“胡,，starbase是干嘛的？”

“不就是預(yù)測miRNA與mRNA結(jié)合的數(shù)據(jù)庫嘛,?！?/p>

“還有呢？”

“,。。。,。,。?！?/p>

相信大家都聽說過starbase,，很火，是的,，連實驗外包公司都用它,，能不火嘛！但是你對它真正了解多少呢,？好啦,，下面我們就來系統(tǒng)的介紹一下它。首先,，官網(wǎng)地址要知道：http://starbase./

starbase是從高通量的CLIP-Seq實驗數(shù)據(jù)和降解組實驗數(shù)據(jù)中搜尋micorRNA靶標,，提供了各式各樣的可視化界面去探討microRNA的靶標，包含了miRNA-mRNA,、miRNA-lncRNA,、miRNA-circRNA、miRNA-ceRNA和RNA-protein等的調(diào)控關(guān)系,?？偠灾摂?shù)據(jù)庫從多維測序數(shù)據(jù)中識別出超過110萬個miRNA-ncRNA,，250萬個miRNA-mRNA,，210萬個RBP-RNA和150萬個RNA-RNA相互作用，它還提供了進行miRNA,，lncRNA,，假基因和mRNA的存活和差異表達分析的平臺。

根據(jù)官網(wǎng)地址,，打開后主頁面如下：

根據(jù)其菜單欄模塊多少就能知道該數(shù)據(jù)庫內(nèi)容極其豐富,，下面小編就幾個常用的模塊來簡單介紹一下該數(shù)據(jù)庫的用法。

1.     miRNA-Target

預(yù)測miRNA的靶基因,。該模塊提供miRNA-mRNA,、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene,、miRNA-circRNA和miRNA-sncRNA的相互作用網(wǎng)絡(luò),，這里我們以miRNA-mRNA為例，展示如何根據(jù)特定的miRNA預(yù)測與其結(jié)合的mRNA,，具體操作如下圖所示,。

以hsa-let-7a-5p為例,，通過左側(cè)面板進行具體設(shè)置。比如我們搜索人體內(nèi)該miRNA的結(jié)合靶標時,，進行如下設(shè)置即可,。其中mammal代表哺乳動物，CLIP Data可以調(diào)整支持CLIP-seq實驗的次數(shù)以控制預(yù)測的嚴格性,，Program Number選擇實驗數(shù)目,，Predicted Program可以選擇使用哪些預(yù)測軟件來進行預(yù)測：

提交后結(jié)果如下：

點擊上圖基因NAP1L1所在行TargetScan列的，可以看到TargetScan預(yù)測的hsa-let-7a-5p與基因NAP1L1的具體結(jié)合位點,。

點擊AgoExpNum處的52,，可以看到測序類型、來源及參考等信息,。

接下來我們可以點擊基因GNG5所在行的Pan-Cancer所在列的數(shù)字6

可以發(fā)現(xiàn)has-let-7a-5p與靶基因GNG5在6個腫瘤疾病中呈負相關(guān)性,。

當我們想知道某一miRNA是否和某一具體mRNA是否有結(jié)合時，可以同時輸入miRNA和mRNA信息,，如下圖,，提交即可

下圖可以看到hsa-let-7a-5p與ACTB存在結(jié)合位點，但只有軟件microT證實,。

當然,，我們也可以根據(jù)某一特定mRNA來預(yù)測與其結(jié)合的miRNA，如圖所示,，輸入過程同上,，只是microRNA一欄空置不要輸入，結(jié)果如下,，紅色方框即為與目的基因ACTB結(jié)合的所有miRNA,。

2.     Degradome-RNA

提供了一種分析RNA降解模式的綜合方法，針對miRNA介導的降解片段進行測序,，篩選鑒定miRNA調(diào)控的靶基因,，準確性更高。包含2個子模塊,，即miRNA-mRNA和miRNA-ncRNA,。這里我們以miRNA-mRNA為例，分析miRNA定向切割的靶標,。

具體操作方法如1,，這里我們以hsa-let-7a-2-3p為例，進行后續(xù)分析,。提交后結(jié)果如下：

以基因PTMA所在行為例,，點擊GeneID列的  ENSG00000187514，可以鏈接至基因PTMA的ENSEMBL數(shù)據(jù)庫,。點擊CleaveEventNum列的數(shù)字2,，可以顯示hsa-let-7a-2-3p切割PTMA的2個具體位點,。

點擊CleaveExpNum的數(shù)字4,，發(fā)現(xiàn)有4項證據(jù)證明hsa-let-7a-2-3p在chr2:232576622-232576622[+]處切割,，圖中可以看到該結(jié)論在同一項研究內(nèi)的HeLa細胞和K562細胞均被證實。

3.     RNA-RNA

可全面預(yù)測候選ncRNA及其靶標之間的RNA-RNA相互作用。主要包括sncRNA-RNA ,、lncRNA-RNA、mRNA-RNA,、pseudogene-RNA及miRNA-RNA5個模塊,。具體方法如1，按需輸入即可,。

4.     ceRNA-Network

該模塊提供3個子模塊,，即mRNA-ceRNA、lncRNA-ceRNA和pseudogene-ceRNA,。分別用于通過競爭性結(jié)合microRNA來可視化mRNA,，lncRNA，轉(zhuǎn)錄的假基因及其親本基因之間的串擾,。

5.     RBP-Target

該模塊為目前可用的各種細胞類型提供了最完整的RBP-ncRNA相互作用,。該模塊有5個子模塊，包括RBP-mRNA,、RBP-lncRNA,、RBP-pseudogene、RBP-circRNA 及RBP-sncRNA,。結(jié)合shRNA篩選數(shù)據(jù)和確切的RBP-RNA相互作用,，我們系統(tǒng)地探索了K562和HepG2細胞系中敲除RBP時RBP靶標的反應(yīng)。以RBP-mRNA相互作用為例,，探索一下有多少RBP可以調(diào)節(jié)mRNA-TP53,。具體操作同上，均是點點點,，只不過我們這里“RBP” 參數(shù)下輸入“all”,，“target”參數(shù)下輸入“TP53”，然后提交即可,。具體結(jié)果解釋同上,。

好啦，今天就先介紹到這里,。其實這個數(shù)據(jù)庫整體操作起來并不難,，當我們不明白具體什么意思時盡可以點點點，放心,，電腦不會壞,。