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【CLSI直通車】微生物信息系統(tǒng)折點(diǎn)設(shè)置的思考

 elabman 2021-09-10

京港感染論壇

十年京港,,逐夢感染病精準(zhǔn)診療


對(duì)于基層醫(yī)院檢驗(yàn)科來說,Lis(laboratory information system,,實(shí)驗(yàn)室信息系統(tǒng))設(shè)置直接關(guān)系著日常工作運(yùn)轉(zhuǎn),。微生物專業(yè)組不像其他專業(yè)組,檢驗(yàn)項(xiàng)目不僅需設(shè)置項(xiàng)目名稱和參考范圍,,隨著微生物報(bào)告單的規(guī)范化要求,,折點(diǎn)的設(shè)置更是考驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室人員的素質(zhì)和耐心。筆者所在實(shí)驗(yàn)室有兩臺(tái)全自動(dòng)細(xì)菌鑒定和藥敏檢測儀器,,藥敏卡片更換之際,,特將Lis的儀器卡片折點(diǎn)設(shè)置心得分享給需要的同道們。

(一)細(xì)菌分組是前提

很多醫(yī)院的Lis設(shè)置多是由信息科或Lis工程師來完成的,,檢驗(yàn)項(xiàng)目也多是來自Lis廠家默認(rèn)導(dǎo)入的數(shù)據(jù),,眾多未分組配置的細(xì)菌和抗菌藥物名稱如大雜燴一般被整體導(dǎo)入系統(tǒng)里。剛連Lis的初始階段可能也沒有足夠的時(shí)間和經(jīng)驗(yàn)來細(xì)化設(shè)置,。因?yàn)橐郧暗奈⑸飯?bào)告單上并未要求顯示抗菌藥物的折點(diǎn),,即使Lis的細(xì)菌和抗菌藥物沒有分組設(shè)置,只要儀器傳輸代碼和Lis連通也是不影響結(jié)果傳輸?shù)?,而Lis和儀器聯(lián)機(jī)往往是鑒定藥敏儀廠家工程師和Lis工程師對(duì)接完成的,。隨著微生物報(bào)告單對(duì)折點(diǎn)顯示的規(guī)范要求,我們需要對(duì)照美國臨床和實(shí)驗(yàn)室標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)會(huì)(Clinical and Laboratory Standards Institute,,CLSI)M100文件把折點(diǎn)逐一在Lis的抗菌藥物設(shè)置里體現(xiàn)出來,,按CLSI M100文件中的折點(diǎn)分類章節(jié)來分組細(xì)菌是最優(yōu)的設(shè)計(jì)方案,,我科Lis的細(xì)菌分組大致分成以下幾類(此分類不具通用性,僅供參考),。

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上圖是我科Lis設(shè)置里的細(xì)菌分組(分類僅用作LIS分組辨識(shí),,無固定模式)

(二)細(xì)菌種類需選對(duì)

設(shè)置好細(xì)菌分組后,就需要把Lis里所有的細(xì)菌名稱進(jìn)行分類設(shè)置,,這個(gè)工作量是比較大的,,需對(duì)應(yīng)專業(yè)書籍一個(gè)一個(gè)細(xì)菌的匹配,包括whonet代碼,,如大腸埃希菌的分組選為“腸桿菌目細(xì)菌”,,金黃色葡萄球菌的分組選為“金葡路鄧葡”,目的是將不同細(xì)菌分組對(duì)應(yīng)的折點(diǎn)分別匹配,。

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上圖是我科LIS系統(tǒng)路鄧葡萄球菌的細(xì)菌代碼和分組設(shè)置界面

有些細(xì)菌不需要做藥敏或是常規(guī)難鑒定的少見菌,,我們可以設(shè)置在“其他暫未分組細(xì)菌”里,有的細(xì)菌雖然設(shè)了分組也不一定要錄入折點(diǎn),,因?yàn)槿粘2恍枰鏊幟?,如微球菌屬、棒桿菌屬及其他適用CLSI M45文件的少見菌等,。真菌如果開展藥敏,,還需要按SIR折點(diǎn)(S:敏感、I:中介,、R:耐藥)和ECV(流行病學(xué)界值)對(duì)真菌分組,,只要是同一個(gè)藥物有不同折點(diǎn)的細(xì)菌就需要單列分組。

