上周溫度驟降，寒風冽冽,，小伙伴們?yōu)榈挚箛篮贸隽烁鞣N取暖神器：電熱寶，暖寶寶，熱水袋.....除了要備齊這些御寒神器之外,，小編還要為大家再送上一款精神取暖神器——擴增子分析之序列拼接。
測序數據的質控拼接是擴增子分析過程中的重要環(huán)節(jié),，對后續(xù)分析結果的質量起著決定性的作用,，本期要給大家介紹的是擴增子分析中的主流拼接軟件FLASH的使用方法。
FLASH軟件的全稱為Fast Length Adjustment of Short Reads,，自2011年被發(fā)表在《Bioinformatics》期刊上以來，該軟件被引用量累計達到1092次,，其能夠借助PE clean reads之間的overlap,，將測序產生的paired-end reads快速拼接為DNA片段。如果兩條reads的長度總和大于原始測序片段的總長度就可以使用FLASH進行拼接,，但是不能拼接不存在overlap的paired-end reads,。
下載安裝方式有網站鏈接下載和Linux系統(tǒng)下命令安裝兩種方式：
方法一：直接進入網站http://ccb./software/FLASH/index.shtml進行手動下載FLASH-1.2.11-Windows-bin.zip軟件,解壓后的FLASH.exe即為Windows系統(tǒng)下的可執(zhí)行軟件。
方法二：在Linux系統(tǒng)下通過命令行進行下載安裝,。
$wget
http://ccb./software/FLASH/index.shtml/FLASH-1.2.11.tar.gz（通過wget命令下載FLASH-1.2.11.tar.gz壓縮文件）
$tar -zxvf FLASH-1.2.11.tar.gz（解壓縮FLASH-1.2.11.tar.gz）
$cd FLASH-1.2.11/（進入FLASH-1.2.11文件夾工作路徑下）
$make（運行make編譯命令,，自動完成安裝，生成可執(zhí)行文件‘flash’）
$flash read1.fq read2.fq -p 33 -r 250 -f 500 -s 100 -o output
主要參數說明：
-m 拼接時overlap區(qū)的最小長度閾值,，默認10bp,；
-x overlap區(qū)允許的最大堿基錯配比率（最大堿基錯配數目/overlap區(qū)長度），默認為0.25,；
-p 堿基質量值類型,，64或者33；
-r reads長度,；
-f 片段長度,，也就是測序的文庫大小,；
-s 文庫的偏差,；
-o 輸出文件前綴,；
-t 設置線程數，默認為1,，FLASH軟件支持多線程,，速度快；
用$flash --help命令可以輸出所有的參數選項,，且每個選項都給出了詳細的介紹,。
FLASH拼接默認輸出6個結果文件：
output.extendeFrags.fastq 為拼接后的擴增片段序列文件；
output.flash.log 為日志文件,，詳細記錄了拼接過程中的參數和拼接統(tǒng)計的數據,；
output.hist 為拼接后的reads長度的統(tǒng)計信息文件；
output.histogram 為拼接后的reads長度直方圖文件,；
output.notCombined_1.fastq 為拼接不上的reads1序列文件,；
output.notCombined_2.fastq 為拼接不上的reads2序列文件；
