谷歌deepmind已經(jīng)開(kāi)源,，在github可以找到alphafold3的安裝說(shuō)明，首先需要配置好docker,，然后安裝英偉達(dá)顯卡驅(qū)動(dòng),，再用Dockerfile構(gòu)建容器，在容器中使用run_alphafold.py腳本實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)相關(guān)預(yù)測(cè),。

因此,，第一步需要配置好docker然后構(gòu)建容器，再之后可以把docker容器轉(zhuǎn)變?yōu)閍pptainer（也就是singularity）容器,，這樣就不需要root也可以愉快玩耍了...

我們都知道大部分語(yǔ)言安裝后測(cè)試成功與否,，一般都打印下hello wolrd比如python的print('hello world')

docker也不例外，docker再安裝之后拉取hello-world容器測(cè)試是否安裝成功,，網(wǎng)絡(luò)是否通常,，但是這就花了兩天。,。,。原因竟然是鏡像問(wèn)題

配置docker下載信息

以下操作都需要root權(quán)限

# Add Docker's official GPG key:
sudo apt-get update
sudo apt-get install ca-certificates curl
sudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings
sudo curl -fsSL https://download./linux/ubuntu/gpg -o /etc/apt/keyrings/docker.asc
sudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.asc

# Add the repository to Apt sources:
echo \
  "deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker.asc] https://download./linux/ubuntu \
  $(. /etc/os-release && echo "$VERSION_CODENAME") stable" | \
  sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list > /dev/null
sudo apt-get update

安裝最新版本docker

sudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin

配置鏡像

關(guān)鍵的問(wèn)題就出在這里，第一次運(yùn)行sudo docker run hello-world看是否安裝docker成功,，發(fā)現(xiàn)失敗,，嘗試了各種方法，增加了阿里云鏡像也不行,，最后一招把全部搜集到的鏡像都添加進(jìn)來(lái)

sudo mkdir -p /etc/docker
sudo tee /etc/docker/daemon.json <<-'EOF'
{
    "registry-mirrors": [
        "https://8uzlrrtw.mirror.",
        "https://docker.",
        "https://docker.m.",
        "https://docker.",
        "http://mirrors.ustc.edu.cn",
        "https://docker.",
        "https://docker.",
        "http://mirror.",
        "https://hub.v",
        "https://docker.",
        "https://hub.",
        "https://hub.",
        "https://hub.",
        "https://dz.gq",
        "https://docker.",
        "https://docker.",
        "https://registry.",
        "https://hub.v",
        "https://dhub.",
        "https://docker."
    ]
}
EOF

設(shè)置后重啟

sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker

測(cè)試一下hello-world 容器

sudo docker run hello-world

其他可能有用的命令

• 如果之前安裝過(guò),，需要卸載

sudo apt-get purge docker-ce docker-ce-cli containerd.io
sudo rm -rf /var/lib/docker
sudo rm -rf /var/lib/containerd

for pkg in docker.io docker-doc docker-compose docker-compose-v2 podman-docker containerd runc;
do 
sudo apt-get remove $pkg; 
done

• 啟動(dòng)、停止,、重啟Docker

sudo systemctl start docker
sudo systemctl stop docker
sudo systemctl restart docker