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上圖是我科LIS系統(tǒng)煙曲霉的細(xì)菌代碼和分組設(shè)置界面

(三)藥物選擇要考量

實(shí)驗(yàn)室的微生物藥敏報(bào)告,,可能經(jīng)常被臨床醫(yī)生抱怨不夠貼近臨床所需,,甚至更希望我們能把所有藥物都做藥敏,這是不現(xiàn)實(shí)的,。因?yàn)橛械乃幉恍枰鏊幟?,有的藥沒法做藥敏,,還有一些藥物可以預(yù)測用藥,,見“京港感染論壇”公眾號(hào)于波老師分享的稿件《【藥敏報(bào)告解讀】教您一招:由已測藥敏結(jié)果推斷未測藥物的敏感性》。微生物室的藥物選擇必須是有據(jù)可依的,,我們一般參考的是微生物專業(yè)的“圣經(jīng)”--CLSI的內(nèi)容,,有折點(diǎn)的藥物我們才會(huì)做藥敏。如果CLSI沒有折點(diǎn),,儀器藥敏結(jié)果設(shè)置可能會(huì)參考EUCAST(European Committee on Antimicrobial Susceptibility  Testing,,歐洲藥敏試驗(yàn)委員會(huì))、FDA(Food and Drug Administration,,美國食品藥品監(jiān)督管理局)或藥廠說明書,,而這些國內(nèi)使用的體外診斷產(chǎn)品均通過NMPA(National Medical  Products Administration,,國家藥品監(jiān)督管理局)的注冊(cè)審批。同時(shí)我們還需要滿足國家的一些技術(shù)方案,,如全國細(xì)菌耐藥監(jiān)測網(wǎng)技術(shù)方案(2020年版)或真菌耐藥監(jiān)測網(wǎng)的要求,,儀器法不能滿足要求時(shí)還需要手工補(bǔ)做抗菌藥物的敏感性檢測。使用全自動(dòng)鑒定藥敏儀的實(shí)驗(yàn)室,,藥敏卡的選擇相對(duì)有限,,但仍可根據(jù)需求選擇不同的卡片組合。有些醫(yī)院可能合并雙卡聯(lián)用彌補(bǔ)單卡檢測藥物的不足,,如梅里埃的GN67+XN04等(具體卡片代碼對(duì)應(yīng)檢測藥物見附圖:VITEK2革蘭陰性藥敏卡折點(diǎn)匯總表),。此外,我們也應(yīng)該考慮臨床使用抗菌藥物的種類和頻率,,同時(shí)兼顧針對(duì)多重耐藥菌檢測抗菌藥物的需求,,盡可能選擇更符合臨床期待的藥敏卡片。CARSS官網(wǎng)(http://www./)上的“優(yōu)改計(jì)劃”針對(duì)目前常用的儀器廠家的儀器型號(hào),、藥敏卡片有詳細(xì)的總結(jié),,包括藥物折點(diǎn),卡片的局限性,,需要復(fù)核及無法覆蓋耐藥監(jiān)測網(wǎng)要求需要加做的藥物說明,,可以結(jié)合一起參考!

(四)折點(diǎn)設(shè)置考耐心

這個(gè)環(huán)節(jié)就是最考驗(yàn)?zāi)托牡臅r(shí)候了,,我們需要將信息系統(tǒng)庫里的藥物進(jìn)行設(shè)置,,包括藥物的折點(diǎn),藥物分類以及whonet代碼等,。

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上圖是我科LIS的抗菌藥物代碼設(shè)置界面

抗菌藥物分組一般跟細(xì)菌分組對(duì)應(yīng),,可以取相同名稱和代碼,方便設(shè)置時(shí)一一對(duì)應(yīng),,所有的抗菌藥物分組都需要兩套折點(diǎn),,紙片擴(kuò)散法(Kirby Bauer,KB)和MIC法,。并不是所有抗菌藥物都要設(shè)置,,我們需要根據(jù)實(shí)驗(yàn)室報(bào)告的抗菌藥物種類和藥敏方法來選擇。如果是KB,,我們需要在藥敏分組的KB法里對(duì)照CLSI把需要的抗菌藥物設(shè)置進(jìn)去,;如果是全自動(dòng)儀器法,我們需要對(duì)照CLSI把MIC折點(diǎn)設(shè)置到對(duì)應(yīng)的抗菌藥物,。

