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DAVID是一個(gè)生物信息數(shù)據(jù)庫,，也是一款在線免費(fèi)分析軟件，可以為大規(guī)模的基因或蛋白列表提供系統(tǒng)綜合的生物功能注釋信息,，幫助用戶從中提取生物學(xué)信息,。該數(shù)據(jù)主要用于差異基因的功能和通路富集分析，對(duì)很多科研工作者來說,，是個(gè)非常好的工具,。 
今天小編就絮叨絮叨如何利用DAVID進(jìn)行多基因GO/KEGG富集分析和圖表展示，以及利用DAVID進(jìn)行g(shù)ene ID轉(zhuǎn)換,。打開DAVID官網(wǎng)(https://david./home.jsp),，進(jìn)入主頁面。左邊是主要的功能菜單欄,，主要有四個(gè)工具：基因功能注釋（Functional Annotation）基因功能分類（Gene Functional Classification）基因ID轉(zhuǎn)換（Gene ID Conversion）基因ID對(duì)應(yīng)基因名稱（Gene Name Batch Viewer）這其中最為常用的工具是功能注釋和gene ID 轉(zhuǎn)換,。
點(diǎn)擊Functional Annotation,，進(jìn)入如下頁面，在upload選項(xiàng)中,，先在gene list框中,，輸入我們準(zhǔn)備好的差異基因列表。注意,，gene list限制不超過3000個(gè)基因,；每行一個(gè)基因ID或者基因名稱用逗號(hào)隔開。其次,，選擇輸入的基因類型,，如ENTREZ_GENE_ID，選擇Gene List, 點(diǎn)擊Submit List,。有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)這樣的頁面，提示你檢測到不同物種,，需要選擇物種,，點(diǎn)確定就行。進(jìn)入List選項(xiàng),，選擇物種,。以人為例，選擇homo sapiens,。
接下來要選擇Background：其選擇原則,，就是必須構(gòu)建一個(gè)足夠大的可能涉及所有基因的集合。選取默認(rèn)的人的全基因作為背景,。也可以在前面upload中上傳一個(gè)基因列表文件,，在background中選擇作為基因背景。
回到list頁面,，點(diǎn)擊use,，然后在右側(cè)頁面選擇需要進(jìn)行的功能分析。這里匯集了DAVID數(shù)據(jù)庫的主要功能(從上往下):GO分析：粗略了解差異基因富集在哪些生物學(xué)功能,、途徑或者細(xì)胞定位,。pathway分析：可以了解實(shí)驗(yàn)條件下顯著改變的通路，在機(jī)制研究中顯得尤為重要,。1）Functional Annotation Clustering：使用模糊聚類方法,，對(duì)被注釋上的Terms做聚類，即Terms被分成多組,，并將給出聚類的分值,。2）Functional Annotation Chart：提供gene-term的富集分析。3）Functional Annotation Table：該工具實(shí)現(xiàn)了基因的功能注釋,，將輸入列表中每個(gè)基因在選定數(shù)據(jù)庫中的注釋以表格形式呈現(xiàn),。
點(diǎn)擊GO分析,，點(diǎn)擊clear all，再選擇自己感興趣的內(nèi)容,。 ,、
勾選好待分析的選項(xiàng)后，點(diǎn)擊功能注釋工具中的Functional Annotation Chart,，出現(xiàn)一個(gè)表格,。
右鍵點(diǎn)擊DownloadFile，鏈接另存為txt文檔,，命名為GO,，用excel表打開。
這里主要看GO-term,、Count,、p值和FDR值，其他列刪除掉,。
我們對(duì)p值進(jìn)行篩選,，p<0.05。
將p值進(jìn)行負(fù)對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換,，輸入公式,，等于-log( p value)，完成后將格式轉(zhuǎn)換成文本,。
然后在Term后增添一列Term,，用MID函數(shù)(字符串，起始位置,，保留字符的個(gè)數(shù)）將波浪號(hào)以及之前的內(nèi)容刪除,。
下面進(jìn)行KEGG pathway分析,?；氐紻AVID網(wǎng)站，點(diǎn)擊Clear All清除之前的選項(xiàng),。在Pathways中點(diǎn)擊KEGG pathway,，再點(diǎn)擊Functional Annotation Chart，出現(xiàn)的表格與前面的類似,，保存這個(gè)表格作圖即可,，這里就不重復(fù)演示了。
點(diǎn)擊term內(nèi)容,，可以查看信號(hào)通路圖,。紅色標(biāo)注的就是我們自己輸入的差異基因。我們有時(shí)候會(huì)得到幾十條通路,，一般根據(jù)p值和富集的分子數(shù)量,，挑選其中的一條或幾條進(jìn)行研究即可,。
下面進(jìn)行g(shù)ene ID轉(zhuǎn)換的演示。退回到主頁面,，點(diǎn)擊基因ID轉(zhuǎn)換,，gene list 1已經(jīng)存在了，選擇要轉(zhuǎn)換成的基因ID,，選擇official gene symble,，點(diǎn)擊轉(zhuǎn)換。
結(jié)果界面中,，左邊的表格顯示轉(zhuǎn)換的情況,，有145個(gè)轉(zhuǎn)換成功，右邊表格以列表形式呈現(xiàn)轉(zhuǎn)換結(jié)果以及基因名稱注釋等,。
右鍵點(diǎn)擊DownloadFile,，鏈接另存為txt文檔，命名為Gene名稱,，用excel表打開即可,。
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