Starbase數(shù)據(jù)庫于2011年上線，目前更新到3.0版本,，開發(fā)者是中山大學(xué)RNA信息中心的屈良鵠研究團(tuán)隊,。Starbase是做lncRNA/circRNA/microRNA等研究常用的強(qiáng)大數(shù)據(jù)庫，通過這個數(shù)據(jù)庫我們可以：

Starbase結(jié)合源自10882個RNA-seq和10546個miRNA-seq數(shù)據(jù)的32種癌癥的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，ENCORI允許研究人員對RNA-RNA和RBP-RNA相互作用進(jìn)行泛癌分析,，還提供平臺進(jìn)行miRNA,，lncRNA，假基因和mRNA的存活和差異表達(dá)分析,。不僅可以分別顯示多個miRNA靶基因預(yù)測結(jié)果,，還囊括了多種miRNA的功能信息和其在腫瘤中表達(dá)情況。

當(dāng)然starBase也給用戶提供了人性化的界面,，網(wǎng)頁界面的左側(cè)為我們提供了各種選項(xiàng)去篩選miRNA基因，右側(cè)是starBase數(shù)據(jù)庫的功能區(qū)：miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, ceRNA network, Pan-Cancer, protein-RNA, Function Prediction等等,，而點(diǎn)擊搜索結(jié)果框中的數(shù)字可以獲得結(jié)果的詳細(xì)信息,。接下來看看starBasem的各個功能區(qū)看看。

通過導(dǎo)航欄的miRNA target菜單,，可以查看以下4種類型的miRNA靶標(biāo)信息,。

Starbase通過將miRNA的預(yù)測靶位點(diǎn)與Ago蛋白的結(jié)合位點(diǎn)相交，提出了miRNA-靶標(biāo)的相互作用,，該位點(diǎn)源自CLIP-seq數(shù)據(jù),。用戶可以通過選擇一個/多個目標(biāo)預(yù)測程序（PITA，RNA22,，miRmap,，DIANA-microT，miRanda,，PicTar和TargetScan）來搜索miRNA-target的相互作用,，這樣比傳統(tǒng)的預(yù)測miRNA靶基因的準(zhǔn)確性更高，如下圖所示,。

這部分內(nèi)容是通過GEO數(shù)據(jù)庫中的降解組測序數(shù)據(jù)分析miRNA的靶標(biāo)信息,，用法是選擇一個miRNA（ath-miR156a-3p）然后以高度嚴(yán)格的Degradome數(shù)據(jù)優(yōu)化結(jié)果（如2），最后用戶可以通過在表中搜索來過濾結(jié)果,?？墒褂帽容^運(yùn)算符（例如“ > = ”，“ <= ”,，“ > ”,，“ < ”和“ = ”）來允許可搜索的列。默認(rèn)情況下設(shè)置為“ > = ”,。

得到結(jié)果（支持下載,、更改顯示條目數(shù)）如下：

RNA用戶使用界面與上面的大同小異，主要作用是從GEO數(shù)據(jù)庫中下載LIGR-seq等研究RNA-RNA相互作用的測序數(shù)據(jù),，分析得到RNA分子之間的相互作用信息,，通過導(dǎo)航欄的RNA-RNA菜單，可以查看以下4種類型的RNA分子互作信息,。我們以已報道的H19 thath與DICER相互作用以探索lncRNA-RNA相互作用網(wǎng)絡(luò)為例:

 “ceRNA-Network ”模塊提供了3個子模塊,，包括mRNA-ceRNA，lncRNA-ceRNA和假基因-ceRNA,，分別用于通過競爭性結(jié)合microRNA來可視化mRNA,，lncRNA，轉(zhuǎn)錄的假基因及其親本基因之間的串?dāng)_,。共享miRNA介導(dǎo)的RNA之間的串?dāng)_代表了基因調(diào)節(jié)的新層,，在細(xì)胞情況中起著重要的作用。

“ RBP-Target ”模塊為目前可用的各種細(xì)胞類型提供了最完整的RBP-ncRNA相互作用,。該模塊有5個子模塊,，包括RBP-mRNA，RBP-lncRNA,，RBP-假基因,，RBP-circRNA以及RBP-sncRNA。RBP-RNA和miRNA target類似,，通過GEO數(shù)據(jù)庫下載RNA結(jié)合蛋白RBP CLIP-seq測序結(jié)果,，進(jìn)行peak calling分析得到結(jié)合位點(diǎn)信息,同時采用homer軟件分析結(jié)合位點(diǎn)的motif，并根據(jù)靶基因提供了COSMIC數(shù)據(jù)庫的疾病注釋信息,。伴隨著shRNA篩選數(shù)據(jù)和確信的RBP-RNA相互作用,，數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)地探索了K562和HepG2細(xì)胞系中RBP靶標(biāo)對RBP敲低條件的反應(yīng)。

“ RBP主題”模塊提供有關(guān)RBP及其結(jié)合位點(diǎn)的功能和進(jìn)化的見解,，RBP是參與轉(zhuǎn)錄后事件（例如premRNA剪接,，mRNA編輯）的分子機(jī)器的關(guān)鍵功能組件。RBP及其RNA靶標(biāo)之間的序列特異性關(guān)聯(lián)通常受一個或多個基序調(diào)控,。系統(tǒng)提供了RNA結(jié)合蛋白識別的RNA圖案的系統(tǒng)分析,。

“ RBP-疾病”模塊提供了44個組織和366種疾病中RBP與體細(xì)胞基因突變之間關(guān)系的可視化,。可用于用于解釋RBP-RNA相互作用與其相關(guān)疾病之間的潛在聯(lián)系,。starBase展示了來自44種組織共336種疾病中,，RBP與基因中體細(xì)胞突變之間的潛在聯(lián)系。點(diǎn)擊DiseaseNum和MutationNum可查看詳細(xì)信息,。

這個模塊通過將miRNA的預(yù)測目標(biāo)位點(diǎn)與Ago蛋白的結(jié)合位點(diǎn)相交來提供miRNA目標(biāo)的相互作用,，Ago蛋白的結(jié)合位點(diǎn)來自CLIP-seq數(shù)據(jù)。有4個子模塊,，包括mirTarPathway,，rbpTarPathway，rnaTarPathway,，ceRnaPathway,。可讓用戶自行結(jié)合CLIP-seq,、降解組學(xué),、Pan-cancer、miRNA靶基因預(yù)測工具（多達(dá)7個）的多維度證據(jù)預(yù)測miRNA的靶基因,，并通過KEGG或GO等對靶基因的功能進(jìn)行注釋,，其結(jié)果也可提供下載。

這個模塊通過分析整合了32種癌癥類型（9900個miRNA-seq和10,000個樣品）的表達(dá)譜,，提供了lncRNA,，miRNA，假基因,，snoRNA和RNA結(jié)合蛋白（RBP）的全面Pan-Cancer網(wǎng)絡(luò),。是從TCGA項(xiàng)目通過Genomic Data Commons數(shù)據(jù)門戶網(wǎng)站獲得的。有6個癌癥相關(guān)的服務(wù),，TCGA里基因和miRNA的常規(guī)數(shù)據(jù)分析包括差異表達(dá),、生存分析、共表達(dá)都有,。

以上內(nèi)容就是對Starbase網(wǎng)頁功能模塊的解說,，大家如果使用了他們網(wǎng)站的資料時要記得引用啊。最后介紹一下屈良鵠教授,，這個網(wǎng)站的創(chuàng)始人：