HDock 是一款重要的生物信息學(xué)工具。它專注于蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)對接任務(wù),，能夠依據(jù)輸入的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù),，通過先進算法預(yù)測蛋白質(zhì)之間的相互作用模式與結(jié)合構(gòu)象。其在藥物研發(fā)領(lǐng)域作用顯著,，可助力篩選潛在藥物靶點,，評估藥物與靶蛋白結(jié)合效果。在結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究里,，它幫助科學(xué)家深入探究蛋白質(zhì)復(fù)合物的形成機制,，為理解生命過程中蛋白質(zhì)間的協(xié)同作用提供關(guān)鍵信息，推動相關(guān)科研與應(yīng)用的進展,。
PyMOL 是一款強大的分子可視化軟件,。它能讀取多種分子結(jié)構(gòu)文件格式,，如 PDB 等。用戶可通過便捷的操作界面或命令行,，對分子結(jié)構(gòu)進行全方位展示與分析。能精準選擇特定原子,、殘基或分子片段,，以多種樣式呈現(xiàn)，如設(shè)置顏色,、顯示化學(xué)鍵等,。其在生物化學(xué)、藥物研發(fā)等領(lǐng)域應(yīng)用廣泛,，科研人員借助它可深入探究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系,，直觀理解分子間相互作用，為相關(guān)研究提供清晰直觀且極具價值的分子結(jié)構(gòu)圖像輔助,。
HDock對接后的文件目錄如下 . ├── hdock_67459456bce96.out ├── interface_1.txt ├── interface_10.txt ├── interface_2.txt ├── interface_3.txt ├── interface_4.txt ├── interface_5.txt ├── interface_6.txt ├── interface_7.txt ├── interface_8.txt ├── interface_9.txt ├── lig_67459456bce96.pdb ├── model_1.pdb ... ├── model_100.pdb └── rec_67459456bce96.pdb 選擇最優(yōu)的模型比如我們選擇model_1.pdb用于pymol可視化,，修改受體名字為Receptor、修改配體名字為Ligand
set_name model_1_0001,Receptor set_name lig_1.pdb,Ligand 選擇兩個蛋白間有相互作用的氨基酸殘基,，修改顏色
氨基酸信息位置信息可以從interface_1.txt中獲取比如單獨提取# Receptor-ligand interface residue pair(s):信息使用R語言讀取
Receptor.tsv文件如下
LYS 54A 3.183 VAL 55A 3.789 GLU 57A 2.164 TYR 58A 2.616 GLU 59A 3.152 VAL 60A 4.853 SER 61A 4.991 ASP 73A 4.139 LEU 74A 2.595 ASP 75A 3.579 ALA 76A 4.436 LYS 77A 2.303 PRO 78A 3.734 GLN 79A 2.706 ARG 80A 4.272 ILE 81A 3.739 ASP 82A 2.589 GLY 83A 2.856 ALA 84A 4.123 ALA 85A 3.438 LEU 86A 3.633 TRP 88A 3.069 SER 89A 1.871 LEU 90A 3.335 THR 91A 2.765 LEU 92A 4.944 LYS 93A 3.342 THR 94A 4.682 THR 95A 3.578 ALA 96A 4.378 ARG 115A 2.644 ILE 116A 4.719 THR 117A 2.223 VAL 118A 4.023 ASP 119A 3.271 GLY 120A 1.557 GLU 121A 3.510 使用R語言處理位點信息
using::using(data.table,tidyverse) r=fread('Receptor.tsv',header=F) %>% column_to_rownames('V2') str_remove(r$ V1, 'A' ) %>% paste0(collapse = '+' ) # 54+55+57+58+59+60+61+73+74+75+76+77+78+79+80+81+82+83+84+85+86+88+89+90+91+92+93+94+95+96+115+116+117+118+119+120+121 基于上邊的位點信息在pymol命令行中選擇這些位點
select LigandInterface,Ligand and resi 45+48+49+53+249+252+255+256+261+322+326+23+27+24+318+797+800+329+330+333+332+334+258+263+344+257+348+325+347+351+352+355+46+359+31+41+254 select ReceptorInterface,Receptor and resi 54+55+57+58+59+60+61+73+74+75+76+77+78+79+80+81+82+83+84+85+86+88+89+90+91+92+93+94+95+96+115+116+117+118+119+120+121 
