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細(xì)數(shù)大規(guī)模合成工藝中常用的酸胺縮合劑,,總有一種適合你

 令狐夜奔 2022-12-29 發(fā)布于江蘇

早些時日我們?yōu)榇蠹医榻B過一種將環(huán)內(nèi)酰胺,、環(huán)脲等可發(fā)生酮-烯醇互變異構(gòu)的氮雜環(huán)化合物直接胺化的方法,其間用到了BOP,、PyBOP,、BroP等鏻鎓類縮合劑(見文末推薦閱讀)。這類底物首先在堿的作用下轉(zhuǎn)化為相應(yīng)的烯醇化物,,隨后與上述P(V)縮合劑縮合形成高活性的雜芳基鏻鎓中間體,,氮親核試劑進一步對其芳香親核取代SNAr得到C-N鍵偶聯(lián)的產(chǎn)物。反應(yīng)通常在室溫條件下便可一步完成以往需要多步方能實現(xiàn)的轉(zhuǎn)化,。

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 各種不同的鏻鎓類縮合劑(圖片來源:參考資料[1])

事實上,設(shè)計這種縮合劑最早是為了開發(fā)一種高效的途徑構(gòu)建多種不同結(jié)構(gòu)的多肽,,即其中一個氨基酸分子中的NH2與另一分子中的COOH脫水縮合形成肽鍵(酰胺鍵),。考慮到酰胺作為重要的羧酸衍生物在醫(yī)藥,、農(nóng)藥及材料等其他研究領(lǐng)域同樣頻繁出現(xiàn),,此類試劑也逐步在常規(guī)羧酸與胺的縮合反應(yīng)中得到廣泛的應(yīng)用。從反應(yīng)機制來看,,兩者縮合涉及胺作為親核試劑對羧酸的C-O雙鍵親核加成,,質(zhì)子轉(zhuǎn)移后消除一分子H2O得到最終產(chǎn)物。但以上轉(zhuǎn)化是一個平衡過程,,且由于大部分羧酸的親電活性較低,,OH又不是一個良好的離去基團,反應(yīng)很難在室溫下進行,,一般需要高溫加熱,。為了避免反應(yīng)過程中大量形成羧酸銨鹽,人們還要選擇極性低的非質(zhì)子型溶劑,將其中一種反應(yīng)物加入過量,,并及時除去體系中生成的H2O,,促使平衡向形成產(chǎn)物的方向移動。

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羧酸與胺直接縮合的反應(yīng)過程

由此可見,,羧酸與胺直接縮合十分困難,,而使用縮合劑(也稱偶聯(lián)試劑)則可以有效解決這一問題。諾華(Novartis)生物醫(yī)藥研究所曾利用復(fù)雜的文本數(shù)據(jù)挖掘技術(shù),,對1976年至2015年間超過20萬個藥物相關(guān)的美國專利進行分析,,并從中提取出130多萬個化學(xué)反應(yīng),整理出這40年間藥物化學(xué)研究中常用的反應(yīng)類型,。使用最多的反應(yīng)為雜原子的芳基化和烷基化(占比27.8%),,酰化及其相關(guān)的反應(yīng)緊隨其后(占比21.3%),。羧酸與胺縮合從早年在該類轉(zhuǎn)化中占比不到20%一路攀升,,2010年后已超過50%。這種逐年上升的趨勢與縮合劑的發(fā)展與推廣應(yīng)用不無關(guān)系,。

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40年間藥物化學(xué)研究中常用的反應(yīng)類型(圖片來源:參考資料[2])

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?;捌湎嚓P(guān)轉(zhuǎn)化中不同類型反應(yīng)的發(fā)展情況(圖片來源:參考資料[2])

除了上文提及的P(V)縮合劑,自上世紀(jì)初,,人們相繼開發(fā)了一系列不同類型的縮合劑,,盡管從分子結(jié)構(gòu)來看五花八門,但設(shè)計理念大體相同,,即將羧酸中的OH轉(zhuǎn)化為離去性更好的基團,,形成反應(yīng)活性較高的酰鹵、酸酐或活性酯,,進而與氮親核試劑發(fā)生親核加成/取代得到酰胺產(chǎn)物,。此時很多縮合過程在室溫甚至低溫下便可順利進行,條件十分溫和,,底物的適用范圍也大大拓寬,,其中一部分縮合劑還在大規(guī)模的工業(yè)化生產(chǎn)中得到了切實的應(yīng)用。

