小伙伴們可以試一下~,，反正我是沒需求測試過這個按鈕,，Node的某一條性狀的設(shè)置我還可以用一下~~~~ 
Node的大小設(shè)置如下，通常我們不會再設(shè)置離散了,，但是這樣得根據(jù)設(shè)置的屬性來判斷,；通常不設(shè)置離散(也是英文Discrete)，是因為屬性是數(shù)值,，而且有數(shù)字一般都是慢慢變大,，這個有點(diǎn)類似于數(shù)量性狀和質(zhì)量性狀的一點(diǎn)區(qū)別；因此大小我們通常設(shè)置漸變,，選擇“Continuous Mapping” 
對節(jié)點(diǎn)之間的線條的設(shè)置,，諸如顏色，可以在“Stroke Color”,，對于漸變顏色的設(shè)置,，雙擊進(jìn)去，再單擊你要修改的地方,，就可以自己修改各種中間色,。
對于線條寬度（Width），你也是可以設(shè)置的,，這里不再贅述,，同上； 其次,，還可以在線條內(nèi)編輯信息（Label）,，同樣對于線條內(nèi)編輯的信息/字體的顏色（Label Color）和大小（Label Font Size）你也可以設(shè)置,。 同樣,，線條也是可以和Node一樣，設(shè)置透明度,，范圍在0-255,。
Network的設(shè)置，比如背景色,，比如鼠標(biāo)選擇內(nèi)容的確定,。
Cytoscape有很多小工具可以用來分析,，但是需要先安裝，找到“工具欄的Apps”,，搜索要安裝的小工具,，點(diǎn)擊“Install”安裝功能即可。比如可以分析Go,、KEGG,，這里先不講解。（后面會單獨(dú)介紹各個APP）
其他設(shè)置windows電腦,，按住ctrl鍵,，左擊滑動鼠標(biāo)可以選擇區(qū)域 對已經(jīng)選中的區(qū)域，再按住ctrl鍵,，可以不選擇一些區(qū)域和節(jié)點(diǎn) 如果你想設(shè)置什么屬性給某些區(qū)域,，加載文本的時候，自己手動補(bǔ)進(jìn)去一列屬性給他一個這樣可被區(qū)別對待的信息就好了 還有select等里對齊功能,，上下對齊,，水平對齊等 保存網(wǎng)絡(luò)圖，可以存成PDF,，還可以存成.cys格式,，保存下來已經(jīng)存在的修改，方便下次進(jìn)入繼續(xù)修改等 導(dǎo)入數(shù)據(jù)還可以導(dǎo)入選擇的數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù),，比如你搜索一個TP53,，找到想導(dǎo)入的數(shù)據(jù)庫,，導(dǎo)入即可分析,。
下面的鏈接選擇性觀看： http://wiki./Cytoscape_3/UserManual http://apps./ http://wiki./Cytoscape_User_Manual/Network_Formats http://www./nprot/journal/v2/n10/box/nprot.2007.324_BX1.html http://www./download.php
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