我們在前面幾季介紹lncRNA作用機(jī)制的時候（比如（文章篇）S3E5：一文掌握LncRNA—蛋白—DNA互作研究方法）,，提到過lncRNA與蛋白結(jié)合這一最為常見的方式，lncRNA與蛋白結(jié)合后,，lncRNA和蛋白來說可能有各自的意義,，比如兩者的表達(dá)、活性和定位等等,。后來我們又介紹了驗(yàn)證兩者相互作用的實(shí)驗(yàn),，比如RIP，RNA Pulldown等等,。今天我們介紹一個數(shù)據(jù)庫,，看能否幫助我們研究lncRNA與蛋白的結(jié)合。

實(shí)際上,，我們今天說的這個數(shù)據(jù)庫,，完全可用于RNA結(jié)合蛋白、RNA（lncRNA,，mRNA，甚至是microRNA的前體pri-microRNA）與蛋白結(jié)合的預(yù)測等：

RNA結(jié)合蛋白有關(guān)的基金

在看數(shù)據(jù)庫之前,，我們簡單說一下大部分軟件或者數(shù)據(jù)庫預(yù)測的原理：模式（pattern）+比對（Blast）,，即知道A類分子作用的模式，最常見的就是序列互補(bǔ),，然后通過序列比對來預(yù)測對應(yīng)的B類分子,，比如：

1. 轉(zhuǎn)錄因子靶基因預(yù)測，我們知道某一轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的保守序列的是TCGCAA,，那么理論上從轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)尋找TCGCAA就可以找到轉(zhuǎn)錄因子的潛在靶基因了,；

2. microRNA預(yù)測靶基因，microRNA種子區(qū)（Seed Region）的序列也知道,，后面靶基因預(yù)測的工作也是根據(jù)種子區(qū)進(jìn)行序列比對,；

同樣的道理，RNA結(jié)合蛋白也是這樣,，如果我們從某一蛋白出發(fā),，想預(yù)測與這個蛋白結(jié)合的lncRNA，我們需要將工作分解為三步驟：

A,、這個蛋白是否有已知的RNA結(jié)合（識別）結(jié)構(gòu)域,？ 

B、這一類RNA結(jié)合（識別）結(jié)構(gòu)域的識別序列是什么,？C,、哪些lncRNA有這些識別序列？

當(dāng)然，我們說的是純理論,，具體實(shí)施的時候會遇到別的問題,。好了，我們看介紹的數(shù)據(jù)庫：

RBPDB：The database of RNA-binding protein specificities

數(shù)據(jù)庫的界面包括了根據(jù)蛋白和實(shí)驗(yàn)檢索部分,，我們先看RNA結(jié)合蛋白部分：

其中RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域是我們關(guān)心的,。

再看實(shí)驗(yàn)部分：

其中報道的結(jié)合序列是我們關(guān)心的，因?yàn)椋?strong>有了結(jié)合序列,，我們就能比對了,！

好了，我們開始看例子：

1. 查找能夠結(jié)合lncRNA ANRIL的RNA結(jié)合蛋白：首先通過lncrnadb數(shù)據(jù)庫（http://www./）找到ANRIL的序列：

然后復(fù)制ANRIL的序列到RBPDB數(shù)據(jù)庫首頁這里：

然后點(diǎn)擊提交,，就好了：

還可以對預(yù)測到的RNA結(jié)合蛋白點(diǎn)擊查看：

當(dāng)然,，如果對于一條陌生的功能未知的lncRNA，也可以從這個角度根據(jù)lncRNA結(jié)合蛋白所參與的功能進(jìn)行功能注釋和挑選,。

至于反過來,，從蛋白到結(jié)合的lncRNA的預(yù)測，這個網(wǎng)站沒有提供解決方法,，以下是三種可能的解決辦法：

1. 根據(jù)蛋白的結(jié)合序列,，直接進(jìn)行Blast。

2. 用我們以前介紹過的數(shù)據(jù)庫,，比如：The LncRNA and Disease Database

3. 用上次我們介紹過的ENCODE數(shù)據(jù)庫：

相關(guān)文章：

聊基金系列·第九期:  翻譯起始因子（六神合體?。?/strong>

（策略篇）LncRNA調(diào)控蛋白表達(dá)的第二種方式：蛋白翻譯

（文章篇）S3E4：一個LncRNA和基因互相激勵的故事

（文章篇）S3E6：一篇蛋白-RNA-RNA互作研究的文章

（文章篇）S4E04：說了你們又覺得在tree new bee的外泌體

（文章篇）S3E5：一文掌握LncRNA—蛋白—DNA互作研究方法

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