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原文以Time for the data to speak為標(biāo)題 發(fā)布在2017年8月2日的《自然-生物技術(shù)》社論上 標(biāo)題：是該數(shù)據(jù)說話的時候了 doi:10.1038/nbt.3938 一項宣稱通過Argonaute酶實現(xiàn)基因編輯的研究被撤回,，這顯示了論文發(fā)表后的同行評議在全天候媒體時代的重要性,。 本期，韓春雨及同事撤回了發(fā)表于去年5月的一篇論文,。該論文稱,，短5′磷酸化單鏈DNA可引導(dǎo)格氏嗜鹽堿桿菌核酸內(nèi)切酶（NgAgo）產(chǎn)生雙鏈斷裂，實現(xiàn)對人類基因組的編輯,。論文一發(fā)表,，便引起科研人員的極大興趣和媒體的競相報道。但是很快,，在推特,、博客和其它社交媒體的助燃之下，有關(guān)該研究可重復(fù)性的質(zhì)疑開始迅速增多,。去年11月,，本刊發(fā)表了“編輯部關(guān)注”（Editorial Expression of Concern），提醒科研界留意這些可重復(fù)性方面的擔(dān)憂,。為了最終解決這個爭議,，多個研究小組在數(shù)月里生成了更多的實驗數(shù)據(jù)。如今塵埃落定,，這也是世界各地的許多實驗室為澄清NgAgo的功能而付出的大量時間、精力和資金的證明,。 韓春雨的這篇論文自去年發(fā)表后所產(chǎn)生的影響力,，再怎么夸張地說也不為過，尤其是在論文的來源地中國,。中國媒體紛紛進(jìn)行報道,，以大標(biāo)題宣告一項全新基因編輯系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn),。這無疑是一篇中國去年被報道最多的論文；媒體監(jiān)測公司融文（Meltwater）的數(shù)據(jù)顯示,，僅在論文發(fā)表后的最初兩個月,，就有將近4000篇相關(guān)的中文新聞報道。 NgAgo的轟動之處集中在它有可能補充,，甚至取代CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)之一點上,。NgAgo有望以一個目標(biāo)序列進(jìn)行基因編輯（Cas9不僅需要目標(biāo)序列，還需要另外一個附近的識別（PAM）序列）,。而且,，初始數(shù)據(jù)還顯示了它在其它方面的優(yōu)勢，如引物的穩(wěn)定性更強(qiáng)（DNA相對于Cas9采用的RNA）,，增強(qiáng)特異性,，減少基因組編輯脫靶，改善在基因組富含GC區(qū)域的活性,，以及使所用的試劑更易于合成和處理,。 如果說這一切都聽上去太過美好而令人難以置信，那么去年夏天以來,，隨著越來越多的實驗室無法重復(fù)該論文所報告的基因組編輯功能,，質(zhì)疑聲便開始出現(xiàn)了。在各種基因組編輯會議上,，在新聞討論組和電子郵件中,，這篇論文成為最熱話題之一。這很快便引起媒體注意,，有關(guān)該初始報告有效性的正反兩方面的聲音開始交鋒,。我們內(nèi)部的圖像完整性篩查沒有發(fā)現(xiàn)韓春雨論文的明顯異常，復(fù)查數(shù)據(jù)的三位外部評審人也持相同觀點,。 在此期間,，《自然-生物技術(shù)》一直與科研界保持聯(lián)絡(luò)，關(guān)注各種為重復(fù)論文所做的持續(xù)努力,。最終,，在編輯們的協(xié)調(diào)下，三個獨立小組的成果形成了一篇單獨的反駁性論文,，并通過了同行評議(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016),。有了這些數(shù)據(jù)，我們就有充分的理由去提醒讀者留意該論文可能存在問題,，我們將正式的“編輯部關(guān)注”發(fā)表在該篇論文所在的網(wǎng)址上,，此舉得到包括韓春雨在內(nèi)的兩位論文作者的支持。 我們也詢問了論文作者是否可以解答科研界為何難以重復(fù)他們的結(jié)果。于是,，去年12月,，韓春雨及同事，還有另外幾個與本刊聯(lián)系的獨立研究小組,，提供了新的數(shù)據(jù),，稱已經(jīng)重復(fù)了NgAgo基因編輯活性。當(dāng)時,，本刊編輯和一位外部評審人都判定這些數(shù)據(jù)太過初級,，不滿足發(fā)表標(biāo)準(zhǔn)。因此,，我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時間來收集更多的能支持其論點的實驗證據(jù),。 現(xiàn)在，距原論文發(fā)表已過去了一年多,，我們了解到當(dāng)初曾報告說初步成功重復(fù)出實驗結(jié)果的獨立研究小組,，無法強(qiáng)化初始數(shù)據(jù)，使其達(dá)到可發(fā)表的水平,。類似的,，在征求專家評審人的反饋意見后，我們判定韓春雨及同事提供的最新數(shù)據(jù)不足以反駁大量與其初始發(fā)現(xiàn)相悖的證據(jù),。我們現(xiàn)在確信韓春雨的撤稿決定是維護(hù)已發(fā)表科研記錄完整性的最好做法,。 這篇有關(guān)NgAgo的論文發(fā)表出來，并不是科研過程的結(jié)束,，而是開始,。與任何其它發(fā)表出來的報告一樣，正是廣大的科研共同體對相關(guān)方法進(jìn)行了檢驗,，識別潛在的錯誤來源,，驗證試劑并優(yōu)化試驗。在本例中,，有多位敬業(yè)的研究者個人對已發(fā)表實驗方法的各種細(xì)節(jié)進(jìn)行檢驗,，并完成記錄翔實和有對照組的反駁性研究 (Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。 這篇NgAgo論文也顯示了社交媒體的利與弊,。顯然,，這些平臺對于迅速提醒廣大科學(xué)界留意該論文可能存在的問題發(fā)揮了重要作用。但是,，它們也抬高了人們的預(yù)期,，以為有關(guān)這篇論文的問題是直截了當(dāng)，可以快速解決的,。然而,，關(guān)于NgAgo的各種問題是無法在幾個星期或幾個月內(nèi)就能澄清的，這是有原因的,。即使是簡單的實驗也需要花費數(shù)周來準(zhǔn)備,、實施、分析和解決出現(xiàn)的問題,。另外于事無益的是,，那些進(jìn)行可重復(fù)性研究的人，其付出的努力往往得不到回報——這樣的工作單調(diào)乏味,，沒有資金支持,，還吃力不討好。 難怪在希望得到快速,、明確答案的全天候媒體和公眾眼中,，論文發(fā)表后的同行評議流程似乎慢得讓人沮喪。但是,，當(dāng)涉及生物學(xué)時,，往往沒有明確的答案。當(dāng)研究重復(fù)性時,，有一點我們是知道的,，那就是這需要花時間來做。就這篇有關(guān)NgAgo的論文而言,，現(xiàn)在是時候了,，數(shù)據(jù)已經(jīng)說話了。 社論鏈接： http://www./nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.3938.html 以下是來自作者的撤稿聲明： Retraction: DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute
Feng Gao, Xiao Z Shen, Feng Jiang, Yongqiang Wu & Chunyu Han
Nat. Biotechnol. 34, 768–773 (2016); published online 2 May 2016; addendum published after print 28 November 2016; retracted 2 August 2017; doi:10.1038/nbt.3547
We are retracting our study because of the continued inability of the research community to replicate the key results in Figure 4, using the protocols provided in our paper. In this figure we report that the Natronobacterium gregoryi Argonaute can efficiently create double-strand breaks and edit the genome of human cells using 5? phosphorylated single-stranded DNA as a guide. Despite the efforts of many laboratories (Protein Cell 7, 913–915, 2016; Nat. Biotechnol. 35, 17–18, 2017; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017), an independent replication of these results has not been reported. We are therefore retracting our initial report at this time to maintain the integrity of the scientific record. We nevertheless continue to investigate the reasons for this lack of reproducibility with the aim of providing an optimized protocol. 撤稿聲明鏈接： http://www./nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html 中文翻譯版本： 撤稿：利用NgAgo進(jìn)行DNA引導(dǎo)的基因組編輯 高峰,，沈嘯,，姜峰，武永強(qiáng)和韓春雨 Nat. Biotechnol.34, 768-773 (2016); 2016年5月2日在線發(fā)表,，論文進(jìn)入印刷版后2016年11月28日在線發(fā)表補編,；2017年8月2日撤稿；doi:10.1038/nbt.3547 由于科研界一直無法根據(jù)我們論文提供的實驗方案重復(fù)出論文圖4所示的關(guān)鍵結(jié)果,，我們決定撤回這項研究,。在該圖中，我們報告說,，利用5′磷酸化單鏈DNA作為引導(dǎo),，NgAgo（Natronobacterium gregoryi Argonaute）能夠有效引起雙鏈斷裂，并對人體細(xì)胞基因組進(jìn)行編輯,。雖然許多實驗室都進(jìn)行了努力（Protein Cell 7, 913-915, 2016; Nat. Biotechnol.35, 17-18, 2017; Cell Res.26, 1349-1352, 2016; PLOS One 12, e0177444, 2017) ,，但是沒有獨立重復(fù)出這些結(jié)果的報告。因此,，我們現(xiàn)在撤回我們的最初報告,，以維護(hù)科學(xué)記錄的完整性。不過，我們會繼續(xù)調(diào)查該研究缺乏可重復(fù)性的原因,，以提供一個優(yōu)化的實驗方案,。 本文由自然科研上海辦公室負(fù)責(zé)翻譯。中文內(nèi)容僅供參考,，一切內(nèi)容以英文原版為準(zhǔn),。 ? |
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