生信媛又強勢加入了一位作者，wenhu,他的博客是 http://, 歡迎圍觀,。

這是個簡短的教程,，目的是介紹幾種比較方便快捷的下載SRA、SAM及Fastq文件的方法,。

SRA數(shù)據(jù)庫: Sequence Read Archive：隸屬NCBI (National Center for Biotechnology Information),，它是一個保存高通量測序原始數(shù)據(jù)以及比對信息和元數(shù)據(jù) (metadata) 的數(shù)據(jù)庫，所有已發(fā)表的文獻中高通量測序數(shù)據(jù)基本都上傳至此,，方便其他研究者下載及再研究,。其中的數(shù)據(jù)則是通過壓縮后以.sra文件格式來保存的。

ENA數(shù)據(jù)庫：European Nucleotide Archive：隸屬EBI (European Bioinformatics Institute)，功能同SRA,，并且對數(shù)據(jù)做了注釋,，界面更友好，當然對于我們來說,，最誘人的當屬可直接下載fastq (.gz)文件這一項了,。

1. 找地方：用手頭上的SRR (SRA Run)序列號去ENA搜索,，如果有,，就在這兒下；如果沒有,，就去SRA數(shù)據(jù)庫下載

2. 選方法：

首選Aspera Connect軟件,，這是IBM旗下的商業(yè)高速文件傳輸軟件，與NCBI和EBI有協(xié)作合同,，我們可以免費使用它下載高通量測序文件,，體驗飛一般的感覺，速度可飚至300-500M/s,。下載完成后,，本地用fastq-dump提取fastq文件，用sam-dump提取SAM文件,。

其次,，如果上述方法不奏效，優(yōu)先使用sratoolkit中的prefetch命令,。

最后,，使用sratoolkit中的fastq-dump和sam-dump命令下載，如果fastq-dump不穩(wěn)定,，推薦大家嘗試Biostar Handbook中的wonderdump腳本,。

警告：不要用wget或curl去下載sra文件，這會導(dǎo)致下載的文件不完整,！

首先,，進入Aspera Connect的下載頁面,，選擇linux版本,，復(fù)制下載地址

至此,，安裝完成,，下面介紹如何利用 ascp在SRA和ENA中下載數(shù)據(jù)

ascp的用法：ascp [參數(shù)] 目標文件 目標地址

在線文檔(https://download./download/docs/ascp/2.6/html/index.html?https://download./download/docs/ascp/2.6/html/fasp/ascp.html)

先了解幾個 ascp命令的常用參數(shù)

-v verbose mode 嘮叨模式，能讓你實時知道程序在干啥，方便查錯,。有些作者的程序缺乏人性化,，運行之后，只見光標閃,，壓根不知道運行到哪了

-T 取消加密,，否則有時候數(shù)據(jù)下載不了

-i 提供私鑰文件的地址，我也不知道干嘛的,，反正不能少,，地址一般是~/.aspera/connect/etc中的asperawebiddsa.openssh文件

-l 設(shè)置最大傳輸速度，一般200m到500m,，如果不設(shè)置,，反而速度會比較低，可能有個較低的默認值

-k 斷點續(xù)傳,，一般設(shè)置為值1

-Q 不懂,，一般加上它

-P 提供SSH port，一般是33001,，反正我不懂

SRA數(shù)據(jù)庫下載：首先記住,，數(shù)據(jù)的存放地址是 ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov，SRA在Aspera的用戶名是 anonftp,，下載舉例：

• 如果我想下載 SRR949627.sra文件,，首先我需要找到地址，去ncbi ftp-private或者ncbi faspftp,，一層層尋找,，直至找到，然后記下鏈接地址,，就可以開始下載了：

注意：[email protected]后面是:號,，不是路徑/！

一般來說,，NCBI的sra文件前面的地址都是一樣的/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/...,，那么寫腳本批量下載也就不難了！

ENA數(shù)據(jù)庫下載：這里和上面不同,，數(shù)據(jù)的存放地址是 fasp.sra.ebi.ac.uk,，ENA在Aspera的用戶名是 era-fasp，下載舉例：

• 同樣,，我還是下載 SRR949627,，方便的是ENA中可以直接下載 fastq.gz文件，不用再從sra文件慢吞吞的轉(zhuǎn)換了,，那么地址呢,，可以去ENA搜索,，再復(fù)制下fastq.gz文件的地址，或者可以去ENA的ftp地址 ftp.sra.ebi.ac.uk搜索,，注意,，是ftp，不是fasp,！記下鏈接地址,，就可以下載了：

注意：[email protected]后面是:號，不是路徑/,！

一般來說,，EBI的sra文件前面的地址也都是一樣的vol1/fastq/...，那么寫腳本批量下載也就不難了,！

使用速鉑Aspera下載NGS數(shù)據(jù)

Aspera助力快速下載NCBI基因組與SRA原始數(shù)據(jù)