經(jīng)常需要在GEO中下載測(cè)序數(shù)據(jù)原始文件,，得到sra編號(hào)之后,，有兩種方法下載：
一,、可以通過在ebi（http://www./）中搜索SRA編號(hào),，然后用aspera直接下載fastq文件,，詳情參考本博客《Chip-seq流程報(bào)告》
二,、然而有的數(shù)據(jù)在ebi上并沒有提供fastq文件,，這個(gè)時(shí)候就只能下載SRA文件，然后用sratoolkit中的fastq-dump進(jìn)行轉(zhuǎn)換
后文將詳細(xì)介紹第二種方法
1,、首先,，進(jìn)入GEO，以GSM2309041這套數(shù)據(jù)為例,，找到需要的sra數(shù)據(jù),，SRX2159543
2,、然后在GEO profile中搜索SRX2159543
點(diǎn)擊：如下圖所示：

點(diǎn)擊Download data




4、右擊鼠標(biāo),，選擇“復(fù)制下載鏈接”,。

進(jìn)入Linux下載。
5,、

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra

或者使用aspera下載（最后那個(gè).表示下載到當(dāng)前目錄）

ascp -QT -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX215/SRX2159543/SRR4238252/SRR4238252.sra .