較一致的看法是鳥(niǎo)類的直接祖先是一種小型恐龍的意見(jiàn)（奧斯特羅姆，1967）,，認(rèn)為由假鱷類演化為恐龍中的虛骨龍類，然后再進(jìn)一步演化為始祖鳥(niǎo),，而演變?yōu)樾馒B(niǎo)類,。

以前認(rèn)為古鳥(niǎo)亞綱的始祖鳥(niǎo)是侏羅紀(jì)發(fā)現(xiàn)的唯一鳥(niǎo)類，2004年時(shí)被認(rèn)為是一種恐龍,。從已發(fā)現(xiàn)的標(biāo)本可以清楚地看到始祖鳥(niǎo)具有羽毛,；后足對(duì)趾型；腕掌骨和跗跖骨愈合,；骨盤(pán)結(jié)構(gòu),、鎖骨、喙部,、下頜關(guān)節(jié)方式以及眼等許多特征與鳥(niǎo)類相似,。始祖鳥(niǎo)具槽生齒，有具尾椎的長(zhǎng)尾,；脊椎雙凹型,；前翅掌指骨游離并具爪；腦,、胸骨,、肋骨及后肢等特征又與爬行類接近。所以始祖鳥(niǎo)被認(rèn)為是爬行動(dòng)物與鳥(niǎo)類之間的中間環(huán)節(jié),。

除始祖鳥(niǎo)外的其他鳥(niǎo)類全屬于新鳥(niǎo)亞綱,，其身體結(jié)構(gòu)與現(xiàn)在的鳥(niǎo)類更為接近，其中白堊紀(jì)的一些口中具槽生齒的鳥(niǎo)類,，構(gòu)成齒頜超目,，包括黃昏鳥(niǎo)目及魚(yú)鳥(niǎo)目。新鳥(niǎo)亞綱其余成員的口中均不具有真正的牙齒,。從白堊紀(jì)開(kāi)始出現(xiàn),，在始新世開(kāi)始繁榮，共34目,。近年來(lái)在白堊紀(jì)地層中又發(fā)現(xiàn)一些已絕滅的不具牙齒的鳥(niǎo)類化石,，但大都比較零散。這些新頜鳥(niǎo)類有4個(gè)目。近雞鳥(niǎo)目發(fā)現(xiàn)于加拿大艾伯塔省晚白堊世地層,，1940年被定名為近雞鳥(niǎo),，1971年又報(bào)道了第二個(gè)種，這一目與雞形目,、雁形目關(guān)系較密切,。戈壁鳥(niǎo)目發(fā)現(xiàn)于蒙古戈壁省的晚白堊世地層，1974年定名為戈壁鳥(niǎo),，推測(cè)可能是平胸類的早期代表,。1981年根據(jù)在南美晚白堊世地層采集的部分鳥(niǎo)化石，建立了反鳥(niǎo)屬,，并認(rèn)為它在進(jìn)化及分類上應(yīng)處于齒頜超目與古鳥(niǎo)亞綱之間,，建立了反鳥(niǎo)目。1982年在蒙古又發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的早白堊世鳥(niǎo)化石——傍鳥(niǎo),，并建立新的傍鳥(niǎo)目,，指出它有可能是最早的突胸鳥(niǎo)類，和鸮形目較接近,。1984年在中華人民共和國(guó)甘肅省玉門(mén)市附近早白堊世地層中發(fā)現(xiàn)了鳥(niǎo)類化石,。

新生代的鳥(niǎo)類 第三紀(jì)早期的化石記錄較少，始新世和漸新世突胸類有較大發(fā)展,，平胸鳥(niǎo)只有鴕鳥(niǎo)目和隆鳥(niǎo)目開(kāi)始出現(xiàn),，目前已發(fā)現(xiàn)近40個(gè)已絕滅科的化石。第四紀(jì)是鳥(niǎo)類極繁盛的時(shí)期,。大多數(shù)現(xiàn)生種都來(lái)源于這個(gè)時(shí)期,。平胸類分布于南半球，但是隆鳥(niǎo)類和鴕鳥(niǎo)類的代表在始新世見(jiàn)于中東及歐洲?，F(xiàn)生鴕鳥(niǎo)屬的化石曾發(fā)現(xiàn)于摩爾達(dá)維亞的中新統(tǒng)和廣泛發(fā)現(xiàn)于中華人民共和國(guó),、蒙古、歐洲和非洲的上新統(tǒng)和更新統(tǒng)?，F(xiàn)生種的化石則見(jiàn)于蒙古,、阿拉伯和阿爾及利亞的更新統(tǒng)。

新頜鳥(niǎo)類中也有一些鳥(niǎo)的頜上具有骨質(zhì)突起,，它們是發(fā)現(xiàn)于始新世—上新世的骨齒鳥(niǎo)類,，已全部絕滅。骨齒鳥(niǎo)亞目?的代表都具有齒狀突起,，但不具槽生齒,。有將近10個(gè)屬，分布于歐,、亞,、美洲和西非等地,。