《生信菜鳥團》的其中一個專欄作者專注于解析各個文獻里面的figure1，尤其是那些使用了tcga等公共數(shù)據(jù)資源的,， 很容易重新下載數(shù)據(jù)并且自己走一遍差異分析或者生存分析來驗證,。

但是最近刷到了2022的文章：《Long noncoding RNA TLNC1 promotes  the growth and metastasis of liver cancer  via inhibition of p53 signaling》,，蠻有意思的，它落腳點是 lncRNA的基因,，名字是TLNC1,，在肝癌里面從數(shù)據(jù)角度來看是一個“典型”的致癌基因,，因為在癌癥里面高表達量，而且表達量越高的病人預后越差,。

但是菜鳥團小伙伴在復現(xiàn)的時候發(fā)現(xiàn)壓根就沒有這個 TLNC1,，谷歌檢索不到,。,。,。。

這就讓我們非常開心,，大家都懂的,。。,。

但是，在開始干它之前,，我還是怕影響口碑,，就親自看了看這個文章并且搜索了一下， 發(fā)現(xiàn)其實這個基因TLNC1是作者自己改名了,，而且文章里面也寫清楚了：

In this study, we identified an oncogenic lncRNA, termed as TLNC1 (tumorigenic long noncoding RNA on chromosome 1p13), that was highly expressed in liver cancer tissues. TLNC1 was previously known as linc01134, which has been demonstrated to promote the progression and metastasis, as well as confer oxaliplatin resistance in hepatocellular carcinoma (HCC) by several recent studies

所以現(xiàn)在官方名字仍然是：https://www./cgi-bin/carddisp.pl?gene=LINC01134

Aliases for LINC01134 Gene
GeneCards Symbol: LINC01134 
Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1134 (HGNC, NCBI Entrez Gene, Ensembl)
TLNC1 (HGNC, NCBI Entrez Gene, Ensembl)
Tumorigenic Long Noncoding RNA On Chromosome 1p13 (HGNC, NCBI Entrez Gene)
NONHSAG000199.2 (NONCODE)
HSALNG0000361 (LncBook)
LINC01134 (LNCipedia)

這烏龍啊，差一點就準備炮轟它了,，但是讓我好奇怪，什么情況小我們可以修改基因名字呢,？因為它是lncRNA所以理論上屬于一小撮人的狂歡，主流科學家是不會看它的,。在小眾領域確實是可以自己修改基因名字嗎？

名字有多么重要呢,？比如我chatGPT查 了一下：B7-H1（B7 homolog 1）是PD-L1的另一個名稱,。在早期的研究中，PD-L1被命名為B7-H1,，以突顯其與其他B7家族成員（如CD80和CD86）的相關性。隨著研究的深入,，人們逐漸認識到B7-H1和PD-L1是同一蛋白，因此這兩個名稱可以互換使用,。B7-H1或PD-L1作為PD1的配體蛋白，通過與PD1結合,，調(diào)節(jié)T細胞活化和免疫應答，對免疫耐受性和免疫自我調(diào)節(jié)起著重要作用,。盡管B7-H1這個名稱在早期的研究中使用較多,，但目前更常見的稱呼是PD-L1（Programmed death-ligand 1）,，以與其他免疫檢查點蛋白（如PD-L2）區(qū)分開來，并與PD1的命名一致,。

B7-H1是大名鼎鼎的陳列平給的名字，1999年陳列平教授發(fā)現(xiàn)了B7-H1分子的存在（也就是日后大名鼎鼎的PD-L1）,。

但是PD1（Programmed cell death protein 1）是一個重要的免疫檢查點蛋白，也被稱為CD279。它在調(diào)節(jié)免疫系統(tǒng)中的免疫耐受性和自身免疫反應中起著關鍵作用,。PD-L1（Programmed death-ligand 1）是PD1的配體蛋白，也被稱為CD274,。它在免疫調(diào)節(jié)中起著重要的作用。

這些名字是否讓你暈頭轉(zhuǎn)向呢,？

學徒作業(yè)

既然知道了上面提到的文章里面的TLNC1就是linc01134,，我們就去TCGA的肝癌數(shù)據(jù)集里面看看它是否有表達量差異和生存意義吧,。

gene='LINC01134'
proj='TCGA-LIHC'
plot_gene_in_cancer(exp,gene)
sur_by_gene(exp,proj,gene)

自己寫兩個函數(shù),，一個繪制箱線圖,，一個畫生存分析圖。(任意基因在任意癌癥都應該是一秒鐘出圖)

而且表達量越高的病人預后越差,，如下所示：

另外,，前面提到的從數(shù)據(jù)角度來看是一個“典型”的致癌基因，實際上我們在：癌基因一定在腫瘤部位高表達嗎 我們針對每個癌癥都在各種內(nèi)部做了腫瘤組織和正常對照的差異表達量分析,，然后在癌基因都是腫瘤的風險因子嗎 我們針對每個癌癥的全部基因批量了做了單基因的cox分析。有很多基因并不一定是符合我們的傳統(tǒng)認知,。