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研究一個(gè)基因/miRNA/lncRNA的功能，在初始篩選或者文章結(jié)尾時(shí)需要突出其臨床意義,，腫瘤分子研究中最大的臨床意義莫過(guò)于其表達(dá)水平與患者生存時(shí)間的關(guān)系了,。TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)涵蓋多種腫瘤，且lnc,、micro和mRNA的數(shù)據(jù)都有,，是生存分析中最常用的數(shù)據(jù)庫(kù)，但從下載數(shù)據(jù)到分析出結(jié)果操作復(fù)雜,。本文全面總結(jié)了可方便使用的有關(guān)腫瘤生存分析的10大網(wǎng)頁(yè)版數(shù)據(jù)庫(kù),。 01 PROGgeneV2 http://genomics./proggene/ PROGgeneV2可以分析乳腺、結(jié)直腸,、卵巢、皮膚,、眼,、胸腺、腎上腺,、胰腺,、胃、甲狀腺,、膀胱,、前列腺、尿道,、骨,、肝、宮頸,、神經(jīng)內(nèi)分泌系統(tǒng),、肺、腦,、腎等器官系統(tǒng)各惡性腫瘤的預(yù)后,，覆蓋度非常廣泛 分析類(lèi)型可選擇復(fù)發(fā)、轉(zhuǎn)移,、死亡,、腦轉(zhuǎn)移、肺轉(zhuǎn)移等 可選擇基因表達(dá)量的中位,、25%,、75%和平均值為界定義高表達(dá)和低表達(dá) 該網(wǎng)站還可以整合多個(gè)基因,，即gene expression signature，即聯(lián)合多基因的表達(dá)來(lái)分析預(yù)后,，功能十分強(qiáng)大,！但有個(gè)缺點(diǎn)，只有mRNA,，無(wú)lncRNA,，microRNA的數(shù)據(jù)。詳見(jiàn) PROGgeneV2:在線生存分析逆天神器 02 lnCAR https://lncar./   03 GEPIA http://gepia./index.html 04 UALCAN http://ualcan.path./analysis.html
點(diǎn)擊survival,，
05 KM plotter  Kaplan Meier plotter 集合了GEO， EGA,，TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的生存數(shù)據(jù),，可分析乳腺癌、肺癌,、胃癌,、卵巢癌,、肝癌的mRNA的生存數(shù)據(jù)以及乳腺癌、肝癌的miRNA的生存數(shù)據(jù),。
因?yàn)橛袀€(gè)auto select best cufoff選項(xiàng)（對(duì)cutoff值進(jìn)行最優(yōu)化以判定高表達(dá)低表達(dá)與預(yù)后的關(guān)系）,，該在線網(wǎng)站常能得到p＜0.05的陽(yáng)性結(jié)果，為生信分析文章中最常用的數(shù)據(jù)庫(kù)之一,。 survival 選項(xiàng)中可選擇： OS 總生存期 RFS（recurrence-free survival） 無(wú)復(fù)發(fā)生存期 PPS(post progression survival,進(jìn)展后的生存期) DMFS(distant metastasis free survival) 無(wú)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移生存期
例如我們選擇ERBB2后選擇auto select best cufoff選項(xiàng),，得到的p=0.013，與前面的GEPIA和UALCAN得到的結(jié)果有所不同,。 06 cbiportal
一款TCGA數(shù)據(jù)可視化的網(wǎng)站,，并包含一部分細(xì)胞系和芯片數(shù)據(jù)，進(jìn)入官網(wǎng)后再左側(cè)勾選部位,，在右側(cè)選擇數(shù)據(jù)集,，點(diǎn)擊query by gene,
此頁(yè)面可按需求選擇病人亞組，這里我們選擇all samples, 輸入ERBB2,，生存分析結(jié)果如下
07 Oncolnc
一款TCGAmiRNA/mRNA/lncRNA 生存數(shù)據(jù)分析的網(wǎng)站,，優(yōu)點(diǎn)是cutoff值可以自己隨意設(shè)置。在首頁(yè)直接輸入感興的分子
選擇感興趣的癌種,，此處選擇BRCA,，點(diǎn)擊Yes please
輸入百分之多少定為低表達(dá)，百分之多少定為高表達(dá),，即設(shè)定cutoff值，例如輸入50,， 50
08 Oncomir http://www./
09 Breast Cancer Gene?ExpressionMiner v4.1 http://bcgenex./BC-GEM/GEM-Accueil.php?js=1
專(zhuān)注于分析乳腺癌數(shù)據(jù)，在首頁(yè)的analysis 菜單下選擇prognostic-targeted
選擇相應(yīng)的數(shù)據(jù)來(lái)源和患者亞組后,，點(diǎn)擊submit
10 MethSurv https://biit.cs./methsurv/
基于TCGA 甲基化數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)的甲基化與腫瘤預(yù)后關(guān)系的在線分析網(wǎng)站,，分析單個(gè)CpG位點(diǎn)與患者預(yù)后的關(guān)系
對(duì)于同一分子，這些數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)的結(jié)果可能不盡相同,，主要原因是數(shù)據(jù)來(lái)源,、樣本量和cutoff值的區(qū)別導(dǎo)致的。限于時(shí)間和經(jīng)費(fèi),，沒(méi)有收集手術(shù)標(biāo)本的小伙伴可用這些工具嘗試探討一下目標(biāo)分子的臨床意義,，個(gè)人覺(jué)得只要是陽(yáng)性結(jié)果（與生存相關(guān)）都可以往SCI中放，多湊幾個(gè)圖,。 |
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來(lái)自： 無(wú)敵藍(lán)胖胖 > 《生信學(xué)習(xí)》
