【原】你知道腫瘤特異表達(dá)而且是進(jìn)化上比較新的基因嗎

健明 2022-02-18

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看到了一個(gè)蠻有意思的概念,；Tumor Specifically Expressed, Evolutionarily New (TSEEN) genes

來源于2019的文章：《Oncogenes, tumor suppressor and differentiation genes represent the oldest human gene classes and evolve concurrently》,，鏈接是：https://www./articles/s41598-019-52835-w

提到了：雖然癌基因,、抑癌基因和分化基因是人類最古老的基因類別，但是它們的進(jìn)化同時(shí)發(fā)生,。作者假設(shè)進(jìn)化上年輕的新基因應(yīng)該在腫瘤中特別表達(dá),，并且證實(shí)了這個(gè)假說，最典型的就是cancer/testis genes ,，作者建議把這一類基因稱作是：Tumor Specifically Expressed, Evolutionarily New (TSEEN) genes,，而且認(rèn)為TSEEN 基因可能成為最好的腫瘤標(biāo)志物。

作者收集整理了如下所示8類基因：

The Human Protein Atlas (housekeeping genes)
Tumor-Associated Gene database (TAG database) (oncogenes)
TSGene (tumor suppressor genes)
CTDatabase (cancer/testis (CT) antigen genes)
HomeoDB (HomeoBox genes)
DeathBase (apoptosis genes)
GeneOntology (differentiation genes)
Biomedical Center Database (BMC GSTSE protein-coding genes and BMC GSTSE non-coding sequences).

中文是：人類蛋白質(zhì)圖譜(管家基因),、腫瘤相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(癌基因),、 TSGene (腫瘤抑制基因)、 CTDatabase (癌癥/睪丸(CT)抗原基因),、 HomeoDB (同源盒基因),、 DeathBase (凋亡基因)、分化基因(差異基因),、生物醫(yī)學(xué)中心數(shù)據(jù)庫(BMC GSTSE 蛋白編碼基因和 BMC GSTSE 非編碼序列)

下面我們一一介紹這8類基因：

Housekeeping genes are 7367 genes expressed in all analyzed tissues
TAG 數(shù)據(jù)庫(腫瘤相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫)(245個(gè)致癌基因)被設(shè)計(jì)用于利用來自特征明顯的致癌基因和腫瘤抑制基因的信息來促進(jìn)癌癥研究,。
TSGene 2.0數(shù)據(jù)庫包含1217個(gè)人類腫瘤抑制基因(1018個(gè)編碼基因和199個(gè)非編碼基因) ，基于接近6000篇pubmed文獻(xiàn)整理得到的,。
Differentiation genes (3697 genes) were obtained by manual search for “differentiation” in the Gene Ontology 數(shù)據(jù)庫,。
同源異型盒基因數(shù)據(jù)庫(HomeoDB2)(333個(gè)基因)是一個(gè)手工整理的同源盒基因數(shù)據(jù)庫及其分類系統(tǒng)。Homeodb2包括10個(gè)動(dòng)物基因組(人,、鼠,、雞、蛙,、斑馬魚,、文昌魚,、線蟲、果蠅,、甲蟲和蜜蜂)的所有同源盒基因座,。
死亡基因(53個(gè)基因)是一個(gè)涉及不同細(xì)胞死亡過程的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。也是人工整理,，但是這個(gè)數(shù)據(jù)庫最后一次更新是在2011年,。
CTdatabase (286個(gè)基因)提供了基本信息，包括基因名稱和別名,、 RefSeq 訪問號,、基因組位置、已知剪接變異,、基因復(fù)制和其他家族成員,。（使用了2017年的更新）
帶注釋的人類蛋白質(zhì)編碼基因(21694個(gè)基因)均來自于基因組版本 GRCh38

最后匯總的基因數(shù)量是；