網(wǎng)址：

http://bioinfo.life./EVmiRNA

提供三個功能模塊：

（1）miRNA表達譜和來自不同來源（例如血液,、母乳等）的EV的樣品信息,；

（2）不同EV中特異性表達的miRNA，有助于生物標志物鑒定,；

（3）miRNA注釋,，包括EV和TCGA癌癥類型中的miRNA表達，miRNA通路調(diào)節(jié)以及miRNA功能和出版物,。EVmiRNA具有用戶友好的Web界面,，具有強大的瀏覽和搜索功能，以及數(shù)據(jù)下載,。它是第一個專注于EV中miRNA表達譜的數(shù)據(jù)庫,，可用于EV生物標志物、miRNA功能和液體活檢的研究和應(yīng)用領(lǐng)域,。

網(wǎng)址：

http://www./

一個手工打造的數(shù)據(jù)庫，旨在提供一個全面的microRNA對應(yīng)各種人類疾病的資源。

其中的每個條目包含miRNA-disease關(guān)系的詳細信息,包括microRNA的ID,、疾病名稱,、miRNA-disease關(guān)系的簡要描述、microRNA在不同疾病狀態(tài)的表達模式,、microRNA的表達檢測方法,、通過實驗驗證microRNA的目標基因和參考文獻。

網(wǎng)址：

http://zmf.umm./apps/zmf/mirwalk/ 

mirWalk可以查找通路中的miRNA以及其靶基因,，并且能夠直接查詢疾病相關(guān)miRNA。

網(wǎng)址：

http://www./hmdd

HMDD提供與疾病相關(guān)的miRNA以及其靶基因,，在通路分析的時候解列mirWalk非常有用。

網(wǎng)址：

http://cogemir./

CoGeMiR數(shù)據(jù)庫總結(jié)關(guān)于在進化過程中MicroRNA 在不同動物中的保守性,。該數(shù)據(jù)庫搜集已知的和預(yù)測的microRNA關(guān)于染色體定位、保守性和表達譜方面的信息,。

●miRNA靶基因預(yù)測數(shù)據(jù)庫

網(wǎng)址：

http://www./

TargetScan數(shù)據(jù)庫主要通過搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點來預(yù)測靶基因,。該數(shù)據(jù)庫提供人、小鼠,、大鼠,、奶牛、狗,、猩猩,、恒河猴、負鼠,、雞和青蛙等動物信息,。

網(wǎng)址：

http://genie./pubs/mir07/mir07_dyn_data.html 

該數(shù)據(jù)庫基于靶位點的可接性(target-site accessibility)和自由能預(yù)測miRNA 的靶標，是著名的生物信息學(xué)家Segal實驗室開發(fā)的,。主要包含human,、mouse、fly和worm的信息,，使用者可以通過miRNA預(yù)測靶基因,，也可以通過mRNA預(yù)測miRNA信息，無論是miRNA還是mRNA均可通過提供name或ID進行分析,。

網(wǎng)址：

http://www./

 miRBase數(shù)據(jù)庫是一個提供包括已發(fā)表的miRNA序列數(shù)據(jù),、注釋、預(yù)測基因靶標等信息的全方位數(shù)據(jù)庫,，是存儲miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫之一,。包含223個物種的35828個成熟的miRNA序列。該數(shù)據(jù)庫提供便捷的網(wǎng)上查詢服務(wù)，允許用戶使用關(guān)鍵詞或序列在線搜索已知的miRNA和靶標信息（僅包含已有的靶標信息,，所以會出現(xiàn)部分miRNA靶標信息無的現(xiàn)象）,。該數(shù)據(jù)庫用于miRNA信息查詢較多，靶關(guān)系預(yù)測較少,。

網(wǎng)址：

http://mirtarbase.mbc./

該數(shù)據(jù)庫主要收集的是被實驗驗證的miRNA靶標,，同時提供支持搜索結(jié)果的文獻或方法，最新更新于2015年9月,。該數(shù)據(jù)庫支持瀏覽,、搜索和數(shù)據(jù)下載。

網(wǎng)址：

http://starbase./

該數(shù)據(jù)庫采集了6000多份樣本,，14種癌癥來自于37個獨立研究的108份CLIP-seq數(shù)據(jù),，同時輔助降解組實驗數(shù)據(jù)搜尋miRNA的靶標，提供了各式各樣的可視化界面去探討miRNA靶標,。除了miRNA和靶標mRNA之間關(guān)系,，該數(shù)據(jù)庫還進行l(wèi)ncRNA、circRNA,、protein與mRNA之間的相互作用分析,，并分析了ceRNA機制。該數(shù)據(jù)庫主要包含人,、小鼠,、線蟲3個物種信息。

