1.分子量區(qū)別：殼寡糖是殼聚糖經(jīng)特殊的生物酶技術(shù)處理得到的一種全新產(chǎn)品,，分子量在3000Da以下；殼聚糖是甲殼素部分脫乙?；漠a(chǎn)物,，分子量在50－100萬。

2.溶解性區(qū)別：殼寡糖分子量較低,，能完全溶于水,；殼聚糖只能溶解于稀酸溶液中。水溶性的增強是影響殼寡糖一些生理活性的重要因素,，只有溶于水,，才有可能被生物體吸收和利用，表現(xiàn)出生物活性,，所以殼寡糖更容易被人體,、動物和植物體吸收。

3.功能性區(qū)別：分子量在2000以下的殼寡糖展現(xiàn)出獨特的生理活性和功能：提高巨噬細胞的功能,；抑制腫瘤細胞的生長和轉(zhuǎn)移,；降低膽固醇和血脂；抗菌,、抑菌和顯著的保濕吸濕能力等,。

分子量低于5000的殼寡糖具有阻礙病原菌生長繁殖，促進蛋白質(zhì)合成,，活化植物細胞,，從而促進植物快速生長。

殼寡糖的眾多功能表明了它是寡糖家族中的另類,，殼寡糖是已發(fā)現(xiàn)寡糖中唯一呈堿性,、帶正電荷的寡糖，這個特點也決定了它是唯一可以被腸道吸收進入血液循環(huán)的寡糖,，而經(jīng)血液循環(huán)到達全身各部位正是其發(fā)揮其它眾多生物功能的基礎(chǔ),。

殼寡糖被腸道吸收的前提是不被消化酶消化，殼寡糖是由氨基葡萄糖以β-1,4-糖苷鍵連接而成的聚合體,，而人類胃腸道中的消化酶主要作用于α-1,4-糖苷鍵,，所以殼寡糖在胃腸道中可以保持結(jié)構(gòu)的完整性。