轉(zhuǎn)錄生成的產(chǎn)物稱為轉(zhuǎn)錄本（transcript）,。未經(jīng)加工的初始轉(zhuǎn)錄本（primary transcript）往往活性或穩(wěn)定性不足，需要進(jìn)行加工修飾之后才能正常發(fā)揮作用,。RNA的加工修飾多種多樣,，以前統(tǒng)稱為轉(zhuǎn)錄后加工。但現(xiàn)在看來,，很多加工其實(shí)并非在轉(zhuǎn)錄終止之后才會(huì)進(jìn)行,，而是伴隨轉(zhuǎn)錄過程進(jìn)行的，應(yīng)該稱為共轉(zhuǎn)錄加工（co‐transcriptional processing）,。

例如,，真核生物mRNA的加帽（capping）過程，就發(fā)生在轉(zhuǎn)錄早期,，啟動(dòng)子近側(cè)暫停的時(shí)候,。只有完成加帽程序，RNAP II才能進(jìn)入生產(chǎn)性延伸,，所以有模型認(rèn)為加帽是一個(gè)檢查點(diǎn)（checkpoint）,。

加帽過程需要多種酶參與,。首先是暫停的Pol II募集加帽酶（capping enzyme,，CE或RNGTT），這一過程還需要Pol II CTD的磷酸化,。高等動(dòng)物的CE具有RNA 5'-三磷酸酶（TPase）活性和鳥嘌呤基轉(zhuǎn)移酶（GTase）活性,，先切去轉(zhuǎn)錄本5’-末端磷酸，再添加鳥苷單磷酸,，形成基本帽結(jié)構(gòu)G（5'）ppp（5'）N,。

然后是一系列甲基化反應(yīng),。首先是RNA鳥嘌呤-N7甲基轉(zhuǎn)移酶（RNMT-RAM）催化鳥嘌呤的N-7甲基化,，其中RNMT是催化亞基，RAM是調(diào)節(jié)亞基,，起活化作用,。生成的m7G（5'）ppp（5'）N結(jié)構(gòu)稱為cap0，在形成帽結(jié)合復(fù)合物（CBC）,、轉(zhuǎn)錄本剪接,、核輸出和翻譯起始等過程中起作用。

+1和+2位核苷酸的核糖2’位羥基也可以甲基化,，產(chǎn)物分別稱為cap1和cap2,。這兩個(gè)甲基化在不同生物中有所不同,，人類的mRNA都具有cap1結(jié)構(gòu)，但只有一半的mRNA具有cap2結(jié)構(gòu),。cap1不僅與翻譯起始有關(guān),，在針對(duì)外源RNA的先天免疫系統(tǒng)中，還可作為自身RNA的標(biāo)志,。

真核mRNA的加工還有剪接、加尾和化學(xué)修飾等過程,。剪接（splicing）就是切除內(nèi)含子,，將外顯子連接起來的過程。剪接主要在轉(zhuǎn)錄延伸過程中進(jìn)行,，稱為共轉(zhuǎn)錄剪接（co-transcriptional splicing）,。

剪接由六個(gè)連續(xù)步驟組成，需要多種蛋白參與,，還需要五種snRNA構(gòu)成的小核糖核蛋白（snRNP U1,，U2，U4,，U5和U6）,。首先是U1結(jié)合到前mRNA的5'-剪接位點(diǎn)，然后U2結(jié)合到分支點(diǎn),。第三步是U4、U5和U6與U1和U2結(jié)合,，組裝成前催化剪接體,。之后U1和U4離去,，復(fù)合物激活,。

第五步是U6和U2相互作用,，切開5'-剪接位點(diǎn)再與分支點(diǎn)相連,。這是一個(gè)轉(zhuǎn)酯反應(yīng),，使內(nèi)含子形成套索結(jié)構(gòu)。最后由U5將兩個(gè)外顯子連接,，結(jié)束剪接過程,。

真核生物的蛋白質(zhì)編碼基因往往具有多個(gè)外顯子，這些外顯子可以交替組合形成不同的mRNA,，稱為選擇性剪接或可變剪接（alternative splicing,，AS）。理查德·羅伯茨（Richard J. Roberts）和菲利普·A·夏普（Phillip A. Sharp）因斷裂基因和可變剪接方面的研究而分享1993年諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng),。

可變剪接有多種模式,，如外顯子跳過、外顯子互斥,、內(nèi)含子保留,、可變剪接位點(diǎn)等。這些模式可以是器官特異性的,、組織特異性的或細(xì)胞類型特異性的,。據(jù)研究，大腦具有最復(fù)雜的可變剪接模式,。

人類的蛋白質(zhì)編碼基因多數(shù)具有可變剪接，各種轉(zhuǎn)錄本在不同組織之間可能差異很大,。有研究表明,，超過40％的基因在單個(gè)組織中具有多種轉(zhuǎn)錄本。

可變剪接不僅可以增加蛋白質(zhì)多樣性,，而且對(duì)于調(diào)節(jié)基因表達(dá)也具有重要作用,。可變剪接與細(xì)胞分化,、器官發(fā)育等多種生理過程相關(guān),，可變剪接的失調(diào)涉及腫瘤等多種疾病，例如β-珠蛋白基因的兩種錯(cuò)誤剪接可以導(dǎo)致β-地中海貧血,。