摘要：

join_paired_ends.py：該命令默認(rèn)調(diào)用fastq-join,，因此可以不用設(shè)置-m選項(xiàng)，若選用SeqPrep則需要設(shè)定-m選項(xiàng)

• -m調(diào)用方法fastq-join, SeqPrep這兩種方法,，有人表示：fastq-join方法速度更快,，但是SeqPrep拼接結(jié)果更好；

若想詳細(xì)了解這兩種參數(shù),，請(qǐng)參照：

• fastq-join：

http://code.google.com/p/ea-utils

• SeqPrep：

 https://github.com/jstjohn/SeqPrep

如果采用fastq-join這種方法拼接,，則設(shè)置參數(shù)如下：

• -p：最多容忍overlap錯(cuò)配最高百分比，該選項(xiàng)只有選用fastq-join方法是才設(shè)定,，從1到100的整數(shù),，一般設(shè)定10就差不多了

• -j ：最小overlap的長(zhǎng)度，一般10個(gè)差不多,，根據(jù)自己的樣品

如果采用SeqPrep這種方法拼接,，則設(shè)置參數(shù)如下：

• -n：最小匹配率，一般設(shè)置成0.9,；參數(shù)值在0-1之間

• -g：最大允許錯(cuò)配率,；參數(shù)值在0-1之間                     

命令：

l multiple_join_paired_ends.py-i input_files -o output_folder -pjoin.txt --include_input_dir_path

• --include_input_dir_path該選項(xiàng)為將輸出目錄文件名命名為輸入文件名

• -p,，是參數(shù)文件的設(shè)置，fastq-join這種方法參數(shù)文件設(shè)置：

• perc_max_diff:10#-p的全稱,，在全英文輸入法狀態(tài)輸入冒號(hào),，并且加空格

• min_overlap:10#-j的全稱

每個(gè)參數(shù)使用一行，編寫完成后,，保存為txt文件,；

如果采用SeqPrep這種方法參數(shù)文件設(shè)置：

• min_frac_match: 0.9#-n最小匹配率，一般設(shè)置成0.9,；參數(shù)值在0-1之間,。

• max_good_mismatch： 0.1#-g最大允許錯(cuò)配率；參數(shù)值在0-1之間,。

每個(gè)參數(shù)使用一行,，編寫完成后，保存為txt文件,；

每個(gè)輸出文件一共有三個(gè)：

fastq-join方法輸出：

“*.join”: 拼接好的

“*.un1”: 未匹配上的

“*.un2”: 未匹配上的

SeqPrep方法輸出：

“*_assembled.gz”: 拼接好的

“*_unassembled_R1.gz”: 未匹配上的

“*_unassembled_R2.gz”: 未匹配上的

存在一個(gè)問題,，當(dāng)然我只是個(gè)菜鳥，可能在高手面前這不算問題：

每個(gè)樣品拼接后都得到一個(gè)文件夾,，然而里面的文件命名都是相同的,，這就需要修改文件名了（可能是命令還有其他選項(xiàng)，我沒有讀懂,，源地址：http:///scripts/join_paired_ends.html）,，命令如下：

• cplxdjhg_join/lxdjhgG01_R1_/fastqjoin.join.fastq lxdjhg_join_zz/G01.fq

單個(gè)書寫命令過于繁瑣，linus基礎(chǔ)又不好的我,，當(dāng)時(shí)通過Excel批量書寫命令：通過“&”鏈接不同文本,，最后將命令復(fù)制運(yùn)行即可。

批量連接結(jié)果結(jié)果如下：

復(fù)制進(jìn)入qiime中,，很快新的文件夾中變得到的全部拼接好的fq文件（以上命令最為新手我使用cp命令,，而不是mv，大家可以使用mv命令,，節(jié)省硬盤空間）

• 有話要說(shuō)：

很多人基于windows系統(tǒng)通過vbox安裝qiime1（由于qiime2已經(jīng)發(fā)出好長(zhǎng)時(shí)間,，這里就將原來(lái)的qiime稱為qiime1，以免誤導(dǎo)大家）,，出現(xiàn)好多問題,，我算是悲催的，出現(xiàn)問題巨多,，當(dāng)然我也積累了非常豐富的經(jīng)驗(yàn),，就本帖子內(nèi)容可能出現(xiàn)的問題，向大家做一個(gè)交代：

由于大家將測(cè)序數(shù)據(jù)存于Shared_Folder中,，這樣很可能無(wú)法運(yùn)行multiple開頭的命令錯(cuò)誤信息最后一行大概就是：

OSError: [Errno 26] Textfile busy:'/home/qiime/Desktop/Shared_Folder/output_folder/lxdjhgBC2_S160_L001_R1_001/fastqjoin.un2'

這里解決辦法就是：

將Shared_Folder另存到qiime1中的別的地方,，命令參考：

• mv -r lxdjhg ~/Desktop

• -r：將整個(gè)文件全部?jī)?nèi)容復(fù)制到另一個(gè)位置

參考文獻(xiàn)：

• http:///scripts/join_paired_ends.html