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縮合劑的設(shè)計理念(圖片來源:參考資料[5])

據(jù)統(tǒng)計,,目前文獻報道的縮合劑已超過250種,,不同縮合劑的適用條件或多或少都存在一定的差異。面對如此龐大的數(shù)字,,如何做出合適的選擇便成為許多人關(guān)注的問題,。輝瑞(Pfizer)公司的Javier Magano博士調(diào)研了大量以往涉及羧酸與胺縮合、藥物合成相關(guān)的文獻,,篩選出大規(guī)模合成工藝中得到應(yīng)用的36種縮合劑,,并對其在文獻中的出現(xiàn)頻次,、分子量、成本等多個參數(shù)進行比較,,與此同時還統(tǒng)計了反應(yīng)中常用的堿和溶劑,,詳細(xì)總結(jié)出一套縮合劑的使用教程。相關(guān)綜述文章發(fā)表在今年的化學(xué)期刊Org. Process Res. Dev.上,。

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下圖展示了截至2020年末,,36種縮合劑在規(guī)模大于100 mmol量級的合成工藝中的出現(xiàn)頻次,本文將按照分子結(jié)構(gòu)類型進行劃分,,著重為大家介紹幾種使用頻率較高的縮合劑,。

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36種縮合劑在規(guī)模大于100 mmol量級的合成工藝中的出現(xiàn)頻次(圖片來源:參考資料[3])

碳二亞胺類縮合劑  


從上述圖表可以看到,1-(3-二甲氨基丙基)-3-乙基碳二亞胺(EDCI)高居榜首,,與之同屬于碳二亞胺類縮合劑的二環(huán)己基碳二亞胺(DCC),、二異丙基碳二亞胺(DIC)同樣得到較為頻繁的使用。這類縮合劑發(fā)現(xiàn)時間較早,,其中DCC在1955年便開始使用,。碳二亞胺包含兩個亞氨基N原子,堿性較弱,,但足以與羧酸反應(yīng)并推動后續(xù)的轉(zhuǎn)化,,同時還能兼容許多對堿敏感的官能團

我們以DCC作為縮合劑為例來展示羧酸與胺的偶聯(lián)過程,,DCC與羧酸混合后可迅速形成O-?;愲寤钚灾虚g體,隨后在胺的作用下發(fā)生氨解得到酰胺,,并形成N,N’-二環(huán)己基脲(DCU)副產(chǎn)物,。假使羧酸過量,另一分子羧酸則會作為親核試劑,,取而代之對O-?;愲逵H核加成/取代產(chǎn)生對稱結(jié)構(gòu)的酸酐,胺再與之反應(yīng)得到目標(biāo)產(chǎn)物,。

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DCC作為縮合劑參與羧酸與胺的偶聯(lián)時可能的反應(yīng)途徑(圖片來源:參考資料[3])

不過,使用這類縮合劑可能還伴隨著其他副反應(yīng)途徑,。O-?;愲逯虚g體的活性過高可緩慢重排為N-酰基脲,,這一過程是不可逆的,。N-酰基脲不能與胺反應(yīng),,導(dǎo)致酰胺產(chǎn)物的收率降低,。而如果以手性α-氨基酸作為羧酸原料,,NH2進行酰基(甲?;?、乙酰基(Ac),、苯甲?;˙z)等)保護后α位手性叔碳上的H原子酸性明顯增強,O-?;愲暹€會在堿的作用下異構(gòu)化,,并發(fā)生分子內(nèi)環(huán)化得到手性噁唑酮五元環(huán)中間體,后者可進一步形成(部分)外消旋的物種,。盡管該中間體與胺混合也能氨解得到酰胺,,但上述轉(zhuǎn)化過程已導(dǎo)致手性碳外消旋化,反應(yīng)效果大打折扣,。

