在使用NGS測(cè)序技術(shù)進(jìn)行遺傳學(xué)篩查時(shí),，經(jīng)常會(huì)遇到WGS,，WES和Panel這三個(gè)詞。是什么意思呢,？

WGS和WES分別是全基因組測(cè)序,，全外顯子組測(cè)序的首字母縮寫(xiě)。Panel的字面意思是儀表的面板,，用在NGS測(cè)序中會(huì)翻譯成“基因包”,。

WGS，WES和Panel有什么特點(diǎn)呢,？打個(gè)比方來(lái)說(shuō),，全部的基因組序列有3個(gè)Gb這么大。如果測(cè)序數(shù)據(jù)有10個(gè)Gb的話,，可以覆蓋全基因組3次左右,，我們稱為3X測(cè)序深度。而對(duì)于編碼蛋白的外顯子區(qū)域，只占基因組的1%,，也就是30Mb大小,。10個(gè)Gb的測(cè)序數(shù)據(jù)可以達(dá)到100X以上，更不用提只篩查一部分基因的Panel了,，不需要10Gb數(shù)據(jù),，只要1個(gè)Gb就可以達(dá)到1000X左右了。

數(shù)據(jù)量越少價(jià)格越便宜當(dāng)然是一方面,，Panel的一個(gè)很大的優(yōu)勢(shì)是測(cè)序深度高,。這有什么好處呢？

對(duì)于某個(gè)野生型是GG的位點(diǎn)來(lái)說(shuō),，假如有一個(gè)雜合突變,，基因型就變成了GT。在測(cè)序數(shù)據(jù)中會(huì)同時(shí)出現(xiàn)帶有G和T的序列,，它們的比例大概是一半對(duì)一半,。在進(jìn)行遺傳學(xué)檢測(cè)的時(shí)候，會(huì)使用測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)推測(cè)真實(shí)的基因型,。通過(guò)和參考序列做比較，我們會(huì)認(rèn)為該位點(diǎn)發(fā)生了雜合變異,，為了防止被偶然的測(cè)序錯(cuò)誤干擾,，至少需要存在一定數(shù)量的變異序列，才能支持這個(gè)位置發(fā)生突變的結(jié)論,。這就需要該位置有一定的測(cè)序深度,，比如說(shuō)至少20X。

由于測(cè)序和分析過(guò)程中的系統(tǒng)偏好性,，帶有G和T的序列可能不是一半對(duì)一半,。與其他測(cè)序位置相比，也不會(huì)都是20X,，而是呈現(xiàn)高高低低的樣子,。這與基因組GC含量，捕獲時(shí)的探針特異性等因素有關(guān),。因此測(cè)序深度越高,，存在這些問(wèn)題的區(qū)域就越少，漏掉變異信息的可能性也就越小,。

另外,，高測(cè)序深度對(duì)發(fā)現(xiàn)鑲嵌變異也是有利的。變異發(fā)生在受精卵階段時(shí),，不管對(duì)多少個(gè)細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序,，變異的序列總是各占一半。而變異發(fā)生在發(fā)育的中間階段時(shí)

會(huì)出現(xiàn)鑲嵌的情況，想要檢測(cè)較低比例的鑲嵌,，就需要比較高的測(cè)序深度了,，可能只有基因Panel能夠比較好的完成這項(xiàng)任務(wù)。

我們來(lái)總結(jié)一下三種技術(shù)的特點(diǎn),。基因Panel可以得到較高的測(cè)序深度,。另外它有比較高的定制靈活性，可以添加一些非編碼區(qū)的致病區(qū)域,；WES介于WGS和Panel之間,，它可以使用相對(duì)能夠接受的成本，獲得較大的測(cè)序范圍,，并獲得較高的測(cè)序深度,；WGS測(cè)序范圍最大，但如果用它來(lái)檢測(cè)堿基變異信息,，需要大約100Gb的數(shù)據(jù),，成本在目前來(lái)說(shuō)比較難接受。

在遺傳學(xué)檢測(cè)領(lǐng)域,，關(guān)于使用Panel,，WES或WGS的爭(zhēng)論一直存在。它們都有各自的優(yōu)點(diǎn),。我們?cè)撊绾芜x擇呢,？

一般來(lái)說(shuō)，在檢測(cè)目標(biāo)比較明確時(shí),，應(yīng)該首先選擇Panel,，以保證檢測(cè)范圍內(nèi)的敏感性；而在檢測(cè)目標(biāo)不是很明確時(shí),，應(yīng)該考慮WES或WGS,，盡可能幫受檢者尋找更多的致病因素。

WGS,，WES和Panel今天就介紹到這里,，我們下期再見(jiàn)！

視頻制作：大水

配音：凡樹(shù)

文字：大水