介紹

萊頓計(jì)算生物學(xué)中心 （LCBC）,，匯聚了精通數(shù)據(jù)科學(xué)和分子技術(shù)的最新技術(shù)的計(jì)算生物學(xué)家。在生物學(xué)正轉(zhuǎn)變?yōu)橛?jì)算科學(xué)的今天,，他們著眼于單細(xì)胞數(shù)據(jù),、整合數(shù)據(jù)、擬時(shí)序分析等問題,，希望開發(fā)新的算法來分析單細(xì)胞數(shù)據(jù),，以回答生物學(xué)問題。同時(shí),，每年他們也會(huì)舉辦一些單細(xì)胞技術(shù)的分享,。比如2020年10月份的單細(xì)胞課程“MGC-BioSB-SingleCellAnalysis2020(https://github.com/LeidenCBC/MGC-BioSB-SingleCellAnalysis2020)”

這門為期一周的課程將涵蓋單細(xì)胞樣本制備和分析等實(shí)用性問題，特別關(guān)注單細(xì)胞RNA-seq文庫構(gòu)建,。課程面向?qū)W(xué)習(xí)如何分析自己的單細(xì)胞數(shù)據(jù)集感興趣的濕實(shí)驗(yàn)室研究人員,，以及剛接觸單細(xì)胞測序分析的生物信息學(xué)家。編程語言R的基本知識(shí)是參加課程的先決條件,。

課程以講座和實(shí)踐相結(jié)合的形式,，您將有機(jī)會(huì)對R中的scRNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行動(dòng)手分析。課程涵蓋的主題包括(但不限于)：不同單細(xì)胞平臺(tái)概述,、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),、scRNA-seq數(shù)據(jù)的預(yù)處理、歸一化,、降維,、聚類、批次校正,、差異表達(dá),、軌跡推斷,。課程的第五天是一個(gè)小型研討會(huì)，邀請科學(xué)家進(jìn)行客座演講關(guān)于在他們的研究中如何使用各種單細(xì)胞技術(shù),。

課程設(shè)置

課程已經(jīng)結(jié)束,，但有完整的課件和代碼可供我們學(xué)習(xí)，課件內(nèi)容如下：當(dāng)然了,，英文教程和PPT你可能會(huì)看起來比較難受,，如果毫無基礎(chǔ)知識(shí)背景的話，建議先看看我的單細(xì)胞基礎(chǔ)10講

課程需要提前安裝Rstudio and R (v3.5)以及一些R包：

一般來說,，這種課程都是需要具備一些基礎(chǔ)知識(shí)，真的是再怎么強(qiáng)調(diào)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)過程的計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)知識(shí)的打磨都不為過,，我把它粗略的分成基于R語言的統(tǒng)計(jì)可視化,，以及基于Linux的NGS數(shù)據(jù)處理：

我把它粗略的分成基于R語言的統(tǒng)計(jì)可視化，以及基于Linux的NGS數(shù)據(jù)處理：

• 《生信分析人員如何系統(tǒng)入門R(2019更新版)》
• 《生信分析人員如何系統(tǒng)入門Linux(2019更新版)》

把R的知識(shí)點(diǎn)路線圖搞定,，如下：

• 了解常量和變量概念
• 加減乘除等運(yùn)算（計(jì)算器）
• 多種數(shù)據(jù)類型（數(shù)值,，字符，邏輯,，因子）
• 多種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（向量,，矩陣，數(shù)組,，數(shù)據(jù)框,，列表）
• 文件讀取和寫出
• 簡單統(tǒng)計(jì)可視化
• 無限量函數(shù)學(xué)習(xí)

Linux的6個(gè)階段也跨越過去 ，一般來說,，每個(gè)階段都需要至少一天以上的學(xué)習(xí)：

• 第1階段：把linux系統(tǒng)玩得跟Windows或者M(jìn)acOS那樣的桌面操作系統(tǒng)一樣順暢,，主要目的就是去可視化，熟悉黑白命令行界面,，可以僅僅以鍵盤交互模式完成常規(guī)文件夾及文件管理工作,。
• 第2階段：做到文本文件的表格化處理，類似于以鍵盤交互模式完成Excel表格的排序,、計(jì)數(shù),、篩選、去冗余,，查找,，切割，替換,，合并,，補(bǔ)齊，熟練掌握awk,sed,grep這文本處理的三駕馬車,。
• 第3階段：元字符,，通配符及shell中的各種擴(kuò)展,，從此linux操作不再神秘！
• 第4階段：高級目錄管理：軟硬鏈接,，絕對路徑和相對路徑，環(huán)境變量,。
• 第5階段：任務(wù)提交及批處理,，腳本編寫解放你的雙手。
• 第6階段：軟件安裝及conda管理,，讓linux系統(tǒng)實(shí)用性放飛自我,。

沒有這些基礎(chǔ)知識(shí)，其實(shí)啥資料啥福利你都會(huì)看起來有些吃力?。,。?/p>

寫到最后

如果你也想開啟自己的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)處理生涯,，但是自學(xué)起來困難重重,，還等什么呢，趕快行動(dòng)起來吧,！參加我們生信技能樹官方舉辦的學(xué)習(xí)班：

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• 為什么選擇生信技能樹生信入門全球聽（一個(gè)月馬拉松式授課）
• 花了那么多時(shí)間兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)，我終于找對了門
• 我一路風(fēng)塵仆仆趕來,，還好沒和你擦肩