今天要介紹的這篇章是我們中國人寫的，發(fā)表在Med Sci Monit上,，這篇文章主要是通過下載GEO和TCGA的數(shù)據(jù),，通過差異表達(dá)分析，GO富集分析、KEGG富集分析,，PPI分析,，COX回歸分析，篩選出核心基因和5個(gè)與結(jié)直腸癌預(yù)后相關(guān)的biomarker,。

題目：

Identification of Critical Genes and Five Prognostic Biomarkers Associated with Colorectal Cancer

論文摘要：

背景：結(jié)直腸癌（CRC）是一種常見的惡性腫瘤,，在世界范圍內(nèi)具有高發(fā)病和高死亡率。

目的：這項(xiàng)研究的目的是評(píng)估可能起作用的差異表達(dá)基因（DEGs）之間的關(guān)聯(lián)

作為CRC預(yù)后和治療的生物標(biāo)志物,，以及CRC患者的臨床結(jié)果,。

材料/方法：從Gene Expression下載總共116個(gè)正常粘液組織和930個(gè)CRC組織數(shù)據(jù)集綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）和癌癥基因組圖譜（TCGA）。根據(jù)limma包篩選DEGsR. Gene Ontology（GO）和KEGG富集分析以及蛋白質(zhì) - 蛋白質(zhì)相互作用（PPI）進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)以預(yù)測這些DEG的功能,。同時(shí),，Cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸 用于建立這些DEG的預(yù)后模型。然后,，使用Kaplan-Meier風(fēng)險(xiǎn)分析進(jìn)行測試

TCGA數(shù)據(jù)集和驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中的模型,。

結(jié)果：在本研究中，鑒定了具有100個(gè)上調(diào)基因和200個(gè)下調(diào)基因的300°,。該

構(gòu)建了包含162°和256個(gè)節(jié)點(diǎn)的PPI網(wǎng)絡(luò),，選擇了2個(gè)高度模塊。

此外,，使用Cox鑒定了5個(gè)基因（MMP1,，ACSL6，SMPD1,，PPARGC1A和HEPACAM2）比例風(fēng)險(xiǎn)逐步回歸,。 TCGA和驗(yàn)證隊(duì)列中的Kaplan-Meier風(fēng)險(xiǎn)曲線顯示高風(fēng)險(xiǎn)組的總體生存率顯著低于低風(fēng)險(xiǎn)組。

結(jié)論：我們的研究提供了對(duì)CRC形成機(jī)制的見解,，并發(fā)現(xiàn)了5個(gè)預(yù)后基因,，可以

潛在的進(jìn)一步研究和臨床治療。

論文的主要操作內(nèi)容：

1,、在GEO和TCGA上下載數(shù)據(jù)

2,、分別對(duì)GEO和TCGA數(shù)據(jù)做差異表達(dá)分析并且取交集基因

3、GO和KEGG富集分析

4,、PPI分析

5、Cox回歸分析,，生存分析