今天，小編又看到了國際頂尖期刊發(fā)表了TCGA挖掘snoRNA的研究機制,，還是一樣的感覺 ,，全方位，多組學的配合,。其次,，關(guān)于snoRNA在癌癥中的作用的知識正在興起，但是snoRNA在癌癥中的表達情況和臨床相關(guān)性尚未被系統(tǒng)地研究,。利用來自癌癥基因組圖譜（TCGA）的多個“組學”數(shù)據(jù)將可能是新興起的熱點,，可以寫些相關(guān)的課題進行申報。

知識：小核仁RNA（snoRNA）是長度為60-300nt的非編碼RNA,，它們主要分為C / d盒snoRNAs和H / ACA盒snoRNAs,，，并與一組核心蛋白命名為核糖核蛋白（RNP）的相關(guān)聯(lián)的以形成穩(wěn)定的和功能性snoRNP顆粒,，在哺乳動物中,，大多數(shù)snoRNA編碼在蛋白質(zhì)編碼或非編碼基因的內(nèi)含子中，其被稱為“宿主基因”,。宿主基因可能通過共轉(zhuǎn)錄影響snoRNA表達,。拷貝數(shù)變異（CNV）是基因表達的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子，并且已經(jīng)被廣泛研究用于蛋白質(zhì)編碼基因和非編碼基因,。DNA甲基化是調(diào)節(jié)基因表達的常見表觀遺傳學機制,。這些發(fā)現(xiàn)提示snoRNA的表達可能受宿主基因，CNV和DNA甲基化的調(diào)控,。新出現(xiàn)的證據(jù)揭示了snoRNA在腫瘤發(fā)生中的重要性,。

文章思路：

1：snoRNA提取

整合了加州大學圣克魯斯分校（UCSC）基因組瀏覽器（hg19）和GENCODE（版本24）的最新注釋，并獲得了1,524個獨特的snoRNA基因,。 

2：通過宿主基因,，CNV和DNA甲基化調(diào)節(jié)snoRNA表達

3：經(jīng)使用來自多個平臺的各種組學數(shù)據(jù)來分類腫瘤亞型

4：snoRNA亞型也與5種癌癥類型（包括ACC，BRCA,，KIRC,，胃腺癌（STAD）和THCA）的腫瘤階段高度一致，,，snoRNA亞型在分類四種癌癥類型的臨床結(jié)果方面顯示出預后價值,。

5：鑒定臨床相關(guān)的snoRNA為了全面鑒定臨床相關(guān)的snoRNA，我們進行了一系列分析,，以鑒定snoRNA在成對腫瘤和正常樣品,，腫瘤亞型之間，腫瘤階段之間顯示差異表達,。

6：臨床相關(guān)的snoRNA功能的影響 為了確定臨床相關(guān)snoRNA在人類癌癥中的功能作用,，我們基于以下標準將snoRNA優(yōu)先化：（1）長度超過100bp的序列; （2）snoRNA序列中沒有重復元件; 和（3）相對較高的表達水平,。我們選擇了前10個snoRNA。作者進行了pulldown方法,。