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上圖是我科LIS的藥敏組合與抗菌藥物對(duì)應(yīng)折點(diǎn)設(shè)置界面

此時(shí)需注意一個(gè)細(xì)節(jié),,就是折點(diǎn)設(shè)置在哪個(gè)位置能顯示在報(bào)告單上,需要測試,。報(bào)告單的空間是有限的,,折點(diǎn)應(yīng)簡潔明了,,不宜喧賓奪主,不影響測定值和結(jié)果閱讀,。我科的折點(diǎn)在報(bào)告單上注明SIR,,折點(diǎn)間以分號(hào)“;”相隔,,無數(shù)值用“—”表示,。“I^”表示中介時(shí)藥物可在尿液中濃集,,目前無針對(duì)實(shí)驗(yàn)室報(bào)告的明確建議,。像有些藥物雖然有折點(diǎn),但還需要做補(bǔ)充實(shí)驗(yàn),。如黏菌素,,雖然表中有CLSI和EUCAST折點(diǎn),但報(bào)告MIC還是應(yīng)該做黏菌素瓊脂試驗(yàn)或肉湯紙片洗脫試驗(yàn),。如表中4,;8;16表示折點(diǎn)是S≤4,;I=8,;R≥16,如1,;—,;—表示折點(diǎn)是S≤1,如4,;—,;8表示折點(diǎn)是S≤4 ;R≥8,。SDD(susceptible-dose dependent,,劑量依賴性敏感)單獨(dú)標(biāo)注,如腸桿菌目的頭孢吡肟和金黃色葡萄球菌的頭孢洛林,。天然耐藥的藥物可在儀器或Lis設(shè)置屏蔽或手動(dòng)刪除,,在備注里用文字表達(dá)天然耐藥的信息。現(xiàn)將我科鑒定藥敏儀的所有卡片藥物參照2021版CLSI M100,、EUCAST,、FDA或NMPA將折點(diǎn)總結(jié)如下,供使用對(duì)應(yīng)卡片的老師參考,,希望能給Lis的MIC折點(diǎn)設(shè)置提供方便。表中僅總結(jié)了針對(duì)藥物卡片的MIC折點(diǎn),,“LIS”僅指我科Lis里設(shè)置的藥物代碼,,各醫(yī)院代碼設(shè)置可能不同,。

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上圖是VITEK2革蘭陰性藥敏卡折點(diǎn)匯總表

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上圖是VITEK2革蘭陽性藥敏卡折點(diǎn)匯總表

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上圖是BD Phoenix 革蘭陽性板條折點(diǎn)匯總表

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上圖是BD Phoenix革蘭陰性板條折點(diǎn)匯總表

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上圖是BD PhoenixSMIC/ID-2 鏈球菌復(fù)合板條折點(diǎn)匯總表

真菌藥敏我科還未正式開展,已購買真菌鑒定藥敏儀,,折點(diǎn)設(shè)置尚在起步摸索階段,,我把徐和平老師根據(jù)2020年CLSI M59、M60,、M61整理的真菌折點(diǎn)借花獻(xiàn)佛分享出來,。(已征求徐老師同意,M59-61都是收費(fèi)文件,,整理不易,,向樂于分享的徐老師致敬!)

