• 項目名稱： anamiR

• 項目主頁： https ：//bioconductor.org/packages/release/bioc/html/anamiR.html

• 操作系統(tǒng)：獨(dú)立于平臺

• 編程語言： R

• 其他要求： R（> = 3.3.3），SummarizedExperiment（> = 1.1.6）,，Bioconductor（> = 3.4）,，stats，DBI,，limma,，lumi，agricolae,，RMySQL,，DESeq2，SummarizedExperiment,，gplots,，gage，S4Vectors

• 許可證： GNU GPLv2

• 非學(xué)術(shù)界使用的任何限制：無

圖,。1

anamiR的概述,。帶有虛線輪廓的圓角矩形以灰色顯示，表示anamiR包的核心,。輸入數(shù)據(jù)和輸出結(jié)果以綠色顯示,。藍(lán)色框表示包中的兩個主要工作流程。三個數(shù)據(jù)庫,，包括來自四個數(shù)據(jù)集（橙色框）的途徑信息,，來自八個預(yù)測程序（白色框）的miRNA-基因相互作用對的集合，以及兩個經(jīng)實驗驗證的數(shù)據(jù)集（紫色框）和MSigDB以黃色圓柱顯示

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圖2

anamiR包中提出的工作流程,。（a）一般工作流程提供六個步驟,，包括標(biāo)準(zhǔn)化（可選），差異表達(dá)分析,，miRNA名稱轉(zhuǎn)換（可選）,，相關(guān)性分析，數(shù)據(jù)庫交集和功能分析,?？梢允褂胢RNA和miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)從工作流程中鑒定miRNA-基因相互作用對和相應(yīng)富集的途徑。（b）執(zhí)行功能驅(qū)動的分析工作流程以鑒定顯著失調(diào)的途徑并使用全基因組表達(dá)譜獲得潛在的miRNA-基因相互作用對,。藍(lán)色顯示的每個框表示anamiR包中的一個函數(shù),。輸入數(shù)據(jù)和輸出結(jié)果以綠色顯示。黃色圓柱表示用于查詢的數(shù)據(jù)庫,，數(shù)據(jù)集集的數(shù)量顯示在括號中

除了一般的工作流程中,，anamiR包提供調(diào)用的功能驅(qū)動的分析另一個工作流程（圖2 B）。用戶可以選擇感興趣的生物學(xué)功能/途徑來進(jìn)行這些綜合分析,。分析相應(yīng)功能途徑中的所有基因,，沒有基于其統(tǒng)計P值的過濾,。這種方法不僅可以減少獲得答案所需的測試次數(shù)，還可以考慮適度的基因表達(dá)變化,，即使它們沒有達(dá)到統(tǒng)計學(xué)意義,。