一直都搞不清楚這兩者的具體區(qū)別,。

其實(shí)初學(xué)者搞不清楚很正常,，因?yàn)樗鼈兊谋举|(zhì)是相通的，都是對(duì)基因進(jìn)行歸類注釋的數(shù)據(jù)庫,。

建議初學(xué)者自己使用一下這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫,，應(yīng)該很快就能明白其中的區(qū)別。

（抱歉之前沒講清楚,，甚至有可能誤導(dǎo)大家了）

以下以一個(gè)案例來詳細(xì)說明兩者的區(qū)別：

推薦一個(gè)沒有任何基礎(chǔ)的人都能使用的gene set注釋工具

http://www./option.php

 把以上gene copy到txt里,，命名為gene.txt　

選項(xiàng)如下：

提交。,。,。

結(jié)果如下：

這是一種GO的分析結(jié)果，可以看到我們的基因被歸類到一個(gè)一個(gè)的叫GO term的東西里,。

GO數(shù)據(jù)庫是一個(gè)樹狀的結(jié)構(gòu),，頂層有三個(gè)根節(jié)點(diǎn)，分別問：BP,，MF和CC,。（具體是啥百度一下即可知）

同樣我們把 Select Functional Database 改成 “pathway”，選“KEGG”就可以做道謝通路富集了,。

KEGG數(shù)據(jù)庫是網(wǎng)狀的,，由很多張以下的圖組成，都是人工注釋的,。

以上使用的都是ORA方法,，還有一種著名的工具叫做GSEA （Select Method of Interest里選擇）。

GSEA 還可以利用每個(gè)基因的 rank 信息,，來做富集分析,。

 總結(jié)一下：

 GO數(shù)據(jù)庫的基礎(chǔ)就是一個(gè)一個(gè)的GO term，它們是樹狀的結(jié)構(gòu),，存在冗余,。GO database的root node有三個(gè)，分別為BP,、CC,、MF。

KEGG就是人工注釋的一張又一張代謝通路,，是網(wǎng)狀的,。

我目前用的多的是GO數(shù)據(jù)庫的BP子庫，KEGG用得比較少 ,。

前者是功能注釋,，即每個(gè)基因可能參與哪些pathway terms 或者 GO terms,，沒有閥值的。
后者是功能富集,，即基因集（多個(gè)基因）可能顯著的集中在哪些功能上面,，例如選擇P<0.05.得到的結(jié)果都是顯著性富集的pathway terms或者GO terms。

GO   
GO是Gene ontology的縮寫,，GO數(shù)據(jù)庫分別從功能,、參與的生物途徑及細(xì)胞中的定位對(duì)基因產(chǎn)物進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化描述，即對(duì)基因產(chǎn)物進(jìn)行簡單注釋,，通過GO富集分析可以粗略了解差異基因富集在哪些生物學(xué)功能,、途徑或者細(xì)胞定位。   
Pathway   
Pathway指代謝通路,，對(duì)差異基因進(jìn)行pathway分析,，可以了解實(shí)驗(yàn)條件下顯著改變的代謝通路，在機(jī)制研究中顯得尤為重要,。

  
GO分析好比是將基因分門別類放入一個(gè)個(gè)功能類群的籃子,，而pathway則是將基因一個(gè)個(gè)具體放到代謝網(wǎng)絡(luò)中的指定位置。

2018年3月16日更新

參考：

一文掌握GO和pathway分析