 Pymol 默認(rèn)可以打開的文件格式是大家都很熟悉的PDB格式，我們可以從“www.pdb.org”這個(gè)網(wǎng)址中下載到,。對(duì)于最新版本的Pymol 即Pymol 2.0我們有了新的解決方案,，以小編為大家展示的這個(gè)對(duì)象為例--- 3ODU，我們可以直接按照以下路徑直接打開：在External GUI中選擇 File—Get PDB,，出現(xiàn)如下對(duì)話框，輸入我們要找的蛋白的PDB號(hào),，點(diǎn)擊Download,，就可以直接下載對(duì)應(yīng)的PDB文件了，快速方便,。 All指所有的對(duì)象,，3ODU指剛才打開的文件，(sele)是選擇的對(duì)象按鈕 A:代表對(duì)這個(gè)對(duì)象的各種action,， S：顯示這個(gè)對(duì)象的某種樣式,， H：隱藏某種樣式， L：顯示某種label,， C：顯示的顏色 下面是操作過程： 點(diǎn)擊all中的H,，選擇everything，隱藏所有 點(diǎn)擊3ODU中的S,，選擇cartoon,，以cartoon形式顯示蛋白質(zhì) 點(diǎn)擊3ODU中的C，選擇by ss,，以二級(jí)結(jié)構(gòu)分配顏色,，選擇 點(diǎn)擊右下角的S， 窗口上面出現(xiàn)蛋白質(zhì)氨基酸序列，找到1164位ITD,，是配體點(diǎn)擊選擇ITD 此時(shí)sele中就包含ITD這個(gè)殘基,，點(diǎn)擊（sele）行的A，選擇rename selection,，窗口中出現(xiàn) 更改sele為ITD,，接著點(diǎn)擊（ITD）行的S選擇sticks，點(diǎn)擊C,，選擇by element,，選擇 調(diào)整窗口使此分子清楚顯示。 ITD行點(diǎn)擊A選擇find,，選擇polar contacts,，再根據(jù)需要選擇，這里選擇to other atoms inobject ,分子顯示窗口中出現(xiàn)幾個(gè)黃色的虛線 ITD行下面出現(xiàn)了新的一行 這就是氫鍵的對(duì)象,，點(diǎn)擊這一行的C,，選擇red ，把氫鍵顯示為紅色,。 點(diǎn)擊3ODU行的S,，選擇lines，顯示出所有殘基的側(cè)鏈,，使用鼠標(biāo)轉(zhuǎn)動(dòng)蛋白質(zhì)尋找與ITD以紅色虛線相連的殘基,，分別點(diǎn)擊選擇這些殘基。注意此時(shí)selecting要是residures
而不是atoms,。選擇的時(shí)候要細(xì)心,。取消選擇可以再次點(diǎn)擊已選擇的殘基。使用上述的方法把選擇的殘基（sele）改名為S1,。點(diǎn)擊S1行的S選擇sticks,，C選擇by elements
點(diǎn)擊L選擇residures顯示出殘基名稱.在這個(gè)例子中發(fā)現(xiàn)其中有一個(gè)N含有3個(gè)氫鍵有兩個(gè)可以找到與其連接的氨基酸殘基，另一個(gè)找不到,，這是因?yàn)檫@個(gè)氫鍵可能是與水分子形成的,，水分子在pdb文件中只用一個(gè)O表示，sticks顯示方式?jīng)]有顯示出來水分子,，點(diǎn)擊all行S選擇nonbonded,，此時(shí)就看到一個(gè)水與N形成氫鍵
點(diǎn)擊分子空白處，然后點(diǎn)擊選擇這個(gè)水分子,，更改它的名字為w,。在all行點(diǎn)擊H，選擇lines,，在選擇nonbonded,，把這些顯示方式去掉只留下cartoon,。點(diǎn)擊w行S選擇nb-spheres.
為了得到更高質(zhì)量和更漂亮得圖片我們可以對(duì)菜單欄按照下面的路徑繼續(xù)處理 Setting >cartoon>highlight color（加深對(duì)比度） Setting > cartoon >fancy helix Setting >transparency> cartoon >調(diào)節(jié)透明度至50% Setting >label>size （調(diào)節(jié)label字體大小） Display>background color>white （背景設(shè)置為白色） |
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