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凌恩生物資訊|抗性宏基因組又一力作|抗性基因+可移動元件研究新成果,!

 凌恩生物 2023-02-24 發(fā)布于陜西

凌恩生物合作客戶:合肥工業(yè)大學崔康平老師團隊利用凌恩生物宏基因組抗性基因研究解決方案,,對污水處理廠活性污泥中的釓(Gd(III))和抗生素磺胺甲噁唑(SMX)的聯(lián)合污染情況進行了調(diào)查,,強調(diào)了Gd(III)和SMX單獨和共存對脫氮機制以及ARGs和MGEs的影響,。該研究成果發(fā)表在環(huán)境類一區(qū)期刊《Process Safety and Environmental Protection》(IF=7.926)上,。
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一,、研究背景

醫(yī)院磁共振成像檢測和細菌感染的臨床治療導(dǎo)致釓和抗生素進入污水處理廠(WWTP)。然而,,關(guān)于污水處理廠中釓和抗生素的聯(lián)合污染的信息仍然缺失,。

二、實驗設(shè)計

本研究選擇50 μg/L釓(Gd(III))和500 μg/L磺胺甲噁唑(SMX),,研究其對生物脫氮性能,、微生物群落結(jié)構(gòu),、抗生素耐藥基因(ARGs)和可移動遺傳元件(MGEs)的影響。

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圖1 研究區(qū)域概況和實驗設(shè)計

三,、研究結(jié)論

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Gd(III)(50μg/L)單獨作用和聯(lián)合作用均可顯著抑制反硝化作用,,因為Gd(III)能有效抑制nirDnirB,、napBnapA的表達,,相比之下,對硝化作用沒有明顯的影響,。Gd(III)抑制微生物活性,,對EPS產(chǎn)生不利影響,降低核心ARGs宿主鏈霉菌的豐度,。

聯(lián)合處理顯著增加了ARGs和intl1的豐度,,并通過MGEs促進了水平基因轉(zhuǎn)移(HGT),同時聯(lián)合處理使ARGs與MGEs高度相關(guān),。研究還表明ARGs可能抑制脫氮基因。

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Gd(III)抑制微生物活性,,對EPS產(chǎn)生不利影響,,降低核心ARGs宿主鏈霉菌的豐度。聯(lián)合處理顯著增加了ARGs和intl1的豐度,,并通過MGEs促進了水平基因轉(zhuǎn)移(HGT),,同時聯(lián)合處理使ARGs與MGEs高度相關(guān)。研究還表明ARGs可能抑制脫氮基因,。

四,、實驗結(jié)果

1、Gd(III)和SMX單獨或聯(lián)合作用條件下脫氮性能的變化

4種序批式反應(yīng)器(SBRs)的脫氮性能如圖2所示,。在45天的運行中,,在4個反應(yīng)器的出水中NH-N濃度都很低(圖2(a))。
結(jié)果表明,,在50μg/L Gd(III)和500μg/L SMX共存的作用下,,SBR的反硝化性能受到抑制,但優(yōu)于單獨Gd(III)的作用,,表明50μg/L Gd(III)在SBR中具有反硝化作用,。
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圖2 四種序批式反應(yīng)器(SBRs)的反應(yīng)器性能(R0:對照,R1:單獨添加SMX, R2: Gd(III)與SMX共存,,R3:單獨添加Gd(III)),。
2、微生物群落的多樣性和結(jié)構(gòu)的變化
 如圖3(a)所示,,α多樣性分析結(jié)果表明,,與對照組(R0)相比,,R1和R3中Chao 1降低,而R2中顯著升高,。R1和R2的Shannon指數(shù)略有下降,,而R3的指數(shù)有所升高。如圖3(b)所示,,在4個反應(yīng)器中,,變形菌門、放線菌門,、擬桿菌門,、厚壁菌門和亞硝化螺旋菌門均為優(yōu)勢門。
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圖3 (a)alpha多樣性的變化,。(b)門的相對豐度,。(c)屬水平微生物群落熱圖(log 10)(前15)。(d)距離熱圖中微生物群落的變異,。
3,、氮功能基因的響應(yīng)
本研究檢測到6個硝化基因,如圖4(a)所示,。反硝化基因豐度變化更顯著,,13個反硝化基因如圖4(b)所示,500μg/L SMX單獨處理的反硝化基因變化與對照幾乎相同,,而50μg/L Gd(III)單獨處理中,,nirBDSnapAB的豐度顯著降低。
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圖4 4個SBRs中(a)硝化基因和(b)反硝化基因的相對豐度,。
4,、ARGs和MGEs的豐度和多樣性分析
 為了分析50μg/L Gd(III)和500μg/L SMX單獨處理或聯(lián)合處理的ARGs變化,通過宏基因組測序在樣本中檢測到20種ARGs,,選擇了前10個亞型,,并顯示在Circos中。耐藥基因的主要類型是桿菌肽(bac),、SMX(sul),、氨基糖苷(aad)和多藥(mexomp,、qacmultidrug_transporter)(圖5(a)),。R1和R2中SMX抗性基因(sul1sul2)的豐度均高于對照,R1中sul1的豐度顯著高于R2,。結(jié)果表明,,聯(lián)合處理加速了細菌中優(yōu)勢ARGs的轉(zhuǎn)移。
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圖5 Circos中(a)ARGs和(c)MGEs的相對豐度,。(b)ARGs和(d)MGEs之間的NMDS的變化,。
5,、ARGs、MGEs和主要屬之間的相關(guān)性
 網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果表明,,ARGs與MGEs密切相關(guān),,且MGEs之間的相關(guān)性比ARGs之間的相關(guān)性更強(圖6(a))??梢酝茢?,Gd(III)和SMX的共存使MGEs在水平基因轉(zhuǎn)移(HGT)中更加活躍。從圖6(b)中可以看出,,除Nitrospira外,,其他屬與前10個ARGs均呈正相關(guān),說明Nitrospira中沒有抗生素耐藥性,。
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圖6(a)ARGs與MGEs之間關(guān)系的網(wǎng)絡(luò)分析,。
6、ARGs與脫氮功能基因之間潛在的相互作用機制
 采用Pearson相關(guān)系數(shù)分析ARGs與硝化和反硝化基因之間的關(guān)系(圖7),。結(jié)果表明,,除amoB外,大多數(shù)硝化基因與ARGs之間呈負相關(guān),,而反硝化基因與ARGs之間均存在正相關(guān)和負相關(guān),。在50μg/L的Gd(III)和500μg/L的SMX共存的條件下,ARGs的增加通常也會導(dǎo)致脫氮性能的下降,。
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圖7 脫氮功能基因與ARGs之間的距離熱圖。

參考文獻

Deciphering the response of biological nitrogen removal to gadolinium and sulfamethoxazole combined pollution: Performance, microbial community, and antibiotic resistance genes. Process Safety and Environmental Protection, 2022.

DOI:10.1016/j.psep.2022.09.030

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