【原】史上最貼心R包安裝示范視頻

健明 2021-07-14

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知識詛咒想必大家都不陌生,，如果讀者還不清楚，我摘抄一段：

知識詛咒

1990年，伊麗莎白·牛頓在斯坦福大學通過研究一個簡單的游戲獲得了心理學博士學位,。在這個游戲中，她把參與者分為兩種角色：“敲擊者”和“聽眾”,。敲擊者拿到一張25首名曲的單子,，包括《祝你生日快樂》這種旋律簡單的歌曲。每位敲擊者挑選一首,，把節(jié)奏敲給聽眾聽（通過敲桌子）,。聽眾的任務是根據(jù)敲擊的節(jié)奏猜出歌曲。

在實驗過程中,，“敲擊者”敲出了120首曲子的節(jié)奏,。事與愿違的是，“聽眾”只猜出了其中的2.5%——3首,。而在實驗之前,，大家預測“聽眾”猜出歌曲的概率為50%，即60首,。

在實驗中,，聽眾要付出很多努力才能辨認出歌曲，敲擊者對此感到震驚：這么明顯你都聽不出來,？你的愚蠢怎么會如此高人一等,？

通過這個游戲，伊麗莎白·牛頓發(fā)現(xiàn)人與人之間普遍存在著一種認知偏差,，這種認知偏差被稱為：知識的詛咒（The Curse of Knowledge）,，即：我們一旦知道了某事，就無法想象這件事在未知者眼中的樣子,。當我們把自己知道的知識解釋給別人的時候,，因為信息的不對等，我們很難把自己知道的完完全全給對方解釋清楚,?？偸牵覀兊闹R“詛咒”了我們,。

所以,，在以上實驗中，“敲擊者”已擁有的知識（歌曲題目）讓他們想象不到“聽眾”缺乏這種知識會是什么情形,?！奥牨姟弊匀灰簿秃茈y猜對歌曲的名字。

正是因為如此,，我在指導幾個小伙伴入門R語言的時候簡單粗暴的指出：

所有的軟件都安裝在c盤哦,，然后系統(tǒng)用戶名最好是不要用中文,，寫代碼最怕中文字符串哦！
生信0基礎第一步,，下載R和Rstudio并且安裝在自己的電腦上面,。官網(wǎng)鏈接是
R: https://mirrors.tuna./CRAN/
RStudio：https://www./products/rstudio/download/#download

如果你的網(wǎng)絡不好，可以從我整理的網(wǎng)盤下載,，鏈接：https://share./5hW6VAA 密碼：3fuhrm

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna./CRAN/"))
if(! require("devtools")) install.packages("devtools")
if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2")
if(! require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(! require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
if(! require("ggfortify")) install.packages("ggfortify")
if(! require("stringr")) install.packages("stringr")
if(! require("survival")) install.packages("survival")
if(! require("survminer")) install.packages("survminer")
if(! require("lars")) install.packages("lars")
if(! require("glmnet")) install.packages("glmnet")

if(! require("timeROC")) install.packages("timeROC")
if(! require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")

if(! require("randomForest")) install.packages("randomForest")
if(! require("ROCR")) install.packages("ROCR") 
if(! require("Hmisc")) install.packages("Hmisc")

if(! require("caret")) install.packages("caret")
# if(! require("genefilter")) install.packages("genefilter")
if(! require("ggstatsplot")) install.packages("ggstatsplot")

### 下面的包是為了臨床三線表
if(! require("tableone")) install.packages("tableone")
## 網(wǎng)絡不好,，就不要安裝了。
## 而且Windows電腦安裝 rJava 也經(jīng)常是需要人指導的,。
# https://github.com/rstudio/rstudio/issues/2254
if(! require("rJava")) install.packages("rJava")
if(require('rJava')){

  # https://cran./src/contrib/Archive/ReporteRs/
  if(! require("ReporteRs")) install.packages("ReporteRs")
  devtools::install_github('davidgohel/ReporteRsjars')
  devtools::install_github('davidgohel/ReporteRs')
}


library(devtools) 
source("http:///biocLite.R") 
## 如果你的網(wǎng)絡實在是太差,，試試看：
# install.packages("BiocInstaller",repos="http:///packages/3.7/bioc")  
## 很可惜你在中國大陸，不得不承受這個痛苦,。

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
library('BiocInstaller')
if(! require('edgeR')){

  biocLite(c('airway','DESeq2','edgeR','limma'))
}

if(! require("CLL")) biocLite("CLL")
if(! require("org.Hs.eg.db")) biocLite('org.Hs.eg.db')
library(BiocInstaller)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
if(! require("maftools")) biocLite("maftools")
if(! require("RTCGA")) biocLite("RTCGA")
if(! require("RTCGA.clinical")) biocLite("RTCGA.clinical")
# https:///packages/3.6/data/experiment/src/contrib/RTCGA.clinical_20151101.8.0.tar.gzn
if(! require("RTCGA.miRNASeq")) biocLite("RTCGA.miRNASeq")
if(! require("maftools")) biocLite("maftools")
if(! require("genefilter")) biocLite("genefilter")


# Then from : https://github.com/ShixiangWang 
# You don't need run the codes below, I will explain to you face to face.

source("http:///biocLite.R") 
packs = c("devtools", "reshape2", "ggplot2", "pheatmap", "ggfortify", "stringr", "survival",
          "survminer", "lars", "glmnet", "timeROC", "ggpubr", "randomForest", "ROCR", "genefilter",
          "Hmisc", "caret", "airway","DESeq2","edgeR","limma", "CLL", "org.Hs.eg.db", "maftools")
if(! require(pacman)) install.packages("pacman", dependencies = TRUE)
pacman::p_load(packs, dependencies=TRUE, character.only = TRUE)
# check
pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE)
all(pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE))