在中醫(yī)理論體系中,，命門學(xué)說的學(xué)術(shù)思想最為豐富，同時也是爭論最多,，至今尚未能統(tǒng)一的重要理論,。

命門作為一個獨(dú)立的臟腑，最早見于《難經(jīng)》,，為右腎的代稱,，是男子藏精、女子系胞之所在,，《難經(jīng)·三十九難》曰：“五臟亦有六臟者,，謂腎有兩臟也，其左者為腎,，右為命門,，命門者精神之所舍也，男子以藏精,，女子以系胞,，其氣通于腎，故言臟有六也,?！痹凇妒穗y》與《三十六難》中又說，命門為“腎間動氣”,，“原氣之所系”,，具有重要作用。此說對后世有著深遠(yuǎn)的影響,。然而,，自漢代到北宋的一千多年間，命門學(xué)說并沒有多大的發(fā)展,，始終只被當(dāng)做腎臟的一部分來看待,，腎命一家。

自金元之后,，隨著金元四大家的出現(xiàn),，中醫(yī)學(xué)發(fā)生了根本性的變革，而醫(yī)家們對命門學(xué)說的深入探討,，也正是此時醫(yī)學(xué)理論革新的一個重要組成部分,。劉完素把《內(nèi)經(jīng)》五運(yùn)六氣中“君火以明，相火以位”的君火與相火引入到人體藏象當(dāng)中,，以心為君火,，命門為相火,，首創(chuàng)命門相火說。他在《素問病機(jī)氣宜保命集·病機(jī)論》中說：“左腎屬水,，男子藏精,，女子以系胞；右腎屬火,，游行三焦,，興衰之道由于此，故七節(jié)之傍,，中有小心,，是言命門相火也”。劉完素首創(chuàng)命門屬火說,，將前代醫(yī)家以溫腎治療虛寒的方法也納入命門理論的范圍,。易水學(xué)派的創(chuàng)立者張元素在同一時期也論及命門相火，并進(jìn)一步將之與“元?dú)狻甭?lián)系起來,，認(rèn)為“命門為相火之源,，天地之始，藏精生血,，……主三焦元?dú)狻?。此說大大提升了命門的重要性。朱丹溪雖沒有直接闡述“命門”理論,，但他對“相火”理論貢獻(xiàn)很大,，同樣為明代命門理論的興盛提供了理論基礎(chǔ)。

自金元四家以來關(guān)于相火的討論,，十二世紀(jì)以后便逐漸演變?yōu)槊T學(xué)說發(fā)展的高潮。明代很多醫(yī)家均論及命門,，如李時珍,、虞摶、李梴等,，但以溫補(bǔ)學(xué)派的孫一奎,、趙獻(xiàn)可、張景岳三家之論最為卓著,，且大量體現(xiàn)宋明理學(xué)思想,，成為獨(dú)立于《內(nèi)經(jīng)》五藏體系之外的又一新藏象體系。

孫一奎是命門三大家中最早的一位,，創(chuàng)立“命門動氣”學(xué)說,。他自幼研《易》，嘗援易論醫(yī),，承襲朱丹溪“人身必有一太極”的思想,，將理學(xué)當(dāng)中的“太極”理論融入到醫(yī)學(xué)當(dāng)中,，結(jié)合《難經(jīng)》原氣之論來闡發(fā)命門。同時,，他又進(jìn)一步擺脫了《難經(jīng)》“左腎右命門”的窠臼,，提出：“命門乃兩腎中間之動氣，非水非火,，乃造化之樞紐,，陰陽之根蒂，即先之太極,。五行由此而生,，臟腑以繼而成”（《醫(yī)旨緒余》）?？芍枋龅拿T是先于臟腑的存在,，用“太極之本體”來形象地比喻命門在人身的重要地位和作用，是得以生成五臟六腑的根源所在,。

趙獻(xiàn)可提出君主命門說,，他認(rèn)為，命門位處兩腎中間,，徹底與腎臟脫離,，而成為主宰十二官的“真君真主”，其功能位于五臟六腑之上,，為“主宰先天之體”,，有“流行后天之用”。趙獻(xiàn)可運(yùn)用《易經(jīng)》中“坎”卦的理論來解釋腎與命門二者之間的關(guān)系,，認(rèn)為兩腎有形屬水,，命門無形屬火，其位居兩腎中間,，即“一陽陷于二陰之中”,，陰中有陽才能化氣而產(chǎn)生生命，而命門之火的作用則始終居于主導(dǎo)地位,。趙獻(xiàn)可的命門理論受到理學(xué),、易學(xué)及道教等多方面思想的影響，承前啟后,，對后世影響很大,。

張景岳在總結(jié)前人成就的基礎(chǔ)之上，對于命門學(xué)說進(jìn)行了系統(tǒng)深入的論述及闡發(fā),，提出“水火命門”學(xué)說,。張景岳大量運(yùn)用太極陰陽理論闡述命門,，認(rèn)為命門為人身之太極，是人體生命的本源,，統(tǒng)括陰陽,、五行和精氣。同時,，命門兼具水火,，陰陽本同一氣，水火之于人身,，即是陰陽精氣,，從而把人體陰陽、精氣與水火有機(jī)地聯(lián)系了起來,。張景岳的水火命門學(xué)說結(jié)合易學(xué)思想把中醫(yī)學(xué)的陰陽理論發(fā)展到了一個嶄新的高度,，從太極一氣到兩儀陰陽，化生“先天無形之陰陽”,，繼而再生成“后天有形之陰陽”,，以元陽之火論生命活動的功能,，以真陰之水論氣血津液和藏府,，以水火的關(guān)系體現(xiàn)了陰陽互根,、互用與相互制化的思想，在其著作中,，陰陽互根,、水火同源、精氣互生的理論貫穿始終,。張景岳的水火命門學(xué)說,，將陰陽、水火,、精氣的理論與命門學(xué)說有機(jī)地聯(lián)系在一起,，使之達(dá)到了前所未有的高度及水平，成為明代命門理論的集大成者,。

命門學(xué)說是對藏象、陰陽學(xué)說的進(jìn)一步發(fā)展,，它拓展了中醫(yī)理論體系的框架,，完善了以往的理論，它既是臨床實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)的總結(jié),，又以其獨(dú)特的理論價值推動和豐富了中醫(yī)臨床,。在中醫(yī)學(xué)術(shù)的發(fā)展上有著不可替代的地位。