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手性α-氨基酸α位手性叔碳發(fā)生外消旋化的過程

面對以上問題,,直接的解決方法是將吸電子特性的酰基保護基換作芐氧羰基(Z),、叔丁氧羰基(Boc)等烷氧羰基,,減少噁唑酮中間體的形成。反應(yīng)宜選擇位阻大的三級胺作為堿,,抑制O-?;愲瀹悩?gòu)化。除此之外,,人們還發(fā)展了一系列的N-羥基類添加劑(HOXt),。下圖便展示了一些典型的結(jié)構(gòu),其中1-羥基-1H-苯并三唑(HOBt)使用最早,,這類添加劑可將O-?;愲逯虚g體轉(zhuǎn)化為反應(yīng)活性稍弱的活性酯,此時形成N-?;迮c噁唑酮的反應(yīng)途徑均得到有效規(guī)避,,因而可提高目標(biāo)產(chǎn)物的收率、抑制外消旋化,。

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一系列不同結(jié)構(gòu)的N-羥基類添加劑

HOBt本身受到?jīng)_擊時存在安全隱患,,使用時需格外小心,有時也會直接與DCC反應(yīng),,生成二氮雜環(huán)丁烷二聚產(chǎn)物,。1-羥基-7-氮雜苯并三唑(HOAt)的安全性更好,參與反應(yīng)的效率也更高,。受吡啶吸電子特性的影響,,HOAt衍生的活性酯芳香氧基部分具有更好的離去能力,,與胺親核試劑反應(yīng)時吡啶基團還能借助鄰位基團效應(yīng)拉近兩者間的距離。

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HOAt衍生的活性酯與胺親核試劑可借助鄰位基團效應(yīng)相互作用(圖片來源:參考資料[3])

除了N-羥基類添加劑,,DMAP,、吡啶同樣可作為活化劑與碳二亞胺縮合劑聯(lián)用,提高羧酸與胺的偶聯(lián)效率,。其作用機制與前者大體相似,,反應(yīng)中會形成酰基吡啶鎓陽離子活性中間體,。

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DMAP,、吡啶作為活化劑的作用機制(圖片來源:參考資料[3])

DCC衍生的DCU在常規(guī)的有機溶劑中均微溶,盡管可先利用過濾的方式除去絕大部分,,但有時很難進一步通過柱層析與酰胺產(chǎn)物高效分離,,后處理過程常常令人大傷腦筋。相比之下,,DIC參與反應(yīng)后得到的二異丙基脲在有機溶劑中溶解度較好,,EDCI產(chǎn)生的脲副產(chǎn)物更是在水中也具有良好的溶解性,分離時更加方便,,由此成為許多人青睞的對象,。

我們不妨來看看碳二亞胺類縮合劑在藥物合成中的應(yīng)用。1999年,,諾華(Noartis)公司的Mahavir Prashad博士團隊在合成速激肽NK-1受體拮抗劑SDZ NKT343(246)時需要將手性的吡咯烷-2-甲酸244與氨基甲酰胺245縮合,,其間便使用DCC作為縮合劑,HOBt作為添加劑,,最終能以良好的收率得到百克量級的目標(biāo)產(chǎn)物,。246可用于緩解慢性神經(jīng)病理性疼痛。

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速激肽NK-1受體拮抗劑SDZ NKT343的合成(圖片來源:參考資料[3])

再來看一項涉及EDCI的工作,,2020年,,禮來公司(Eli Lilly and Company)的Pablo Garcia-Losada博士、Michael O. Frederick博士等人在合成具有中樞神經(jīng)系統(tǒng)滲透的BACE1抑制劑LY3202626(273)時便用到了這種縮合劑,,反應(yīng)規(guī)模達到十公斤量級,。這類抑制劑可用于治療阿爾茲海默病,彼時已進入2期臨床試驗研究階段,。

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具有中樞神經(jīng)系統(tǒng)滲透的BACE1抑制劑LY3202626的合成(圖片來源:參考資料[3])

