第一步：安裝R語(yǔ)言及Rstudio

首先根據(jù)操作系統(tǒng)來(lái)安裝R語(yǔ)言軟件

最好是安裝最新版

• Download R for Windows from CRAN

• Download R for macOS from CRAN

• Download R for Linux from CRAN

Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it.

這個(gè)很容易,，就跟下載QQ微信一樣,，不停的下一步即可,，全部選擇默認(rèn)的安裝配置,。

然后安裝RStudio編輯器

RStudio is a graphical development environment you can use as an alternative to command line R. RStudio requires R to be installed.

• Download RStudio for your operating system

選擇免費(fèi)版本即可,，安裝成功之后就可以打開(kāi)RStudio，所有的操作均在里面完成,。

第二步：了解markdown語(yǔ)法

一般來(lái)說(shuō)做筆記分享,，需要用markdown語(yǔ)法，不熟悉的人可能會(huì)害怕,，但是一旦你花15分鐘了解了它,，你會(huì)愛(ài)上寫作，相信我,。

學(xué)習(xí)markdown,，可以先看看掃盲貼：http:///2017-02-04-trymarkdown.html

至于語(yǔ)法本身，自己隨便搜索學(xué)習(xí)吧,，比如http:///markdown/

學(xué)習(xí)編輯器,，推薦typora：https://vip./d/82-typora-markdown/10

第三步：安裝必備的R包

如果是普通的R包，用install.packages即可,，如下：

之所以設(shè)置后面的repos,，主要是考慮到中國(guó)大陸的特色網(wǎng)絡(luò)墻。

如果是bioconductor的包,，使用biocLite即可,，如下：

同理，也是設(shè)置了鏡像,。

如果是GitHub上面的R包,，也可以使用biocLite，如下：

第四步：新建rmarkdown文件并且輸出html報(bào)表

進(jìn)入Rstudio編輯器，新建

理解并且修改文件內(nèi)容

輸出html報(bào)表

實(shí)踐一下下面的例子

一個(gè)統(tǒng)計(jì)學(xué)里面的邏輯分析的講解

http://www./tmp/tutorial_for_logical_analysis.html

下面是一個(gè)表達(dá)矩陣的15個(gè)常見(jiàn)的可視化圖形的制作：

http:///tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html

用deconstructSigs來(lái)做cosmic的mutation signature圖

http:///jmzeng/markdown/deconstuctSigs.html