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上圖是廈門大學(xué)附屬第一醫(yī)院的徐和平老師整理的真菌藥敏判斷標(biāo)準(zhǔn)

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上圖是根據(jù)徐老師的整理稿針對(duì)我科真菌藥敏儀試劑卡設(shè)置的藥敏折點(diǎn)匯總表

關(guān)于少見菌的折點(diǎn),,見“京港感染論壇”公眾號(hào)2016-06-20【CLSI直通車】浙江大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗(yàn)科楊青老師的課件《不常見或苛養(yǎng)菌藥敏方法(CLSI M45-A3)簡介》里有詳細(xì)解讀,。北京大學(xué)人民醫(yī)院檢驗(yàn)科王輝老師牽頭制定的行標(biāo)《WS/T639-2018抗菌藥物敏感性試驗(yàn)的技術(shù)要求》附錄B有不常見苛養(yǎng)菌和非苛養(yǎng)菌藥敏試驗(yàn)折點(diǎn),附圖如下,。

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(五)持續(xù)改進(jìn)守初心

折點(diǎn)設(shè)置完畢,,還需要在日常工作中運(yùn)轉(zhuǎn)驗(yàn)證。對(duì)于一些CLSI無折點(diǎn)的藥物,,儀器卻有傳輸結(jié)果,,我們需要查看儀器里的折點(diǎn)來源進(jìn)行核實(shí)驗(yàn)證。確定無折點(diǎn)的藥物可要求廠家屏蔽,,或者發(fā)報(bào)告時(shí)手工刪除,。因?yàn)橛行┧幬锟赡芤郧坝姓埸c(diǎn),現(xiàn)在沒有,,但儀器卡片的藥物設(shè)置可能無法及時(shí)更新,,但新版卡片一般會(huì)根據(jù)折點(diǎn)的變化來調(diào)整藥物設(shè)置。報(bào)告單里還需要對(duì)折點(diǎn)的藥敏方法及單位,,參考標(biāo)準(zhǔn),,簡寫說明加以備注。我科微生物報(bào)告單經(jīng)歷了多次改革,,在查漏補(bǔ)缺中持續(xù)改進(jìn),,折點(diǎn)設(shè)置也在不斷完善。

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上圖是我科一例金黃色葡萄球菌的藥敏報(bào)告單

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上圖是我科一例大腸埃希菌的藥敏報(bào)告單

折點(diǎn)設(shè)置看似是個(gè)單純的體力活,,其實(shí)是個(gè)瑣碎的良心活,。因?yàn)榭梢愿桑部梢圆桓?,不影響結(jié)果傳輸,,不影響報(bào)告閱讀,但對(duì)于提升報(bào)告單的質(zhì)量,完善微生物信息系統(tǒng)的設(shè)置,,折點(diǎn)設(shè)置是否正確,,是否能對(duì)照新版CLSI文件實(shí)時(shí)更新,報(bào)告單是否規(guī)范,,都體現(xiàn)了微生物人的用心和情懷,!筆者針對(duì)近期對(duì)折點(diǎn)設(shè)置的一些思考,希望能幫跟我一樣研究折點(diǎn)設(shè)置的老師節(jié)約一點(diǎn)時(shí)間,,希望我們的實(shí)驗(yàn)室信息系統(tǒng)在我們不懈的努力下越來越優(yōu)化,!

致謝(按照姓名拼音排序):謹(jǐn)向王啟老師(北京大學(xué)人民醫(yī)院)、徐和平老師(廈門大學(xué)附屬第一醫(yī)院),、楊青老師(浙江大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗(yàn)科),、張利軍老師(重慶醫(yī)大二院)致敬!向所有日常努力的醫(yī)務(wù)工作者致敬,!

作者簡介

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張秋瑩

湖北省隨州市中心醫(yī)院檢驗(yàn)科,,臨床微生物室,副主任檢驗(yàn)師,;湖北省微生物學(xué)會(huì)分析微生物專業(yè)委員會(huì)青年委員,;湖北醫(yī)藥學(xué)院第五臨床學(xué)院檢驗(yàn)系講師、優(yōu)秀教師,;湖北醫(yī)藥學(xué)院第五臨床學(xué)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)系教研實(shí)驗(yàn)室秘書,;隨州市中心醫(yī)院檢驗(yàn)科質(zhì)量監(jiān)督員、臨床微生物室副組長,;隨州市醫(yī)學(xué)會(huì)心血管病學(xué)專業(yè)委員會(huì)委員,;京港感染論壇直播精選欄目版主;主持和參與省市科研課題多項(xiàng),。

END

作者|張秋瑩

審校|王曉娟

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