羧酸轉(zhuǎn)化為酰鹵  


除了碳二亞胺類縮合劑,,SOCl2、(COCl)2兩種氯化試劑同樣在羧酸與胺的縮合反應(yīng)中具有廣泛的應(yīng)用,。該類試劑可將反應(yīng)活性較低的羧酸轉(zhuǎn)化為酰氯,進而與胺類化合物偶聯(lián)得到酰胺產(chǎn)物,。這種活化方式早在20世紀(jì)初便開始使用,,由于酰氯具有很高的親電活性,,室溫甚至低溫條件下便能順利參與縮合,尤其是應(yīng)對親核能力差,、空間位阻大的胺,。早年人們對于這種反應(yīng)策略的評價褒貶不一,不少人認(rèn)為其反應(yīng)條件過于苛刻,,屬于“過度活化”,。但考慮到SOCl2、(COCl)2廉價易得,,從以下圖表也可以看出,,兩者在成本上具有一定的優(yōu)勢,原子經(jīng)濟性好,,因而在大規(guī)模的合成工藝中十分受用,。

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單位摩爾縮合劑的價格成本(圖片來源:參考資料[3])

當(dāng)然,使用這類活化試劑設(shè)計縮合過程存在一定的局限性,。上文也提到,,兩者具有較強的酸性,參與反應(yīng)時條件較苛刻,,很多對酸敏感的官能團無法兼容,。反應(yīng)中還需加入合適的堿(如Et3N、吡啶,、DIPEA,、Na2CO3、K2CO3)作為縛酸劑中和產(chǎn)生的HCl,,防止其與胺形成鹽酸鹽,,與此同時還需注意處理產(chǎn)生的尾氣。如果羧酸原料的羰基α位為手性叔碳,,酰氯可在堿的作用下轉(zhuǎn)化為烯酮中間體,,后者雖然能與胺親核試劑反應(yīng),但會面臨手性中心外消旋化的問題,。

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手性酰氯在堿的作用下發(fā)生外消旋化(圖片來源:參考資料[3])

通常來講,,形成的酰氯沸點較高可選擇SOCl2作為氯化試劑,沸點低宜換用POCl3,。當(dāng)羧酸分子中包含對酸敏感的官能團時,,人們可考慮將化學(xué)計量的堿與(COCl)2混合,再與之反應(yīng),,減少副反應(yīng)發(fā)生,。制備酰氯的過程中加入催化量的DMF可提高反應(yīng)速率、降低體系溫度,,反應(yīng)后無需嚴(yán)格的分離純化,,除去過量的氯化試劑便可直接用于下一步轉(zhuǎn)化,。與碳二亞胺類縮合劑類似,假使酰氯與胺的縮合速率較慢,,加入DMAP,、吡啶等活化試劑同樣能加速反應(yīng)進行。

1998年,,英國羅納·普朗克(Rh?ne-Poulenc)公司的David J. Lythgoe博士團隊在合成磷酸二酯酶4(PDE IV)抑制劑Piclamilast(RP73401, 8)時使用氯化試劑SOCl2將芳基甲酸5轉(zhuǎn)化為相應(yīng)的酰氯6,,后者進一步與空間位阻較大的4-氨基-3,5-二氯吡啶(7)偶聯(lián)得到最終產(chǎn)物。起初他們以NaH作為堿攫取7NH2的H原子,,提高其親核活性,,反應(yīng)規(guī)模可達公斤量級,,但考慮到大量使用NaH存在安全隱患,,David J. Lythgoe博士團隊又將其替換為tBuOK,反應(yīng)效果同樣很出色,。

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磷酸二酯酶4抑制劑Piclamilast的合成(圖片來源:參考資料[3])

參考資料
[1] Tarek S. Mansour et al., Phosphonium- and Benzotriazolyloxy-Mediated Bond-Forming Reactions and Their Synthetic Applications. Synlett 2010, 8, 1143.
[2] Nadine Schneider et al., Big Data from Pharmaceutical Patents: A Computational Analysis of Medicinal Chemists’ Bread and Butter. J. Med. Chem. 2016, 59, 4385.
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