●miRNA-lncRNA關(guān)系預(yù)測數(shù)據(jù)庫

1．miRSponge數(shù)據(jù)庫：

http://www./miRSponge/

2．RNA22數(shù)據(jù)庫：

https://cm./rna22/

3．lncACTdb數(shù)據(jù)庫:

http://www./LncACTdb/

4．RAID v2.0數(shù)據(jù)庫：

http://www./raid/index.html

5．DIANA Tools數(shù)據(jù)庫：

http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index

6．starBase數(shù)據(jù)庫：

http://starbase./index.php

7．mircode數(shù)據(jù)庫：

http://www./

8． LNCediting數(shù)據(jù)庫：

http://bioinfo.life./LNCediting/

9．LncRNASNP數(shù)據(jù)庫：

http://bioinfo.life./lncRNASNP/

10．lncrnamap數(shù)據(jù)庫：

http://lncrnamap.mbc./php/

網(wǎng)址：

https://www.arb-silva.de/

是一個涵蓋細菌,、古菌,、真核的rRNA基因序列的綜合數(shù)據(jù)庫。

網(wǎng)址：

https://www./project/Protist-Ribosomal-Reference-database-PR2

PR2（ProtistRibosomal Reference database）數(shù)據(jù)庫是專門針對真核微生物小亞基SSU rRNA（即18SrRNA）基因的數(shù)據(jù)庫,。該數(shù)據(jù)庫主要由核編碼的原生生物序列構(gòu)成，但為方便分析18S的高通量測序數(shù)據(jù),，數(shù)據(jù)庫也包含了后生生物,、陸地植物、大型真菌和真核細胞器（線粒體,、質(zhì)體等）的SSU序列,。內(nèi)含子和嵌合體序列已被去除。

網(wǎng)址：

http://rdp.cme./index.jsp

RDP數(shù)據(jù)庫全稱“RibosomalDatabase Project”,，該數(shù)據(jù)庫提供質(zhì)控、比對、注釋的細菌,、古菌16S rRNA基因和真菌28S rRNA基因序列,。RDP是目前較常用的rRNA基因高通量測序后作為比對、注釋的參考數(shù)據(jù)庫,。此外,，還可用于平時菌種鑒定時，對少量rRNA基因測序后的物種進行分類鑒定,，此時主要用其Classifier功能（http://rdp.cme./classifier/classifier.jsp）,，可非常方便地確定某條rRNA基因序列從門到屬/種水平的分類信息并給出各水平相應(yīng)的置信度。

網(wǎng)址：

http://greengenes./

Greengenes是專門針對細菌,、古菌16S rRNA基因的數(shù)據(jù)庫，（可在該網(wǎng)址下載：http://greengenes./downloads/database/13_5）,，目前較常用于16S rRNA基因高通量測序后進行嵌合體去除的參比數(shù)據(jù)庫,。目前，比較火的一個分析——PICRUST,，即根據(jù)16S rRNA高通量測序結(jié)果預(yù)測微生物群落功能的分析,，也是基于gg_13_5數(shù)據(jù)庫開發(fā)的，因此,，想做PICRUST分析也必須依托Greengenes的gg_13_5數(shù)據(jù)庫進行比對,。

網(wǎng)址：

http://www./dashboard

EzBioCloud是與Greengenes數(shù)據(jù)庫類似,，也是專門針對細菌,、古菌16SrRNA基因的數(shù)據(jù)庫，但其特點是以可培養(yǎng)的細菌,、古菌16S rRNA基因序列為主,。該數(shù)據(jù)庫對與2016年10月1日進行了網(wǎng)站更新，其中最常用的功能是通過與該數(shù)據(jù)庫比對,，確定某16S rRNA基因序列對應(yīng)物種在數(shù)據(jù)庫中的近緣可培養(yǎng)/模式種,，此時用到的是數(shù)據(jù)庫的Identify功能（http://www./identify），網(wǎng)站要求應(yīng)用該功能時需要先通過郵箱注冊后方可使用,。相比上面提到的RDP,、SILVA和Greengenes來說，該數(shù)據(jù)庫較少用于16S高通量測序后的參比數(shù)據(jù)庫,。

