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免疫治療綜合分析數(shù)據(jù)庫

 阿非ycfg 2021-09-22

關(guān)于基于測序數(shù)據(jù)來分析免疫治療情況的話,之前我們介紹過一些和免疫浸潤有關(guān)的數(shù)據(jù)庫,。

免疫浸潤算法那么多,,要怎么選呢?
[[TIMER2 TCGA-免疫浸潤評估數(shù)據(jù)庫]],
[[DREIMT-免疫細(xì)胞和藥物治療的關(guān)系分析數(shù)據(jù)庫]],,
[[GEPIA2021-TCGA免疫細(xì)胞分析數(shù)據(jù)庫]],,
[[TIDB-基于文獻(xiàn)匯總的免疫相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫]]
[[CancerImmunityQTL-SNP對免疫影響的數(shù)據(jù)庫]]

以上的這些都是基于某一個特定的目的來進(jìn)行分析的,。所以今天就給大家介紹一個新開發(fā)的,,多組學(xué)和免疫治療綜合分析數(shù)據(jù)庫: CAMOIP

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關(guān)于這個數(shù)據(jù)庫,主要包括以下五個功能,。

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  1. KM plotter【病人生存分析】,,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人進(jìn)行按照突變與否或表達(dá)量高低進(jìn)行分組,,進(jìn)行生存分析,,并實(shí)現(xiàn)可視化。

  2. Expression【表達(dá)分析】,,用戶可以選擇感興趣的基因,,對病人或腫瘤細(xì)胞系按照突變分組,進(jìn)行表達(dá)量的差異分析,,并使用箱線圖或火山圖來展示,。

  3. Drug Senstivity【藥物敏感性分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,,對腫瘤細(xì)胞系按照突變與否進(jìn)行分組,,對選擇的藥物敏感性(IC50)進(jìn)行差異分析,并使用箱線圖進(jìn)行展示,。

  4. Mutational Landscape【突變?nèi)胺治觥?/strong>,,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人進(jìn)行按照突變與否進(jìn)行分組,,對突變頻率在整體隊列的對應(yīng)數(shù)量的基因進(jìn)行展示其突變類型和突變頻率,,并使用突變熱圖的形式來展示。

  5. Immune Infiltration【免疫浸潤分析】,,用戶可以選擇感興趣的基因,對病人進(jìn)行按照突變與否進(jìn)行分組,,對免疫細(xì)胞,,免疫相關(guān)分?jǐn)?shù),免疫相關(guān)基因,,免疫檢查點(diǎn)相關(guān)分子進(jìn)行差異分析,,并使用箱線圖或熱圖進(jìn)行可視化。

  6. Immunogenicity【免疫原性分析】,用戶可以選擇感興趣的基因,,對病人按照突變與否進(jìn)行分組,,對病人的腫瘤突變負(fù)荷(TMB),新抗原負(fù)荷(NALs),,MANTIS score進(jìn)行差異分析,,并使用箱線圖進(jìn)行可視化。

  7. GSEA【基因集富集分析】,,用戶可以選擇感興趣的基因,,對病人按照突變與否進(jìn)行分組,對病人的表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行GSEA,,將得到的結(jié)果以表格的形式呈現(xiàn)在網(wǎng)頁中,,用戶可以選擇感興趣的信號通路,來進(jìn)行下一步驟的可視化,。

以上就是這個數(shù)據(jù)庫的基本功能介紹了,。關(guān)于這個數(shù)據(jù)庫的主要功能介紹的話??梢圆榭聪旅孢@個公眾號,。數(shù)據(jù)庫主要是他們開發(fā)的。


另外目前數(shù)據(jù)庫還在調(diào)試階段,。如果有一些建議啥的,。可以和作者提建議的哦,。

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