【原】R語(yǔ)言代碼相關(guān)疑問(wèn)標(biāo)準(zhǔn)提問(wèn)

健明 2021-07-14

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關(guān)于如何提問(wèn),，如何高效溝通,，其實(shí)我們講解了非常多了，比如我一直推崇的郵件交流：如果你希望我回答你的問(wèn)題 ,，然后也會(huì)隨機(jī)抽取粉絲提問(wèn)進(jìn)行解答：答讀者問(wèn)第一彈:R里面差異分析的limma包用法細(xì)節(jié) ,。也高度贊揚(yáng)郭一些提問(wèn)交流的模式，比如：求助：Zotero中添加Markdown插件失敗

還親自寫(xiě)了一個(gè)提問(wèn)參考范文：如果這樣問(wèn)問(wèn)題,，大家可能會(huì)更趨向于幫助我 ,，都是非常值得大家學(xué)習(xí)的，不過(guò)對(duì)于簡(jiǎn)單的R代碼咨詢(xún),，主要都是一些ID轉(zhuǎn)換,，字符串操作技巧等等，我這里還有另外一個(gè)提問(wèn)溝通指南,。

如果是提問(wèn)熱圖

好久之前的學(xué)徒問(wèn)的,，他繪制的熱圖，兩個(gè)問(wèn)題,，首先顏色不明顯,，其次分組那個(gè)圖例看不到了，溢出,。

我就建議他把數(shù)據(jù)代碼打包一份,，如下：

然后發(fā)給我，我解壓后,，就可以直接打開(kāi)Rproj文件,，使用那個(gè) run.R 代碼根據(jù)他的數(shù)據(jù)進(jìn)行圖表復(fù)現(xiàn)，如下：

load(file = 'for_cor.Rdata')

library(pheatmap)
pheatmap(m, 
         annotation_col=ac)
pheatmap(m,show_colnames =F,show_rownames = F,
         annotation_col=ac)

發(fā)現(xiàn)真的如他所描述的,，出圖很詭異,，所以我修改了一個(gè)參數(shù)，就是 border_color ,，可以解決熱圖顏色問(wèn)題,，但是無(wú)法解決分組那個(gè)圖例看不到了，溢出的問(wèn)題,，所以就跟其他學(xué)徒討論,，發(fā)現(xiàn)居然修改分組的名稱(chēng)可以解決，最后的代碼如下：

pheatmap(m,show_colnames =F,show_rownames = F,
         border_color = NA,
         annotation_col=ac)
head(ac)
colnames(ac)='group_list'

pheatmap(m,show_colnames =F,show_rownames = F,
         border_color = NA,
         annotation_col=ac)

最后出圖如下：

就是提問(wèn)者想要的,，一模一樣的,！

這樣的溝通就非常高效率，把數(shù)據(jù)代碼打包一份，我里面可以重復(fù)出來(lái)他們的問(wèn)題所在,，根據(jù)自己的經(jīng)驗(yàn)來(lái)幫助提問(wèn)者,。

也不是不可以簡(jiǎn)潔

如果你覺(jué)得測(cè)試數(shù)據(jù)，代碼,，proj文件,，再打包起來(lái)，會(huì)比較麻煩,，那么把你的提問(wèn)精煉,，抽提出來(lái)重點(diǎn)，也是一種方式,，比如其實(shí)你只是想知道下面的3行的數(shù)據(jù)框,，如何根據(jù)第二列的分號(hào)這個(gè)分隔符進(jìn)行拆分后變成4列：

我就可以創(chuàng)造性弄出測(cè)試數(shù)據(jù)，直接碼代碼,！

options(stringsAsFactors = F)

a=data.frame(x=c('A','B','C'),
             y=c('TP53','KCNMA1;RP11-443A13.5','BRCA1'))
a
do.call(rbind,lapply(1:nrow(a), function(i){
  x=as.character(a[i,])
  return(data.frame(sample=x[1],
                    gene=unlist(strsplit(x[2],";")[[1]])))
}))