我們做很多疾病研究,，最終的目的就是為了挖掘疾病的基因位點(diǎn),，并且尋找針對位點(diǎn)基因的靶向作用藥物,。今天小編就向大家介紹一個(gè)關(guān)于藥物-基因作用的數(shù)據(jù)庫DGIdb http://dgidb.genome./

DGIdb, the drug gene itneraction database. 它收集了多個(gè)數(shù)據(jù)庫DrugBank,herapeutic target database (TTD), PharmGKB, a list of targeted agents in lung cancer and ClinicalTrials.gov,等等,。DGIdb也將基因根據(jù)

通路,，分子功能,，基因家族等分為39個(gè)類。目前DGIdb包含了超過40000gene,10000drugs, 15000drug-gene interactions.

DGIdb首頁:

我們可以看到DGIdb的網(wǎng)頁非常簡潔，只需要輸入你關(guān)注的gene list（ps.一行一個(gè)）,，以及搜索標(biāo)準(zhǔn)即可。

對于搜索標(biāo)準(zhǔn),，sourse database :DGIdb囊括了10個(gè)sources,，下拉可以挑選你希望關(guān)注的數(shù)據(jù)庫。

SourcTurstLevel: 對于各個(gè)source database,有的是text-mining,有的是expert curated,。因此這里的可信等級(jí)也就分為expert curate and non-curated.

Interaction Types:DGIdb將藥物-基因間的作用分為33種,，有促進(jìn)表達(dá)，有抑制表達(dá),，有cofactor,，等等。用戶可以根據(jù)自己需求篩選與基因positive or negative 作用的藥物,。

參數(shù)設(shè)置好后,，數(shù)據(jù)庫搜索返回結(jié)果頁面：

這里給出了gene,drug, interaction type and source database用戶也可以將結(jié)果下載為TSV文件。

DGIdb數(shù)據(jù)庫內(nèi)容全面,，界面簡單友好,，力薦。