網(wǎng)址：

http://phytoref./

PhytoREF數(shù)據(jù)庫是專門針對質(zhì)體（plastid）中16SrRNA基因的數(shù)據(jù)庫。所有陸地,、淡水,、海洋中的含質(zhì)體生物16S rRNA基因序列都囊括在該數(shù)據(jù)庫內(nèi),，包括陸地植物、海洋和淡水大型和微型藻類等的質(zhì)體,。 

網(wǎng)址：

http://pfr2./

浮游有孔蟲界（planktonic Foraminifera /Rhizaria）是一類在海洋中廣泛存在的浮游原生生物，其在海洋碳循環(huán)中起重要作用,，且其化石可用以生物年代地層和古氣候重建,。PFR2是專門針對浮游有孔蟲界18SrRNA基因的數(shù)據(jù)庫。包含3322條高質(zhì)量的浮游有孔蟲界18S rRNA基因序列,。

網(wǎng)址：

http://srnamap.mbc.

關(guān)于微生物基因組中小型非編碼RNA注釋的綜合資源至關(guān)重要,。這項工作提供了一個綜合數(shù)據(jù)庫,，即sRNAMap，通過整合各種生物數(shù)據(jù)庫和調(diào)查文獻來收集sRNA基因,，sRNA的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子和sRNA靶基因,。在這個資源中，我們在70個微生物基因組中收集了397個sRNA,，62個調(diào)節(jié)因子/ sRNA和60個sRNAs /靶標,。此外，還提供了更有價值的sRNA信息,，如sRNA的二級結(jié)構(gòu),，sRNA的表達條件，sRNA的表達譜,，sRNA的轉(zhuǎn)錄起始位點以及與其他生物數(shù)據(jù)庫的交叉鏈接,，以供進一步研究。

網(wǎng)址：

http://srnadb.fb11./sRNAdb/Home

工作臺旨在收集革蘭氏陽性細菌的所有已發(fā)表和預(yù)測的sRNA,，并將其提供給公眾進行比較分析。目前包括關(guān)于該主題的轉(zhuǎn)錄組學(xué)出版物的所有可用數(shù)據(jù)以及通過稱為SIPHT的軟件的計算機預(yù)測.

siRNA Database,、siRNA Target Finder,、Silencer ? siRNA Construction Kit Template Design Tool,、pSilencer ? Expression Vectors Insert Design Tool、Silencer ? Express siRNA Expression Cassette KitsPCR Primer Design Tool

網(wǎng)址：

http://www. 

Protein Lounge包括10個數(shù)據(jù)庫和7個生物學(xué)工具以及1個個性化的工具,。其中siRNA數(shù)據(jù)庫：該數(shù)據(jù)庫包括了眾多生物種屬中所有已知mRNA序列的siRNA靶位，并按照siRNA干擾對象（激酶,、磷酸酯酶,、轉(zhuǎn)錄因子和疾病相關(guān)基因）來組織數(shù)據(jù),。數(shù)據(jù)庫中所有siRNA靶位均可以與Protein Lounge的siRNA在線設(shè)計工具鏈接。

●siDirect ：

http://sidirect2./

●DSIR ：

http://biodev.extra./DSIR/DSIR.html

●Sigma ：

https:///p4ZMhime

●Invivogen ：

https://www./sirnawizard/design.php

●RNAi Codex ：

http://cancan./cgi-bin/Codex/Codex.cgi

網(wǎng)址：

http://gtrnadb./

收錄了不同物種的tRNA序列信息,，這些tRNA都是通過tRNAscan-SE 2.0軟件預(yù)測得到,。

網(wǎng)址：

http://trna.bioinf./DataOutput/

綜合序列和二級結(jié)構(gòu)的tRNA數(shù)據(jù)庫,，收錄了來自577個物種的12000個tRNA基因和來自104個物種的623條tRNA序列,，除了基本的序列信息外，還提供了二級結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù),。

tRNAscan-SE 能在基因組水平上進行 tRNA 掃描。該軟件實際上是一個 perl 腳本,，整合了 tRNAscan,、 EufindRNA 和 Cove 這 3 個獨立的 tRNA 檢測軟件。tRNAscan-SE 首先調(diào)用 tRNAscan 和 EufindRNA 鑒定基因組序列中的 tRNA 區(qū)域,，然后調(diào)用 Cove 進行驗證,。這樣既保證了前者的 sensitivities， 又保證了后者較低的假陽性概率,，同時在搜索速度上提升了很多,。

網(wǎng)址：

http://snoopy.med./snorna_db.cgi

網(wǎng)址：

http://bioinf.scri./cgi-bin/plant_snorna/home