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流式分析教程:手把手教你分析出平均熒光強度

 嘿實驗室 2018-05-17
生物學霸
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FlowJo 是美國斯坦福大學 Leonard Herzenberg 實驗室研發(fā)的一款流式數(shù)據(jù)分析軟件,它可以對所有流式細胞儀產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行分析,,在多種電腦操作系統(tǒng)上兼容性良好,。


由于功能強大,簡單易用,,已經(jīng)被生命科學領域內(nèi)的科學家,、實驗室廣泛使用;同時 FlowJo 也是各高影響力核心期刊最受歡迎的流式數(shù)據(jù)分析軟件,。


本文主要針對流式分析中常用的平均熒光強度 (MFI),,五個小步驟帶你快速分析出 MFI。


01

打開 FloJo,,顯示工作臺,。



02

找到原始數(shù)據(jù)(fcs 格式文件)



Ctrl A 將所有文件全選,鼠標將其直接拖到 All Samples 中,如圖:



03

針對數(shù)據(jù)一進行分析


1,、鼠標左鍵點擊 fcs 格式數(shù)據(jù)出現(xiàn)流式散點圖,,X 軸默認選擇 SSC(側(cè)向散射,其散射強度與細胞內(nèi)顆粒結(jié)構(gòu)的質(zhì)量正相關,,即細胞內(nèi)顆粒結(jié)構(gòu)越復雜,,質(zhì)量越大,SSC 越大,;反之越?。?/span>


Y 軸默認選擇 FSC(前向散射,,該值與細胞的直徑正相關,,即細胞越大,F(xiàn)SC 越大,;反之越?。?/span>



2,、圈門:根據(jù)實驗目的選擇合適的圈門工具(矩形門,、十字門、橢圓門,、多邊形門)進行圈門,,圈出需要進行分析的細胞后點 OK 確認。圈出的細胞默認為 Lymphocytes(當然也可以根據(jù)自己的需要重命名),,下方的比例代表這群細胞占總細胞的百分比,。



3、對圈出細胞進行分析,,雙擊 Lymphocytes 選中這群細胞,,根據(jù)實驗目的、染料所需的熒光激發(fā) / 發(fā)射波長選擇合適的橫縱坐標,,完成后關閉處理界面回到軟件主界面,。


我選取的橫坐標是 PE-A,縱坐標是 Histogram,,點擊橫坐標邊上的 T 可將橫坐標數(shù)值改為 log 值,,將其變?yōu)檎担玫较聢D,。

 

 

4,、添加 MFI:選擇橫坐標下方的Σ Statistion,點擊下面的Σ 打開新界面,,單擊左邊框的 Mean,,選擇想要分析的 PE-A,,點擊 Add 添加可以使其 MFI 在Σ Statistion 框中顯示。




04

對其他數(shù)據(jù)進行批處理中


鼠標拖拽已處理文件到 All Samples 中,,即可實現(xiàn)對其他數(shù)據(jù)的批量處理,,簡單高效。

 



05

數(shù)據(jù)導出


點 File 下方的 Save As 可導出到 Excel 表格,,通過篩選等命令對數(shù)據(jù)快速處理,,十分方便。



以上是本人對流式分析中常用到的 MFI 處理所了解的基本操作,,希望對大家有所幫助,。


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