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發(fā)表雜志：Cancer Immunol Res. 影響因子：11.151 研究背景 流程圖
免疫球蛋白同種型組成和克隆性 ①研究來自TCGA膀胱癌（BLCA）患者隊(duì)列,，這些患者具有不同的mRNA表達(dá)分子亞型,，以確定更可能具有良好預(yù)后且同時(shí)表現(xiàn)出腫瘤內(nèi)高IgG1/IgA比的患者。 ②利用MiXCR研究從BLCA RNA-seq數(shù)據(jù)中提取的IgG序列的克隆性,。 結(jié)果： 下圖a-b：當(dāng)根據(jù)IgG1/IgA比值進(jìn)行分層時(shí),，基底鱗狀細(xì)胞和腔內(nèi)浸潤(rùn)分子亞型與患者生存顯著相關(guān)。與低IgG1/IgA比值相比,，高IgG1/IgA比值與更好的生存預(yù)后相關(guān),。 下圖c：IgG1/IgA比值與Ig克隆性聯(lián)合使用具有較高的預(yù)后價(jià)值，高IgG1/IgA,、低Ig克隆性聯(lián)合使用預(yù)后結(jié)果最好,。
高IgG1/IgA表達(dá)與細(xì)胞毒性免疫特征相關(guān) ①根據(jù)IgG1/IgA比值將基底鱗狀BLCA患者分為3層，并比較3層患者的基因表達(dá)差異,。 ②分析高IgG1/IgA亞群中過度表達(dá)的歸一化基因的通路,。 標(biāo)準(zhǔn)化CD8+效應(yīng)T細(xì)胞和IgG1/IgA比值的預(yù)后價(jià)值 下圖d：CD8+T細(xì)胞標(biāo)記應(yīng)用于TCGA BLCA亞隊(duì)列時(shí)，該標(biāo)記的高表達(dá)與更好的患者生存相關(guān),。 下圖e：使用這一標(biāo)準(zhǔn)化的CD8+T細(xì)胞特征,，與預(yù)后的關(guān)系更加準(zhǔn)確。 下圖f：與單純的CD8+T細(xì)胞信號(hào)相比,，IgG1/IgA比值和標(biāo)準(zhǔn)化的CD8+T細(xì)胞信號(hào)聯(lián)合使用具有更大的預(yù)后價(jià)值,，且高IgG1/IgA比值和高標(biāo)準(zhǔn)化的CD8+T細(xì)胞信號(hào)聯(lián)合使用預(yù)后最好。
預(yù)測(cè)生存期和免疫治療反應(yīng) ①用來自IMVigor210 II期臨床試驗(yàn)的數(shù)據(jù)（atezolizumab），評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)化的CD8+T細(xì)胞特征和IgG1/IgA比值的適用性,，以預(yù)測(cè)個(gè)體對(duì)抗PD-L1免疫治療的反應(yīng),。 結(jié)果： 下圖a：?jiǎn)为?dú)的IgG1/IgA比值對(duì)于atezolizumab的反應(yīng)僅對(duì)排除免疫表型具有顯著的預(yù)測(cè)價(jià)值。 下圖b：在整個(gè)IMVigor210隊(duì)列中,，接受治療的患者總生存期具有顯著的預(yù)后價(jià)值,。 下圖c：在接受治療的鱗狀細(xì)胞亞群中，高Ig克隆性與不良預(yù)后顯著相關(guān),。 下圖d：低Ig克隆性結(jié)合高IgG1/IgA比值與整個(gè)IMVigor210隊(duì)列的最佳預(yù)后相關(guān),。 下圖e-h：原始的CD8+T細(xì)胞特征不能很好地預(yù)測(cè)免疫反應(yīng)。 下圖i-l：CD8+T細(xì)胞歸一化特征結(jié)合IgG1/IgA比值預(yù)后價(jià)值最大,。
抗PD-L1免疫治療反應(yīng)的綜合預(yù)測(cè)模型 ①IMVigor210試驗(yàn)使用評(píng)分系統(tǒng)(ICA)計(jì)算給定腫瘤區(qū)域中PDL1+免疫細(xì)胞的百分比,。 ②使用隨機(jī)森林模型，并通過嵌套交叉驗(yàn)證方法進(jìn)行性能評(píng)估,。 結(jié)果： 下圖：一線治療的截止時(shí)間為5%(IC2/3),，PD-L1評(píng)分的預(yù)測(cè)價(jià)值較低。
下圖a-c：基于CD8A,、CXCL10,、CXCL9、GZMA,、GZMB,、IFNG、PRF1,、TBX21表達(dá)的原始CD8+T細(xì)胞特征。 下圖d-f：標(biāo)準(zhǔn)化的CD8+T細(xì)胞特征,。 下圖g-i：基于精細(xì)標(biāo)準(zhǔn)化CD8+T細(xì)胞特征結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)化KLRC-NK特征,、標(biāo)準(zhǔn)化IL21和GNLY表達(dá)的模型。
PRIMUS交互性分析 ①將PRIMUS應(yīng)用于IMVigor210數(shù)據(jù),，以探索使用SHAP的輸入特征的重要性和相互作用,。 結(jié)果： 下圖a-b：與隨機(jī)生成的數(shù)字相比，每個(gè)PRIMUS變量都顯示出更高的特征重要性,，歸一化的CD8+T細(xì)胞特征與響應(yīng)具有最顯著的關(guān)聯(lián),。 下圖c：高IgG1/IgA比率更能預(yù)測(cè)與高IL21表達(dá)相結(jié)合的反應(yīng)。 下圖d：CD8+T細(xì)胞特征的高表達(dá)與高IL21表達(dá)之間存在相互作用,。
PRIMUS對(duì)免疫“沙漠”表型患者的反應(yīng) 下圖a：RIMUS預(yù)測(cè)了來自IMVigor210試驗(yàn)的免疫“沙漠”患者的反應(yīng),。 下圖b：使用IMVigor210隊(duì)列構(gòu)建PRIMUS。PRIMUS成功預(yù)測(cè)患者的反應(yīng),，證明PRIMUS在預(yù)測(cè)抗PD-L1/PD1免疫治療反應(yīng)方面的效用,。
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